TkA04G038170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G038170

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 10218170-10220638 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1173 bp · TkA04G038170|TK1151|cDNA

ATGAGGAAATCCCCAAAGAAAAAGTTGTTGGACAGTTTCCTGGATTCGGAGCAAGTAAGTGCGGTGAAGGAGGCTTTACATGTATCCACAGCGCCATCCATGCCAGTATGCCGAGAAGACGAACAGAAACGGATAGTGGAGTTTTGCAAGCAATGCGTTGAGCAAGAGAAGGCTGGGAGCTTGTACGTTTGTGGGTGCCCAGGGACTGGGAAATCACTTTCAATGGAAAACGTGAAGAAGTCTCTGGCTGTCTGGGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA04G038170|TK1151|CDS

ATGAGGAAATCCCCAAAGAAAAAGTTGTTGGACAGTTTCCTGGATTCGGAGCAAGTAAGTGCGGTGAAGGAGGCTTTACATGTATCCACAGCGCCATCCATGCCAGTATGCCGAGAAGACGAACAGAAACGGATAGTGGAGTTTTGCAAGCAATGCGTTGAGCAAGAGAAGGCTGGGAGCTTGTACGTTTGTGGGTGCCCAGGGACTGGGAAATCACTTTCAATGGAAAACGTGAAGAAGTCTCTGGCTGTCTGGGCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · TkA04G038170|TK1151|PROTEIN

MRKSPKKKLLDSFLDSEQVSAVKEALHVSTAPSMPVCREDEQKRIVEFCKQCVEQEKAGSLYVCGCPGTGKSLSMENVKKSLAVWAKETGGELPEVLTINCSSLSTTSEIFTKILEKTQPHKKVNNRSTPLRQIHQLYSQKQQSSGTKMMLVIADELDYLITKDRVVLHDLFMLTTLPFSKVKLIGIANAIDLADRFLQSYNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G038170`
TK1151 ID	TkA04G038170
OH-1004 ID	LXL04_038621
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.537 / OH-1004 41.365 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G038170

位置 Chr04:10218170-10220638 (-)

描述 Similar to CDC6B: Cell division control protein 6 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07270`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献
`At2g29680`	可能参与DNA复制的起始。	Expression and stability of Arabidopsis CDC6 are associated with endoreplication.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010329

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0856000`	可能参与DNA复制的起始。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0007089 traversing start control point of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0032467 positive regulation of cytokinesis 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045737 positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0048146 positive regulation of fibroblast proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07270

ath:AT2G29680

dosa:Os01g0856000

hsa:990

mmu:23834

osa:4324832

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.889

排名 1 · TkA04G038170 · TK1151

细胞质0.167

排名 2 · TkA04G038170 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA04G038170 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA04G038170 · TK1151

内质网0.019

排名 5 · TkA04G038170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13604AAA_3015-27 aa

PF16721zf-H3C218-56 aa

PF13191AAA_1635-127 aa

PF12885TORC_M35-103 aa

PF05673DUF81538-115 aa

PF05970PIF140-82 aa

PF00931NB-ARC49-141 aa

PF25201nSTAND653-137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G038170	`PF13604`	AAA_30	15	27	0.2	12.1
TkA04G038170	`PF16721`	zf-H3C2	18	56	0.31	12.1
TkA04G038170	`PF13191`	AAA_16	35	127	5.7e-06	27.7
TkA04G038170	`PF12885`	TORC_M	35	103	0.2	12.4
TkA04G038170	`PF05673`	DUF815	38	115	0.12	12.2
TkA04G038170	`PF05970`	PIF1	40	82	0.0049	17.2
TkA04G038170	`PF00931`	NB-ARC	49	141	0.001	19.4
TkA04G038170	`PF25201`	nSTAND6	53	137	0.011	16.4
TkA04G038170	`PF05621`	TniB	54	162	7.8e-05	22.9
TkA04G038170	`PF24883`	NPHP3_N	54	82	0.11	13.4
TkA04G038170	`PF13401`	AAA_22	57	177	5.8e-14	53.2
TkA04G038170	`PF13245`	AAA_19	57	158	0.078	13.9
TkA04G038170	`PF13604`	AAA_30	57	99	0.2	12.1
TkA04G038170	`PF30683`	AAA_RNF213_4	60	125	0.014	16.0
TkA04G038170	`PF00004`	AAA	62	198	8e-05	23.8
TkA04G038170	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	62	162	0.062	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W032`	拟南芥	sp\|Q8W032\|CDC6B_ARATH DNA replication factor CDC6B	63.600%	Swiss-Prot	高置信
`O82387`	拟南芥	sp\|O82387\|CDC6A_ARATH DNA replication factor CDC6	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N897`	水稻	sp\|Q5N897\|CDC6_ORYSJ DNA replication factor CDC6	62.700%	Swiss-Prot	高置信

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