RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G034210
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 9159461-9160756 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

955 bp · TkA04G034210|TK1151|cDNA

CTGACCAATAACAGGAAGATAAGGCCATGTCACCTACCAAAAAAGACCAACCACTAGCCAGGCAACCCAAACCCCATAATATTCACCCACACCCCCTCATGCATATCATAGCTTAAGAAAAACACCCGCACACAGAAAAATGTCGGTGTTAAAGTCTCCAAAGAAAGAACAACAACTTGTCCCTGATTCCATATTTGATGAATTCTTTGAAAGCAACGCTGATAATCTATCTGATTTTGAGGGGATTTTGGGGGTTAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

630 bp · TkA04G034210|TK1151|CDS

ATGTCGGTGTTAAAGTCTCCAAAGAAAGAACAACAACTTGTCCCTGATTCCATATTTGATGAATTCTTTGAAAGCAACGCTGATAATCTATCTGATTTTGAGGGGATTTTGGGGGTTAAAGATGGAGGGAATCAAGGAGAAGGTGTTATGAGAAACACATATGATGAGATCAATTGGGACCATTTGATTGAGTGGGATGAACTCTCGATCAATGAAGGAGATCAAGATCGGGAGGGGAATATGGTCAATTTGATTGGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

209 aa · TkA04G034210|TK1151|PROTEIN

MSVLKSPKKEQQLVPDSIFDEFFESNADNLSDFEGILGVKDGGNQGEGVMRNTYDEINWDHLIEWDELSINEGDQDREGNMVNLIGNVKKEILGFLEEEEEEEDDDEDQENDEKKKSLNLSLNYQDVMDAWSNRGPCWADDFAQSTSDNGYMGEVPVMEEARTKREASVLKYRKKRENRLFSRKIRYHVRKLNADKRPRLKGRFVKRES

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G034210
TK1151 IDTkA04G034210
OH-1004 IDLXL04_036606
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G034210
位置Chr04:9159461-9160756 (-)
描述Similar to CIA2: Protein CHLOROPLAST IMPORT APPARATUS 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g57180 负责叶片中易位子基因 TOC33 和 TOC75 的特异性上调。
CIA2 coordinately up-regulates protein import and synthesis in leaf chloroplasts.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.137240
At1g25440 锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 16。 暂无已核实直接文献
At1g49130 锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 8。 暂无已核实直接文献
At1g68520 锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 6。 暂无已核实直接文献
At1g73870 锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 7。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036606 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程
GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G25440
ath:AT1G49130
ath:AT1G68520
ath:AT1G73870
ath:AT5G57180
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.865
排名 1 · TkA04G034210 · TK1151
细胞质0.230
排名 2 · TkA04G034210 · TK1151
细胞膜0.035
排名 3 · TkA04G034210 · TK1151
线粒体0.022
排名 4 · TkA04G034210 · TK1151
内质网0.020
排名 5 · TkA04G034210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29089Protamine-375-116 aa
PF27971C27D6_3-like75-116 aa
PF15039DUF453085-115 aa
PF14789THDPS_M130-144 aa
PF27971C27D6_3-like164-176 aa
PF06203CCT165-207 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G034210PF29089Protamine-3751160.3211.9
TkA04G034210PF27971C27D6_3-like751164.28.1
TkA04G034210PF15039DUF4530851150.05414.4
TkA04G034210PF14789THDPS_M1301440.1413.0
TkA04G034210PF27971C27D6_3-like1641764.28.1
TkA04G034210PF06203CCT1652071.1e-1661.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LU68拟南芥sp|Q9LU68|CIA2_ARATH Protein CHLOROPLAST IMPORT APPARATUS 246.700%Swiss-Prot低置信
Q8RWD0拟南芥sp|Q8RWD0|COL16_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 1643.400%Swiss-Prot低置信
Q9M9B3拟南芥sp|Q9M9B3|COL8_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 851.100%Swiss-Prot低置信
Q8LG76拟南芥sp|Q8LG76|COL6_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 631.300%Swiss-Prot中等置信
Q9C9A9拟南芥sp|Q9C9A9|COL7_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 740.400%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看