TkA04G029460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G029460

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7778330-7779299 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

564 bp · TkA04G029460|TK1151|cDNA

ATGGGGGAAGTAAGGCATCTTGGGACTGCCGCGAGTTCATTTGTTAACAGGGTTCAGTTCGTATTTAACCTCAAATCTATCAAGTACGAGTTCATCGAGGAAAATCTGGAATGCAAAAGCAAGCTCTTATTGACATCAAACCCAGTTTTAAAGAAAGTTCCCGTTCTTTTGCAAGCAAACGAACCGCCAATTTGTGAGTCTTTAATCATCATCGAGTACCTGGACGAGAACCAGCCTGATGTCCACCCGATCCTTCCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

564 bp · TkA04G029460|TK1151|CDS

ATGGGGGAAGTAAGGCATCTTGGGACTGCCGCGAGTTCATTTGTTAACAGGGTTCAGTTCGTATTTAACCTCAAATCTATCAAGTACGAGTTCATCGAGGAAAATCTGGAATGCAAAAGCAAGCTCTTATTGACATCAAACCCAGTTTTAAAGAAAGTTCCCGTTCTTTTGCAAGCAAACGAACCGCCAATTTGTGAGTCTTTAATCATCATCGAGTACCTGGACGAGAACCAGCCTGATGTCCACCCGATCCTTCCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

187 aa · TkA04G029460|TK1151|PROTEIN

MGEVRHLGTAASSFVNRVQFVFNLKSIKYEFIEENLECKSKLLLTSNPVLKKVPVLLQANEPPICESLIIIEYLDENQPDVHPILPLVPSDQANNKFWANYVDHEFFPLFLELVHVQEKEAVKDKIMEGSQLLEEVFVKFSNGKAYFGGDDIGYLDVVLGCFLGWTKFLGKLNEFKVFDEVRTPKLA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G029460`
TK1151 ID	TkA04G029460
OH-1004 ID	LXL04_025221
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	66.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.326 / OH-1004 94.388 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G029460

位置 Chr04:7778330-7779299 (-)

描述 Similar to GSTU17: Glutathione S-transferase U17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10370`	参与光信号传导，主要是 phyA 介导的光形态建成，以及整合各种植物激素信号，通过影响谷胱甘肽库来调节植物发育的各个方面。	A glutathione S-transferase regulated by light and hormones participates in the modulation of Arabidopsis seedling development.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.159152
`At1g10360`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g59670`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g59700`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0530900`	将还原型谷胱甘肽与大量外源和内源疏水性亲电物质结合。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025221 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0009407 toxin catabolic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009704 de-etiolation 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0060416 response to growth hormone 生物过程

GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004364 glutathione transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10360

ath:AT1G10370

ath:AT1G59670

ath:AT1G59700

dosa:Os10g0530900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.810

排名 1 · TkA04G029460 · TK1151

细胞核0.209

排名 2 · TkA04G029460 · TK1151

内质网0.075

排名 3 · TkA04G029460 · TK1151

过氧化物酶体0.051

排名 4 · TkA04G029460 · TK1151

线粒体0.048

排名 5 · TkA04G029460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13417GST_N_39-80 aa

PF02798GST_N11-76 aa

PF13409GST_N_211-76 aa

PF03525Meiotic_rec11414-37 aa

PF03909BSD40-52 aa

PF17172GST_N_451-109 aa

PF10568Tom3751-119 aa

PF03909BSD87-102 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G029460	`PF13417`	GST_N_3	9	80	9.2e-12	45.8
TkA04G029460	`PF02798`	GST_N	11	76	3.2e-10	40.9
TkA04G029460	`PF13409`	GST_N_2	11	76	1.9e-08	35.5
TkA04G029460	`PF03525`	Meiotic_rec114	14	37	0.17	12.7
TkA04G029460	`PF03909`	BSD	40	52	0.083	13.6
TkA04G029460	`PF17172`	GST_N_4	51	109	0.084	14.3
TkA04G029460	`PF10568`	Tom37	51	119	0.25	12.4
TkA04G029460	`PF03909`	BSD	87	102	0.083	13.6
TkA04G029460	`PF03525`	Meiotic_rec114	89	140	0.17	12.7
TkA04G029460	`PF00043`	GST_C	116	169	0.0089	17.0
TkA04G029460	`PF22041`	GST_C_7	117	169	0.0025	18.4
TkA04G029460	`PF13410`	GST_C_2	118	171	3.6e-05	24.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUS8`	拟南芥	sp\|Q9FUS8\|GSTUH_ARATH Glutathione S-transferase U17	45.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FUS9`	拟南芥	sp\|Q9FUS9\|GSTUI_ARATH Glutathione S-transferase U18	43.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LQ48`	拟南芥	sp\|Q9LQ48\|GSTUF_ARATH Glutathione S-transferase U15	42.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XIF8`	拟南芥	sp\|Q9XIF8\|GSTUG_ARATH Glutathione S-transferase U16	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q06398`	水稻	sp\|Q06398\|GSTU6_ORYSJ Probable glutathione S-transferase GSTU6	42.300%	Swiss-Prot	中等置信

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