TkA04G028910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G028910

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7629388-7631928 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1875 bp · TkA04G028910|TK1151|cDNA

AAAAATTATTACTTCAATCGAAATTGCAGAGATAATCGTTACGATGGAGAGGTGGGTTCCGACGGTGTTCCTTAAATCACCAATTCTAACCCTCCTGTTAACGCCTTATCTGTCCCAAGTGAACAGTCGAAGATGGCAGAGGACGGCGCCTGGGCGGCGGAGGACGGCCCCGAATATAGCGGAGGAAGGCAGTAACGTTGGAGTTCAGGTGAAGGAGGAACGAAGTTTTGTTGATGGCTCAGTGTCCAGGCGGGGGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA04G028910|TK1151|CDS

ATGGAGTCTCTCTCTATAGGTCTCCCAGCTTCCCGACCATCTCTGAAGAACCCTAAATTTCACAAATTTAAAACACCCAATCCCATTTTCCTTTTCACCAGTTGCAATTTAACCCCCAATTCCATCCGATTCCGTTCTCATTTCACCAAGAAAAAACCCAAATCAACCAAATTAAGCCTCAAATCCCAGTCTCCGACTTTCCTTTTTGTGGGATTACAGTTTCCACTTTCTTCACTTGCTTCTGAAGAAATCCCCATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA04G028910|TK1151|PROTEIN

MESLSIGLPASRPSLKNPKFHKFKTPNPIFLFTSCNLTPNSIRFRSHFTKKKPKSTKLSLKSQSPTFLFVGLQFPLSSLASEEIPIDPSSSRINLESILVSIDDFFNRYPFFVAGVAFIWLFVIPATQEYLRKYKEISALDAFKKLKEDPNAQLLDIRDNKTLRVLDSPNLKIFSKNAVQVEYRDGDDDAFSKKVKENFADPANTTICILDNFDGNSMKVAELLFNNGFKEAYAIRGGVRGNNGWLEIQETFLPPSVHIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G028910`
TK1151 ID	TkA04G028910
OH-1004 ID	LXL04_036693
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G028910

位置 Chr04:7629388-7631928 (-)

描述 Similar to STR4A: Rhodanese-like domain-containing protein 4A, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25480`	Rhodanese样结构域含蛋白4A，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At4g01050`	含有罗丹酶结构域的蛋白质，是将铁氧还蛋白 - NADP 还原酶锚定到类囊体膜上并维持有效的线性电子流所需的。	Tethering of ferredoxin:NADP+ oxidoreductase to thylakoid membranes is mediated by novel chloroplast protein TROL.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03999.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X345`	含Rhodanese结构域的蛋白，负责将铁氧还蛋白- NADP还原酶锚定到类囊体膜上，并维持高效的线性电子流（LEF）。	暂无已核实直接文献
`Os02g0257300`	含Rhodanese结构域的蛋白，负责将铁氧还蛋白- NADP还原酶锚定到类囊体膜上，并维持高效的线性电子流（LEF）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036693 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009772 photosynthetic electron transport in photosystem II 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0098807 chloroplast thylakoid membrane protein complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G25480

ath:AT4G01050

dosa:Os02g0257300

osa:4328925

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.975

排名 1 · TkA04G028910 · TK1151

线粒体0.027

排名 2 · TkA04G028910 · TK1151

细胞核0.022

排名 3 · TkA04G028910 · TK1151

细胞质0.016

排名 4 · TkA04G028910 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA04G028910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28687STR4A_N97-132 aa

PF17482Phage_sheath_1C101-161 aa

PF30980STR4_M137-255 aa

PF00581Rhodanese141-240 aa

PF00581Rhodanese253-270 aa

PF17482Phage_sheath_1C260-308 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G028910	`PF28687`	STR4A_N	97	132	3.3e-23	81.6
TkA04G028910	`PF17482`	Phage_sheath_1C	101	161	0.13	13.1
TkA04G028910	`PF30980`	STR4_M	137	255	1.6e-38	132.0
TkA04G028910	`PF00581`	Rhodanese	141	240	1.8e-05	25.8
TkA04G028910	`PF00581`	Rhodanese	253	270	1.8e-05	25.8
TkA04G028910	`PF17482`	Phage_sheath_1C	260	308	0.13	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56XR7`	拟南芥	sp\|Q56XR7\|STR4A_ARATH Rhodanese-like domain-containing protein 4A, chloroplastic	60.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M158`	拟南芥	sp\|Q9M158\|STR4_ARATH Rhodanese-like domain-containing protein 4, chloroplastic	40.600%	Swiss-Prot	低置信
`A2X345`	水稻	sp\|A2X345\|TROL_ORYSI Protein THYLAKOID RHODANESE-LIKE, chloroplastic	45.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q6ETQ7`	水稻	sp\|Q6ETQ7\|TROL_ORYSJ Protein THYLAKOID RHODANESE-LIKE, chloroplastic	45.200%	Swiss-Prot	低置信

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