TkA04G028810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G028810

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7596369-7597463 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1006 bp · TkA04G028810|TK1151|cDNA

ATGGTGAATCACAGGTTATTTCCATTCCTGATATTAACGTTTCTTAGCTTTCAAAGCCTTTTAACAGCACATGAAGATCCATCTTACAAGGACATAAAAGTGGGAGTGATTCTTGACATGGAATCAGGGGTAGGGATGGTCATTTATCAATGCATCAACATGGCTATATCTGACTTTTATACAGCTAATCCACACTATAATACTAGGATAGTTTTTATCACAAGGGATACCAAAGGAGAACCACCACGTGCCTTGTCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · TkA04G028810|TK1151|CDS

ATGGTGAATCACAGGTTATTTCCATTCCTGATATTAACGTTTCTTAGCTTTCAAAGCCTTTTAACAGCACATGAAGATCCATCTTACAAGGACATAAAAGTGGGAGTGATTCTTGACATGGAATCAGGGGTAGGGATGGTCATTTATCAATGCATCAACATGGCTATATCTGACTTTTATACAGCTAATCCACACTATAATACTAGGATAGTTTTTATCACAAGGGATACCAAAGGAGAACCACCACGTGCCTTGTCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

335 aa · TkA04G028810|TK1151|PROTEIN

MVNHRLFPFLILTFLSFQSLLTAHEDPSYKDIKVGVILDMESGVGMVIYQCINMAISDFYTANPHYNTRIVFITRDTKGEPPRALSAVRDLLENTEVQAIIGPESTIEARFLEGLTENANKPILSFSTSPFSNRNPYIVGIAQDETTQFKGIASMVELFKATNVIVIGEDTKNGREMATYMVDVLQEKSVHVTGIILISTFANNEQVSEELHKLQTMQAMVFVVHTSPSLASKVFLRAKDLGMMDEGYTWISTSKNMNLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G028810`
TK1151 ID	TkA04G028810
OH-1004 ID	LXL04_036698
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.806 / OH-1004 21.341 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G028810

位置 Chr04:7596369-7597463 (-)

描述 Similar to GLR1.3: Glutamate receptor 1.3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29120`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g24720`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g29110`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g48400`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g24710`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036698 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0030003 intracellular monoatomic cation homeostasis 生物过程

GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005261 monoatomic cation channel activity 分子功能

GO:0005262 calcium channel activity 分子功能

GO:0008066 glutamate receptor activity 分子功能

GO:0015276 ligand-gated monoatomic ion channel activity 分子功能

GO:0038023 signaling receptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07520

ath:AT5G48400

ath:AT5G48410

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.582

排名 1 · TkA04G028810 · TK1151

细胞外0.152

排名 2 · TkA04G028810 · TK1151

细胞质0.096

排名 3 · TkA04G028810 · TK1151

内质网0.087

排名 4 · TkA04G028810 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · TkA04G028810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13458Peripla_BP_632-333 aa

PF13433Peripla_BP_545-102 aa

PF01094ANF_receptor49-333 aa

PF02878PGM_PMM_I55-100 aa

PF02878PGM_PMM_I152-200 aa

PF13433Peripla_BP_5162-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G028810	`PF13458`	Peripla_BP_6	32	333	5.4e-27	96.1
TkA04G028810	`PF13433`	Peripla_BP_5	45	102	0.044	13.6
TkA04G028810	`PF01094`	ANF_receptor	49	333	7.3e-52	177.3
TkA04G028810	`PF02878`	PGM_PMM_I	55	100	0.15	12.4
TkA04G028810	`PF02878`	PGM_PMM_I	152	200	0.15	12.4
TkA04G028810	`PF13433`	Peripla_BP_5	162	332	0.044	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LGN0`	拟南芥	sp\|Q8LGN0\|GLR27_ARATH Glutamate receptor 2.7	38.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SHV1`	拟南芥	sp\|Q9SHV1\|GLR22_ARATH Glutamate receptor 2.2	34.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C5V5`	拟南芥	sp\|Q9C5V5\|GLR28_ARATH Glutamate receptor 2.8	36.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LV72`	拟南芥	sp\|Q9LV72\|GLR12_ARATH Glutamate receptor 1.2	35.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SHV2`	拟南芥	sp\|Q9SHV2\|GLR23_ARATH Glutamate receptor 2.3	35.400%	Swiss-Prot	中等置信

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