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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G025050
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6532118-6533884 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1620 bp · TkA04G025050|TK1151|cDNA

ATGTTTACCCCCAAGACCATCAAATCGTGTTTCCTCGCTTGTAAAGACACCGCATTCGTCGCAAAGATCCATGCTTTGCTGATAGTTTCCGGGTACATTAATAGTGGGAATTGTAATACCCAGCTCATTGCCTCGTATTCTAGAACCGGGGATATTGAATTTGCTCACAAGGTGTTTGATAGAATTCCTAAGAAAGGGGTGGATGTTTGGAACGCTATAATAATCGCTTACTCTCGTAAAGATAGTCCTGGTGAAGTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1620 bp · TkA04G025050|TK1151|CDS

ATGTTTACCCCCAAGACCATCAAATCGTGTTTCCTCGCTTGTAAAGACACCGCATTCGTCGCAAAGATCCATGCTTTGCTGATAGTTTCCGGGTACATTAATAGTGGGAATTGTAATACCCAGCTCATTGCCTCGTATTCTAGAACCGGGGATATTGAATTTGCTCACAAGGTGTTTGATAGAATTCCTAAGAAAGGGGTGGATGTTTGGAACGCTATAATAATCGCTTACTCTCGTAAAGATAGTCCTGGTGAAGTAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

539 aa · TkA04G025050|TK1151|PROTEIN

MFTPKTIKSCFLACKDTAFVAKIHALLIVSGYINSGNCNTQLIASYSRTGDIEFAHKVFDRIPKKGVDVWNAIIIAYSRKDSPGEVIDLYHELKSAGIKPDSSTFTVALKACTSTMNLELGEEIRKQAINHGGRGSEAIDMYRLMQNEGMEGDRVAILGLIQACTNINDTKIGLSVHGYLIRRHLLHMDVVIQTSILDMHSKTGNLELASRVFKSIHHKTIVAWSALISGYAQNGFPITAFDLFLDMQIFGFKPDTSSII...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G025050
TK1151 IDTkA04G025050
OH-1004 IDLXL04_036773
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)91.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G025050
位置Chr04:6532118-6533884 (-)
描述Similar to PCMP-E96: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25060, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g25060 假定的含五三肽重复蛋白At3g25060，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g12770 含有五肽重复序列的蛋白质At3g12770。 暂无已核实直接文献
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献
At3g01580 推定的五重复蛋白复合含蛋白 At3g01580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036773 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0099402 plant organ development 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G12770
ath:AT3G25060
ath:AT5G27110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.656
排名 1 · TkA04G025050 · TK1151
质体0.187
排名 2 · TkA04G025050 · TK1151
细胞核0.040
排名 3 · TkA04G025050 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA04G025050 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA04G025050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_339-77 aa
PF01535PPR41-67 aa
PF13041PPR_242-68 aa
PF12854PPR_142-61 aa
PF23276TPR_2444-111 aa
PF22330Rib_mS39_PPR52-75 aa
PF29070MSC6_N68-116 aa
PF01535PPR69-98 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G025050PF13812PPR_339774.7e-1762.5
TkA04G025050PF01535PPR41677e-51167.7
TkA04G025050PF13041PPR_242682.5e-48162.7
TkA04G025050PF12854PPR_142611.4e-1557.4
TkA04G025050PF23276TPR_24441111.6e-1041.7
TkA04G025050PF22330Rib_mS39_PPR52750.006317.0
TkA04G025050PF29070MSC6_N681161.9e-1041.1
TkA04G025050PF01535PPR69987e-51167.7
TkA04G025050PF13041PPR_2691122.5e-48162.7
TkA04G025050PF20431E_motif77997.2e-1452.5
TkA04G025050PF17177PPR_long771190.001618.6
TkA04G025050PF29978ATP18_TPR861260.03314.8
TkA04G025050PF13812PPR_3891244.7e-1762.5
TkA04G025050PF12854PPR_1971061.4e-1557.4
TkA04G025050PF01535PPR1031287e-51167.7
TkA04G025050PF01535PPR1331497e-51167.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LJR6拟南芥sp|Q9LJR6|PP253_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25060, mitochondrial42.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LTV8拟南芥sp|Q9LTV8|PP224_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1277031.600%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial31.100%Swiss-Prot中等置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic31.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SS97拟南芥sp|Q9SS97|PP205_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0158030.500%Swiss-Prot中等置信

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