TkA04G025040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G025040

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6529052-6530994 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1189 bp · TkA04G025040|TK1151|cDNA

AAACAAATTGCAGAAAAGGTTAACAGAATATACACTTATGGCTTATATAATCTCATTCATATGTACATAAACCATACACACTTACAAGTTAAAATTCATGGTTTATTTGTGCTTTCAATGGGGGTTTCATCCATGGATGAAAACGATGATGCTTGTCATTTGGTGCAAAATATTTTTCATGCATTGTGATGGAGCAAGGAATAATGCAACAAGAGATATGAGTTTCGATGATAATTATTCCGTAACTTGGGGTGGCGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA04G025040|TK1151|CDS

ATGGTTTATTTGTGCTTTCAATGGGGGTTTCATCCATGGATGAAAACGATGATGCTTGTCATTTGGTGCAAAATATTTTTCATGCATTGTGATGGAGCAAGGAATAATGCAACAAGAGATATGAGTTTCGATGATAATTATTCCGTAACTTGGGGTGGCGATCATATAGTGTTTTCTGAGCAAAGACAACAAATACAACTATCACTAGATAATTATTCAGGTTCTGGGTTCGGGTCAAAAGCATATTACGGATCTGGTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · TkA04G025040|TK1151|PROTEIN

MVYLCFQWGFHPWMKTMMLVIWCKIFFMHCDGARNNATRDMSFDDNYSVTWGGDHIVFSEQRQQIQLSLDNYSGSGFGSKAYYGSGYFQMRIKVPGRDSAGVVTAFYLNTNKGGHDELDFEFLGNRPGKPITLQTNVITNGFGGREQRVRLWFDPSRNFHYYKLLWNQHQIVFLVDNTPIRVYKNNMRNGVRFPQKPMQLLASLWDGSNWATDGGKTKINYSHAPFEAQFQDFRVDGCVSLSNNPNKHCYSSRYPWTNKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G025040`
TK1151 ID	TkA04G025040
OH-1004 ID	LXL04_036774
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.704 / OH-1004 47.849 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G025040

位置 Chr04:6529052-6530994 (+)

描述 Similar to XTH2: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13090`	可能催化木葡聚糖内切水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献
`At4g13080`	可能催化木葡聚糖内切水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献
`At3g25050`	催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036774 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0030243 cellulose metabolic process 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 分子功能

GO:0016762 xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G25050

ath:AT4G13080

ath:AT4G13090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.272

排名 1 · TkA04G025040 · TK1151

高尔基体0.256

排名 2 · TkA04G025040 · TK1151

溶酶体／液泡0.211

排名 3 · TkA04G025040 · TK1151

细胞质0.120

排名 4 · TkA04G025040 · TK1151

内质网0.113

排名 5 · TkA04G025040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00722Glyco_hydro_1644-222 aa

PF06955XET_C192-197 aa

PF05535Chromadorea_ALT242-291 aa

PF06955XET_C253-298 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G025040	`PF00722`	Glyco_hydro_16	44	222	1.1e-59	201.5
TkA04G025040	`PF06955`	XET_C	192	197	3.4e-14	53.1
TkA04G025040	`PF05535`	Chromadorea_ALT	242	291	0.55	11.3
TkA04G025040	`PF06955`	XET_C	253	298	3.4e-14	53.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV60`	拟南芥	sp\|Q9SV60\|XTH2_ARATH Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 2	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SV61`	拟南芥	sp\|Q9SV61\|XTH1_ARATH Putative xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 1	55.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJR7`	拟南芥	sp\|Q9LJR7\|XTH3_ARATH Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 3	54.400%	Swiss-Prot	高置信

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