TkA04G022800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G022800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 5794379-5798362 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2164 bp · TkA04G022800|TK1151|cDNA

AAATTAAAACGCATCTGATAGGCGATAGCCCCTCCCTTTCTCACGCCCGGCGACTGAAAACTGCACCGATCTCACCTTCATCCACCGGATTTTATTCTCCATTAATCACCACTGTCACTCAGGGTTCTACTAATTCAATCGGTTCGACTGCTAAACCCACTGATTTGATCGAATTCAATTGAATCCGTAACTTCGCACGTTTAACACCAAACAATTGACAACGAGATTCTCAGTGTCATGACGACGATTAAGTTGTTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1611 bp · TkA04G022800|TK1151|CDS

ATGAAAATCGTGGAGCATAAAAGAACTTGTTCATTCATGGAGAATTTATCGACAATGATAGGCTCAAAAGGATTAATAAAAAGGGATGAATTCGTAAGAATCCTTATCCAGTGTCTATATTCATTAGGTTACGAGAAATCTGCAGCTTGTTTGGAATTAGAATCCAGTATTTCATACCAATCTCCAGAATTTAAGCTGCTTGAATCCTTAATAACTGGTGCTAATTGGGAGCTTTGCATTGATACCTTATATGGTATAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

536 aa · TkA04G022800|TK1151|PROTEIN

MKIVEHKRTCSFMENLSTMIGSKGLIKRDEFVRILIQCLYSLGYEKSAACLELESSISYQSPEFKLLESLITGANWELCIDTLYGIKNMTDEQRDTALFLVSKQCLLECLGRGDDSLALSLLRKQISKLQVGREKIHKLAFSLFSLGELGLDKVHNDCNVFQELRKNVVNELENILPPPITIPDRRLEHLVERVVGSQIDSCIYHNTHDPVSIYKDHSCGRDQIPTETIQILSEHKNEVWFVQFSNNGDYLASSSSDCTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G022800`
TK1151 ID	TkA04G022800
OH-1004 ID	LXL04_036815
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G022800

位置 Chr04:5794379-5798362 (-)

描述 Similar to WDS: WD repeat-containing protein WDS homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43920`	含 WD 重复的 WDS 同源蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g08560`	作为参与光、激素和非生物胁迫反应之间串扰调节的成分。	An Arabidopsis WDR protein coordinates cellular networks involved in light, stress response and hormone signals.2015 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2015.09.024

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036815 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08560

ath:AT5G43920

mmu:226757

xtr:733878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.541

排名 1 · TkA04G022800 · TK1151

细胞核0.502

排名 2 · TkA04G022800 · TK1151

线粒体0.049

排名 3 · TkA04G022800 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA04G022800 · TK1151

溶酶体／液泡0.039

排名 5 · TkA04G022800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23627LisH_WDR2618-61 aa

PF16377DUF498742-74 aa

PF21889TPR1-like_2nd65-175 aa

PF01825GPS152-214 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd205-265 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR1211-344 aa

PF16377DUF4987219-289 aa

PF01825GPS222-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G022800	`PF23627`	LisH_WDR26	18	61	2.4e-22	78.7
TkA04G022800	`PF16377`	DUF4987	42	74	0.36	11.8
TkA04G022800	`PF21889`	TPR1-like_2nd	65	175	0.0006	20.8
TkA04G022800	`PF01825`	GPS	152	214	0.03	15.5
TkA04G022800	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	205	265	6.5e-21	75.5
TkA04G022800	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	211	344	2.9e-24	86.5
TkA04G022800	`PF16377`	DUF4987	219	289	0.36	11.8
TkA04G022800	`PF01825`	GPS	222	290	0.03	15.5
TkA04G022800	`PF30552`	CFAP251_N	223	308	2.6e-08	34.2
TkA04G022800	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	223	319	3.1e-07	30.3
TkA04G022800	`PF29037`	DSE1_N	223	316	0.00069	19.5
TkA04G022800	`PF24796`	WDR55	225	312	9.1e-19	68.3
TkA04G022800	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	226	393	2.9e-38	132.6
TkA04G022800	`PF24814`	WD40_Prp19	226	287	2.4e-33	116.1
TkA04G022800	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	226	342	4.3e-17	63.0
TkA04G022800	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	226	323	1.1e-09	38.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FND4`	拟南芥	sp\|Q9FND4\|WDS_ARATH WD repeat-containing protein WDS homolog	60.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNN2`	拟南芥	sp\|Q9FNN2\|WDR26_ARATH WD repeat-containing protein 26 homolog	41.300%	Swiss-Prot	中等置信

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