TkA04G020730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G020730

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 5277013-5284234 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1643 bp · TkA04G020730|TK1151|cDNA

TACAATGTAATTGTAACCTAGTGTTTATTATCAAAGTCCATAAATGATTTTTGAAACTCAATTCCAAACACCTTCTTATTCTATACGAATAATATAACAGAGGTAAATAAGGGCTTGTTTTGTTTGGATTCCGATTTCCGTTGTTCAGTTCGATCTACTCTAAATAACTGTTTGTTCTCCGTAGTGGATCTCGGTGAAAACGATCAACATAAAAATGGTGAGAGGATTATTCAACAAGCTCGCATCTAAATCGCTGAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2100 bp · TkA04G020730|TK1151|CDS

ATGGACAAAGATACGACGCATCCTTATCTCAGTTTATTTGCTGCATTATCATATGGAATTGCATCAATGGCGATGGTTTTCATAAACAAAGCAGTCGTCATGGAGTATGCATACTCCATGACTCTCCTTACCTTACAGCAATTGGCAACTGCATTACTTATACATTTTGGAAGAATAATGGGATTCACAAGAGCCAAACCACTAAATGTTGACACTGCTAAAAAACTTATACTCGTTTCACTATTTTACAATGGTAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

699 aa · TkA04G020730|TK1151|PROTEIN

MDKDTTHPYLSLFAALSYGIASMAMVFINKAVVMEYAYSMTLLTLQQLATALLIHFGRIMGFTRAKPLNVDTAKKLILVSLFYNGNVAFALASLKGVNIPMYIAIKRLTPLAVLIAGLFYKKGKHSKQVIFSVSLTAAGVMIAALGDFSFDLFGYIMALISVFFQTMYLVLVERSGAEDGLSSIEIMFYNSLLSLPFLVFLIIVTSEFPNSISLLYAKSASLYFLVMFVLSLMMGIILNYTMFLCTIVNSALTTTIVGVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G020730`
TK1151 ID	TkA04G020730
OH-1004 ID	LXL04_036848
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G020730

位置 Chr04:5277013-5284234 (-)

描述 Similar to At2g20420: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20420`	琥珀酰辅酶A合成酶在三羧酸循环（TCA）中起作用，将琥珀酰辅酶A的水解与ATP的合成耦合，因此代表TCA中唯一的底物水平磷酸化步骤。	暂无已核实直接文献
`At4g31600`	转运 UDP-葡萄糖和 UDP-半乳糖的核苷酸-糖转运蛋白。	Arabidopsis thaliana AtUTr7 encodes a golgi-localized UDP-glucose/UDP-galactose transporter that affects lateral root emergence.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss074
`At4g32272`	介导 UDP-N-乙酰氨基葡萄糖穿过高尔基体膜的运输。	A Golgi UDP-GlcNAc transporter delivers substrates for N-linked glycans and sphingolipids.2018 · DOI: 10.1038/s41477-018-0235-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0621700`	琥珀酰辅酶A合成酶在三羧酸循环（TCA）中起作用，将琥珀酰辅酶A的水解与ATP的合成耦合，因此代表TCA中唯一的底物水平磷酸化步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036848 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006104 succinyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0006105 succinate metabolic process 生物过程

GO:0015786 UDP-glucose transmembrane transport 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0072334 UDP-galactose transmembrane transport 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20420

ath:AT4G31600

ddi:DDB_G0271842

dosa:Os02g0621700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.613

排名 1 · TkA04G020730 · TK1151

细胞质0.109

排名 2 · TkA04G020730 · TK1151

线粒体0.092

排名 3 · TkA04G020730 · TK1151

高尔基体0.087

排名 4 · TkA04G020730 · TK1151

质体0.065

排名 5 · TkA04G020730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03151TPT20-270 aa

PF08449UAA27-257 aa

PF13549ATP-grasp_5303-527 aa

PF08442ATP-grasp_2305-513 aa

PF24948Citrate_synth_N323-538 aa

PF21244PurT_C325-340 aa

PF04472SepF464-494 aa

PF13607Succ_CoA_lig568-684 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G020730	`PF03151`	TPT	20	270	1.5e-09	38.4
TkA04G020730	`PF08449`	UAA	27	257	9.5e-09	35.5
TkA04G020730	`PF13549`	ATP-grasp_5	303	527	0.014	15.5
TkA04G020730	`PF08442`	ATP-grasp_2	305	513	3.3e-59	200.6
TkA04G020730	`PF24948`	Citrate_synth_N	323	538	3.6e-12	46.9
TkA04G020730	`PF21244`	PurT_C	325	340	0.58	10.4
TkA04G020730	`PF04472`	SepF	464	494	0.13	13.2
TkA04G020730	`PF13607`	Succ_CoA_lig	568	684	0.022	15.2
TkA04G020730	`PF00549`	Ligase_CoA	573	693	5.8e-36	124.2
TkA04G020730	`PF04472`	SepF	646	674	0.13	13.2
TkA04G020730	`PF21244`	PurT_C	651	697	0.58	10.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82662`	拟南芥	sp\|O82662\|SUCB_ARATH Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial	87.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q94B65`	拟南芥	sp\|Q94B65\|UTR7_ARATH UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7	78.200%	Swiss-Prot	高置信
`A8MRY9`	拟南芥	sp\|A8MRY9\|UGNT1_ARATH UDP-N-acetylglucosamine transporter UGNT1	28.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q6K9N6`	水稻	sp\|Q6K9N6\|SUCB_ORYSJ Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial	86.400%	Swiss-Prot	高置信

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