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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G019780
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4951058-4954374 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2656 bp · TkA04G019780|TK1151|cDNA

ATTCAAGATAAAGTTTTCCACCTTTATTCTTCCTTTTAATACTATTTATGCATAATCAATTAACCAAAATTAGCACCAAATCAATATTCAATTAAATCGCCAACAAACCCTGCAACTATCTTCAGCTACGGACCCACCCTTTTAACCCCTTTCTCCTTTTCCCCTTCTTCTCTATTATTCTCATGATTCACTCTTCCAAGTGTTGGCGAAAATTCATATACCCTGATGGATGTTTCATCCTAAAGATTATTCCTTTGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2067 bp · TkA04G019780|TK1151|CDS

ATGGGTGCAGAACAGATGTTAAGATGTTTAAGTAACAGCTTTTCTCGATTCATTCATATTGCCACATTTGGTGTACCCAACAACTTGCCATGTCAGAAGGAATACAAAGACATTGCTGGTTCTTTGAAGCTTTTTAAACGAATTCTTGACAACATTGATGATTCCCAAATCCATTCAGATGAAATTCTACAAAAAATGTTTGAAGAACTTGATGTTGCTGTAAATGAGGTCCGAGAGTTCATTGAAAATTGGGGGTTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

688 aa · TkA04G019780|TK1151|PROTEIN

MGAEQMLRCLSNSFSRFIHIATFGVPNNLPCQKEYKDIAGSLKLFKRILDNIDDSQIHSDEILQKMFEELDVAVNEVREFIENWGFHSSKIYGVVESRQLIVKIKNYSIKICETVIRSLDSSSSSSSSSSSSPSTSTLADIQNCMEELERVKLEIASEKVEESMKFIREGKVPPLEILTVIIDLLHLSSSQELLKETIAVEKETMRVDQSNQVNHVVDLISHIRETMVNLESSKTINGVSVSVPSYFICPLSLQLMFDPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G019780
TK1151 IDTkA04G019780
OH-1004 IDLXL04_006739
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)43.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.983 / OH-1004 82.893
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G019780
位置Chr04:4951058-4954374 (+)
描述Similar to PUB2: U-box domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g54790 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g23140 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g67340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006739 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G23140
ath:AT3G46510
ath:AT3G54790
ath:AT5G67340
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.563
排名 1 · TkA04G019780 · TK1151
细胞核0.346
排名 2 · TkA04G019780 · TK1151
细胞膜0.183
排名 3 · TkA04G019780 · TK1151
溶酶体／液泡0.055
排名 4 · TkA04G019780 · TK1151
内质网0.053
排名 5 · TkA04G019780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25240PUB2_N5-130 aa
PF05804KAP87-123 aa
PF30700ARM_GAC_1st135-209 aa
PF25598ARM_PUB175-225 aa
PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C177-216 aa
PF00514Arm178-196 aa
PF25240PUB2_N178-198 aa
PF24768ARM_ARMC5190-190 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G019780PF25240PUB2_N51301.3e-35123.2
TkA04G019780PF05804KAP871230.009614.9
TkA04G019780PF30700ARM_GAC_1st1352090.004515.0
TkA04G019780PF25598ARM_PUB1752252e-2590.6
TkA04G019780PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C1772160.4110.8
TkA04G019780PF00514Arm1781961.4e-37127.2
TkA04G019780PF25240PUB2_N1781981.3e-35123.2
TkA04G019780PF24768ARM_ARMC51901907.3e-1969.0
TkA04G019780PF04208MtrA2072280.1312.7
TkA04G019780PF04564U-box2433131.4e-2280.4
TkA04G019780PF11789zf-Nse2482860.001519.0
TkA04G019780PF13445zf-RING_UBOX2492850.1512.8
TkA04G019780PF13445zf-RING_UBOX3353430.1512.8
TkA04G019780PF24768ARM_ARMC53975787.3e-1969.0
TkA04G019780PF23628ARM_LIN_C3985160.000719.4
TkA04G019780PF05804KAP4005170.009614.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GWV5拟南芥sp|Q8GWV5|PUB3_ARATH U-box domain-containing protein 344.900%Swiss-Prot中等置信
O22193拟南芥sp|O22193|PUB4_ARATH U-box domain-containing protein 441.200%Swiss-Prot中等置信
Q5XEZ8拟南芥sp|Q5XEZ8|PUB2_ARATH U-box domain-containing protein 241.700%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1447.500%Swiss-Prot中等置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1247.800%Swiss-Prot中等置信

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