TkA04G018100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G018100

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4547514-4554578 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3333 bp · TkA04G018100|TK1151|cDNA

AAAAAAGAAAGAAAACAGAAAGAACAATGATCACACGGGTATGTTTTCTTTTTGGCCAAAAGAACACATTGATTACTGCCACTCTTATTCTTCGGTCTTCCTCTAAGCCAGGGTAGGAAAACACAGACACAGTGAAGGAAAAGAGGGAAAATGGCGACTCCCCCGAAGCCATGGAAGGCGGAATATGCAAAATCGGGAAGATCTTCATGTAAAACCTGCAAGTCCCCCATCGCCCAAGAAAAACTCCGTCTTGGCAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3033 bp · TkA04G018100|TK1151|CDS

ATGGCGACTCCCCCGAAGCCATGGAAGGCGGAATATGCAAAATCGGGAAGATCTTCATGTAAAACCTGCAAGTCCCCCATCGCCCAAGAAAAACTCCGTCTTGGCAAGATGGTTCAAGCCACTCAATTCGACGGTTTCATGCCCGTAATCACCCATCCTCACCTCCCAATACTCTTCTTCTACTGTTTCTTGCTTAATCTATTCCATATTATAGATGTGGAACCATGCTACGTGCATATTGAAGAAGTCAAACCAAATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1010 aa · TkA04G018100|TK1151|PROTEIN

MATPPKPWKAEYAKSGRSSCKTCKSPIAQEKLRLGKMVQATQFDGFMPVITHPHLPILFFYCFLLNLFHIIDVEPCYVHIEEVKPNKIVRVLNFSHCDDVEGIETLRWEDQQKIRQYVEGGGIGSKSTPTTPDVSKCTIEPSKTNRATCKICNEKIMTGEVRISSKAEGQGARGLSWHHAKCFLDSSPSTQLENLIGWESLSDSNKSTVLSLVKKSSATKKGKEEVKEEKETVKGSSKRKATVDRDQKSKIPKTEDDLLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G018100`
TK1151 ID	TkA04G018100
OH-1004 ID	LXL04_036896
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.109 / OH-1004 99.503 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G018100

位置 Chr04:4547514-4554578 (+)

描述 Similar to PARP1: Poly [ADP-ribose] polymerase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31320`	参与碱基切除修复（BER）途径，通过催化有限数量参与染色质结构和DNA代谢的受体蛋白的多聚ADP-核糖化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0413700`	参与碱基切除修复（BER）途径，通过催化有限数量参与染色质结构和DNA代谢的受体蛋白的多聚ADP-核糖化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31320

bta:286764

dosa:Os07g0413700

hsa:142

zma:103647201

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.876

排名 1 · TkA04G018100 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkA04G018100 · TK1151

线粒体0.041

排名 3 · TkA04G018100 · TK1151

细胞膜0.030

排名 4 · TkA04G018100 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA04G018100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00645zf-PARP11-48 aa

PF08063Zn_ribbon_PADR120-24 aa

PF00645zf-PARP79-118 aa

PF00645zf-PARP140-210 aa

PF08063Zn_ribbon_PADR1149-154 aa

PF00644PARP224-265 aa

PF21728PADR1_N271-327 aa

PF08063Zn_ribbon_PADR1328-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G018100	`PF00645`	zf-PARP	11	48	3.4e-28	98.9
TkA04G018100	`PF08063`	Zn_ribbon_PADR1	20	24	5.1e-17	62.1
TkA04G018100	`PF00645`	zf-PARP	79	118	3.4e-28	98.9
TkA04G018100	`PF00645`	zf-PARP	140	210	3.4e-28	98.9
TkA04G018100	`PF08063`	Zn_ribbon_PADR1	149	154	5.1e-17	62.1
TkA04G018100	`PF00644`	PARP	224	265	5.5e-83	278.1
TkA04G018100	`PF21728`	PADR1_N	271	327	2.1e-23	83.2
TkA04G018100	`PF08063`	Zn_ribbon_PADR1	328	369	5.1e-17	62.1
TkA04G018100	`PF00533`	BRCT	421	497	1.6e-11	45.0
TkA04G018100	`PF18428`	BRCT_3	425	506	0.017	15.9
TkA04G018100	`PF12738`	PTCB-BRCT	427	489	0.097	13.4
TkA04G018100	`PF16589`	BRCT_2	433	506	5.1e-07	30.7
TkA04G018100	`PF05406`	WGR	550	628	7.6e-18	65.1
TkA04G018100	`PF02877`	PARP_reg	662	791	2.9e-37	128.5
TkA04G018100	`PF00533`	BRCT	770	814	1.6e-11	45.0
TkA04G018100	`PF00644`	PARP	805	1006	5.5e-83	278.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZP54`	拟南芥	sp\|Q9ZP54\|PARP1_ARATH Poly [ADP-ribose] polymerase 1	67.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q7EYV7`	水稻	sp\|Q7EYV7\|PARP1_ORYSJ Poly [ADP-ribose] polymerase 1	64.600%	Swiss-Prot	高置信

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