TkA04G017990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G017990

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4508326-4511096 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1952 bp · TkA04G017990|TK1151|cDNA

CTCAAACTTTTCTGCATAAAACAATTTCATAATTTACAAAATTCATATCACCGAATGAATAATCATATTTTTGCCACAAGAATAAAGAAAAATCAACCATCGATATTTATACATTAGTCATCAGCCCTTCTATAAAACTCTGCAAAACCTTTCGTTGATTTTTGAAGGAAAAATTGACTTAAAAAAACAATTATTTTCCCTGTAAATAGATTGAAAACGAAATCATTTGAAAACTCACCAATGACAAGGCGTCAACATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · TkA04G017990|TK1151|CDS

ATGCCTCCTCCATTGCCATCTTCTTCATTCACTACCGGTGCAGATCTTTATTCAGAAAATTCAACCCTAACCCTAATTCCAGGTCTCCCGGACGATTTAGCAGCCTTGATACTTGCTTTTCTTCCATATTCTCATCACGGGAGGCTCAAATCCATTTGTAAATCATGGAAGCAGTTTTTTTCATCGAGAATCGTATTCTCAACCCGCCATAAACACATCCCTTTCATCAAACGCTCTCACCTCCTCTGTATCTTCCCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · TkA04G017990|TK1151|PROTEIN

MPPPLPSSSFTTGADLYSENSTLTLIPGLPDDLAALILAFLPYSHHGRLKSICKSWKQFFSSRIVFSTRHKHIPFIKRSHLLCIFPQDPSISSPYLFDPQNLAWCYLPPMPCNPHVYGLCNFTSVSHDSHLYVLGGSLFDTRSFPLDRPSPSSAAFRYDLVTQTWDSLPPMLSPRGSFACAAIPNTDRILVAGGGSRHTMFGAAGSRMSSVEMYDIGRNEWVAMDGLPRFRAGCVGFMVGKEFWVMGGYGESRTILGVFP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G017990`
TK1151 ID	TkA04G017990
OH-1004 ID	LXL04_036902
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G017990

位置 Chr04:4508326-4511096 (-)

描述 Similar to OR23: F-box/kelch-repeat protein OR23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g03030`	F-box/kelch重复蛋白OR23。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036902 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16250

ath:AT1G67480

ath:AT2G24540

ath:AT3G63220

ath:AT4G03030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.775

排名 1 · TkA04G017990 · TK1151

细胞质0.300

排名 2 · TkA04G017990 · TK1151

细胞膜0.036

排名 3 · TkA04G017990 · TK1151

内质网0.032

排名 4 · TkA04G017990 · TK1151

线粒体0.024

排名 5 · TkA04G017990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box27-65 aa

PF12937F-box-like27-63 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC754-136 aa

PF07646Kelch_288-111 aa

PF01344Kelch_190-111 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR190-249 aa

PF13415Beta-prop_FBX4297-254 aa

PF13964Beta-prop_Calicin103-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G017990	`PF00646`	F-box	27	65	3.9e-08	33.6
TkA04G017990	`PF12937`	F-box-like	27	63	0.00013	22.3
TkA04G017990	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	54	136	7.2e-13	49.0
TkA04G017990	`PF07646`	Kelch_2	88	111	3.2e-08	33.9
TkA04G017990	`PF01344`	Kelch_1	90	111	6.4e-19	67.8
TkA04G017990	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	90	249	1.6e-11	44.7
TkA04G017990	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	97	254	4e-09	37.1
TkA04G017990	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	103	265	4e-06	26.8
TkA04G017990	`PF25210`	Kelch_FKB95	109	223	0.00023	21.6
TkA04G017990	`PF07646`	Kelch_2	119	171	3.2e-08	33.9
TkA04G017990	`PF01344`	Kelch_1	120	171	6.4e-19	67.8
TkA04G017990	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	122	357	7.2e-13	49.0
TkA04G017990	`PF24996`	NANM	125	197	4.8e-06	26.4
TkA04G017990	`PF01344`	Kelch_1	187	222	6.4e-19	67.8
TkA04G017990	`PF07646`	Kelch_2	189	222	3.2e-08	33.9
TkA04G017990	`PF24996`	NANM	211	254	4.8e-06	26.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0V7S6`	拟南芥	sp\|Q0V7S6\|FK125_ARATH F-box/kelch-repeat protein OR23	58.400%	Swiss-Prot	高置信

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