RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G017650
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4402226-4403850 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1323 bp · TkA04G017650|TK1151|cDNA

ATGGCTACTTTAATTTCCCAAAATGCGTGTCCTATCTGCATACGATGGTGCACCATCAGGCGAAATCGTGACCACGGACAATCCCGGCCAAAAAAACCCGTGTGGGTAGACGAAGAGGAACAAAAAACCACCATAAACATCTCCAAAATCAACCGGTTAAGAAAGATCCGGAACACAGAAGACGAAACGATAATATCCGGATCCGAATACATCTCGAGACTCCGGGCCCACCACACGAAACTCAACCCGGGCACAAACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · TkA04G017650|TK1151|CDS

ATGGCTACTTTAATTTCCCAAAATGCGTGTCCTATCTGCATACGATGGTGCACCATCAGGCGAAATCGTGACCACGGACAATCCCGGCCAAAAAAACCCGTGTGGGTAGACGAAGAGGAACAAAAAACCACCATAAACATCTCCAAAATCAACCGGTTAAGAAAGATCCGGAACACAGAAGACGAAACGATAATATCCGGATCCGAATACATCTCGAGACTCCGGGCCCACCACACGAAACTCAACCCGGGCACAAACTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

440 aa · TkA04G017650|TK1151|PROTEIN

MATLISQNACPICIRWCTIRRNRDHGQSRPKKPVWVDEEEQKTTINISKINRLRKIRNTEDETIISGSEYISRLRAHHTKLNPGTNWAHPESKTYNSDDEDTILQTTEDLVVSGSSKLLPGVLEYSRLIDGNAQDPSSGPVNSVHFHRNGQLLLTGGLDKKLRFFQIDGKRNLKIQSVFIDDCPIRKAAFTPDGSQVIVSGRRKFFYTFDLVKSEASKIGPLVGREEKSLENFEISPDSKTIAFIGNEGYVLLVSTKTKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G017650
TK1151 IDTkA04G017650
OH-1004 IDLXL04_036918
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.409 / OH-1004 71.107
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G017650
位置Chr04:4402226-4403850 (+)
描述Similar to At5g14050: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g14050 参与前 18S 核糖体 RNA 的核仁加工。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036918 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000292 RNA fragment catabolic process 生物过程
GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程
GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0030686 90S preribosome 细胞组分
GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G14050
hsa:51096
mmu:217109
sce:YJL069C
spo:2540529
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.944
排名 1 · TkA04G017650 · TK1151
细胞质0.123
排名 2 · TkA04G017650 · TK1151
线粒体0.023
排名 3 · TkA04G017650 · TK1151
细胞膜0.015
排名 4 · TkA04G017650 · TK1151
内质网0.007
排名 5 · TkA04G017650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23098Beta-prop_NOL10_N29-89 aa
PF23409Beta-prop_EML49-89 aa
PF24805EIF3I69-103 aa
PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd116-205 aa
PF12894ANAPC4_WD40134-169 aa
PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st136-168 aa
PF23342WDR90_beta-prop_4th136-159 aa
PF24807WD40_CDC20-Fz137-303 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G017650PF23098Beta-prop_NOL10_N29893.5e-0627.1
TkA04G017650PF23409Beta-prop_EML49890.000819.7
TkA04G017650PF24805EIF3I691039.5e-0522.4
TkA04G017650PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd1162051.1e-0732.1
TkA04G017650PF12894ANAPC4_WD401341698.3e-1039.5
TkA04G017650PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st1361683.8e-0730.5
TkA04G017650PF23342WDR90_beta-prop_4th1361590.1911.5
TkA04G017650PF24807WD40_CDC20-Fz1373038.5e-1349.0
TkA04G017650PF25172Beta-prop_WDR3_2nd1371711.9e-0524.8
TkA04G017650PF23775Beta-prop_RIG_2nd1372010.006216.7
TkA04G017650PF00400WD401381653.8e-1762.7
TkA04G017650PF24814WD40_Prp191383052.4e-1660.3
TkA04G017650PF25175Beta-prop_WDR51382117.5e-1555.7
TkA04G017650PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd1382850.0005320.1
TkA04G017650PF25047Beta-prop_TEP1_2nd1381670.007716.1
TkA04G017650PF25174Beta-prop_THOC31394212.8e-2486.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FMU5拟南芥sp|Q9FMU5|UTP18_ARATH U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog67.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看