TkA04G016780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G016780

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4180429-4181292 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

786 bp · TkA04G016780|TK1151|cDNA

GGCGGAATTTGTTCGGAGAATCAAGTTGAAGTTTTGGCCGGTAAGGGCGGTAAGGGGCTATTGGCCGGGAAAACACCAGCGACCACAGCTAACAAGGACAAAGATAAGAAGCGACCGACTTCCCGATCTGCTAGAGCTGGCCTCCAGTTTCCGGTAGGGAGAATTCACCGCCATTTAAAAACACGAACCTCTGCAAACGGACGTGTTGGAGCCACCGCCGCCGTCTACTCTGCCGCTATTCTCGAGTACTTAACGGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · TkA04G016780|TK1151|CDS

GGCGGAATTTGTTCGGAGAATCAAGTTGAAGTTTTGGCCGGTAAGGGCGGTAAGGGGCTATTGGCCGGGAAAACACCAGCGACCACAGCTAACAAGGACAAAGATAAGAAGCGACCGACTTCCCGATCTGCTAGAGCTGGCCTCCAGTTTCCGGTAGGGAGAATTCACCGCCATTTAAAAACACGAACCTCTGCAAACGGACGTGTTGGAGCCACCGCCGCCGTCTACTCTGCCGCTATTCTCGAGTACTTAACGGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA04G016780|TK1151|PROTEIN

GGICSENQVEVLAGKGGKGLLAGKTPATTANKDKDKKRPTSRSARAGLQFPVGRIHRHLKTRTSANGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKTTKE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G016780`
TK1151 ID	TkA04G016780
OH-1004 ID	LXL04_036930
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.517 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G016780

位置 Chr04:4180429-4181292 (-)

描述 Similar to Os03g0743400: Probable histone H2A variant 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54560`	H2A变异组蛋白，可能在一部分核小体中替代常规H2A。	暂无已核实直接文献
`At2g38810`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0743400`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献
`Os03g0162200`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献
`Os10g0418000`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016048 detection of temperature stimulus 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0000786 nucleosome 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0030527 structural constituent of chromatin 分子功能

GO:0046982 protein heterodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38810

ath:AT3G54560

dosa:Os03g0162200

dosa:Os03g0743400

dosa:Os10g0418000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · TkA04G016780 · TK1151

细胞质0.080

排名 2 · TkA04G016780 · TK1151

细胞膜0.014

排名 3 · TkA04G016780 · TK1151

线粒体0.009

排名 4 · TkA04G016780 · TK1151

细胞外0.008

排名 5 · TkA04G016780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00125Histone31-115 aa

PF26281Histone_ABTB38-76 aa

PF00808CBFD_NFYB_HMF49-113 aa

PF16211Histone_H2A_C117-146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G016780	`PF00125`	Histone	31	115	8.1e-20	71.7
TkA04G016780	`PF26281`	Histone_ABTB	38	76	0.00017	22.0
TkA04G016780	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	49	113	0.034	15.2
TkA04G016780	`PF16211`	Histone_H2A_C	117	146	4.7e-11	42.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23628`	拟南芥	sp\|O23628\|H2AV1_ARATH Histone H2A variant 1	86.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SII0`	拟南芥	sp\|Q9SII0\|H2AV2_ARATH Probable histone H2A variant 2	84.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q84MP7`	水稻	sp\|Q84MP7\|H2AV3_ORYSJ Probable histone H2A variant 3	88.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8H7Y8`	水稻	sp\|Q8H7Y8\|H2AV1_ORYSJ Probable histone H2A variant 1	88.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S857`	水稻	sp\|Q8S857\|H2AV2_ORYSJ Probable histone H2A variant 2	86.300%	Swiss-Prot	高置信

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