TkA04G013450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G013450

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3342985-3348612 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1987 bp · TkA04G013450|TK1151|cDNA

GAAAAGCAACATTTTGTTTCTCTTCTTCACTACTCGTAATGGATACCCTTCCTCTGCTTCACGGACCTTCCATGGCCAAACGCCCTTGTTGTTCCGATCCTTCCATCGCCAAAATTCCAGCAACAATGTTGCCAGAATCGGACGAAGATCGCTATGACAACGATGCGGTGTTAAAATCATTCTTAGGTGTCTCCGATTACGAGTCAATCAGCACCTCTTTCGACAGTCTAATCGAATCTAGGACTTCTGATTCCGATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1587 bp · TkA04G013450|TK1151|CDS

ATGGATACCCTTCCTCTGCTTCACGGACCTTCCATGGCCAAACGCCCTTGTTGTTCCGATCCTTCCATCGCCAAAATTCCAGCAACAATGTTGCCAGAATCGGACGAAGATCGCTATGACAACGATGCGGTGTTAAAATCATTCTTAGGTGTCTCCGATTACGAGTCAATCAGCACCTCTTTCGACAGTCTAATCGAATCTAGGACTTCTGATTCCGATCAAAATGACTTGATCCAACGCGCTCTTCACCTCGGCTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

528 aa · TkA04G013450|TK1151|PROTEIN

MDTLPLLHGPSMAKRPCCSDPSIAKIPATMLPESDEDRYDNDAVLKSFLGVSDYESISTSFDSLIESRTSDSDQNDLIQRALHLGSLLLEAGKRSDRKRSCSHNAVVWPLPPDLTIKVFALLDTQSVCYAAATCSFFQKCAADPLCFANIDLITSVPKVNNAVVSSMIRRAGNALQSIKLGVLPPCTHLLFCPSEPLVYSIRNSTDASGVSWNDKRSRQGKESSILTRSCLNSLSGNGGSPGARLRRLHLFNIERMDNTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G013450`
TK1151 ID	TkA04G013450
OH-1004 ID	LXL04_018807
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	53.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.470 / OH-1004 94.091 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G013450

位置 Chr04:3342985-3348612 (+)

描述 Similar to SKIP17: F-box protein SKIP17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02760`	F盒蛋白 At4g02760。	暂无已核实直接文献
`At4g02740`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018807 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:1990756 ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02733

ath:AT4G02740

ath:AT4G02760

hsa:84961

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.821

排名 1 · TkA04G013450 · TK1151

细胞质0.162

排名 2 · TkA04G013450 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA04G013450 · TK1151

质体0.039

排名 4 · TkA04G013450 · TK1151

线粒体0.034

排名 5 · TkA04G013450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24758LRR_At5g5637064-103 aa

PF24758LRR_At5g56370108-150 aa

PF12937F-box-like110-148 aa

PF00646F-box110-144 aa

PF29594LRR_SKP2243-384 aa

PF24758LRR_At5g56370243-307 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G013450	`PF24758`	LRR_At5g56370	64	103	3.1	8.1
TkA04G013450	`PF24758`	LRR_At5g56370	108	150	3.1	8.1
TkA04G013450	`PF12937`	F-box-like	110	148	6.8e-06	26.5
TkA04G013450	`PF00646`	F-box	110	144	0.0071	16.9
TkA04G013450	`PF29594`	LRR_SKP2	243	384	0.0022	18.0
TkA04G013450	`PF24758`	LRR_At5g56370	243	307	3.1	8.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SY03`	拟南芥	sp\|Q9SY03\|FB219_ARATH F-box protein At4g02760	37.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0WRC9`	拟南芥	sp\|Q0WRC9\|SKI17_ARATH F-box protein SKIP17	39.900%	Swiss-Prot	中等置信

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