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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G012270
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3061413-3064006 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2337 bp · TkA04G012270|TK1151|cDNA

TAAGTGAACATGGGCCCAATACCTATTCTTCCCTTGATCACTTGATTACACAGAAGACTGCATTACTGTATCACACTGTATCCTTGGAAACTAGAAACTATGCTCCGGTATGCTCGACGATCACTCGCCGCTGTCCGTTACTTTTCCGCCACAGCGGTGGCGGAAGCTTCGAAACCGCCAGCTCCATCCCCCGGTGCCATAGCCACCGCCACCAGGAAAAACGTCGGTGGCGGAAAGGACACTTTAGGTCGAAGGCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1560 bp · TkA04G012270|TK1151|CDS

ATGCTCCGGTATGCTCGACGATCACTCGCCGCTGTCCGTTACTTTTCCGCCACAGCGGTGGCGGAAGCTTCGAAACCGCCAGCTCCATCCCCCGGTGCCATAGCCACCGCCACCAGGAAAAACGTCGGTGGCGGAAAGGACACTTTAGGTCGAAGGCTTCTAAGCCTGGTTTACACGAAACGCAGCGCCGTTATCACCATAAAGAAATGGAAGGAGGAAGGACACTTAGTTCGTAAGTACGAGCTTAATCGCATAGTTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

519 aa · TkA04G012270|TK1151|PROTEIN

MLRYARRSLAAVRYFSATAVAEASKPPAPSPGAIATATRKNVGGGKDTLGRRLLSLVYTKRSAVITIKKWKEEGHLVRKYELNRIVRELRKLKRYKHALEVCEWMTLQQDIKLLEGDYAVHLDLIAKIRGINSAEKFFEDLPDQMKGQPTCTALLHTYVQHKDSLKAEALMAKMSECGFLKYPLPFNHMMSLYISTNQLQKVPEILQELKKNTSPDIVTYNLYLTACNSQNDIITAEKIILELKRRKVDPDWVTFSLLTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G012270
TK1151 IDTkA04G012270
OH-1004 IDLXL04_036981
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G012270
位置Chr04:3061413-3064006 (-)
描述Similar to At4g02820: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g02820 含五肽重复序列的蛋白 At4g02820，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g09450 含有五十二残基重复的蛋白 At5g09450，线粒体的。 暂无已核实直接文献
At4g21705 含五螺旋肽重复的蛋白At4g21705，线粒体的。 暂无已核实直接文献
At4g01990 含五十二肽重复序列蛋白At4g01990，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g02370 含有五重复螺旋蛋白的 At1g02370，位于线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036981 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT1G60770
ath:AT4G01990
ath:AT4G02820
ath:AT5G27460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.862
排名 1 · TkA04G012270 · TK1151
质体0.070
排名 2 · TkA04G012270 · TK1151
细胞核0.056
排名 3 · TkA04G012270 · TK1151
细胞质0.039
排名 4 · TkA04G012270 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA04G012270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24704DUF766751-112 aa
PF23276TPR_2474-168 aa
PF29070MSC6_N76-100 aa
PF13041PPR_283-105 aa
PF00515TPR_189-103 aa
PF17177PPR_long91-201 aa
PF13041PPR_2127-141 aa
PF12854PPR_1132-139 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G012270PF24704DUF7667511120.1512.9
TkA04G012270PF23276TPR_24741683.2e-0937.5
TkA04G012270PF29070MSC6_N761005.2e-0833.1
TkA04G012270PF13041PPR_2831053.2e-2588.7
TkA04G012270PF00515TPR_1891032.68.7
TkA04G012270PF17177PPR_long912011.1e-0732.2
TkA04G012270PF13041PPR_21271413.2e-2588.7
TkA04G012270PF12854PPR_11321390.09813.1
TkA04G012270PF24704DUF76671481740.1512.9
TkA04G012270PF13041PPR_21501783.2e-2588.7
TkA04G012270PF01535PPR1501791.4e-2279.0
TkA04G012270PF13812PPR_31501764.5e-1349.8
TkA04G012270PF23276TPR_241532363.2e-0937.5
TkA04G012270PF24711YxiG1812010.09213.6
TkA04G012270PF069833-dmu-9_3-mt1842140.03415.4
TkA04G012270PF13041PPR_21862273.2e-2588.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY07拟南芥sp|Q9SY07|PP302_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial62.100%Swiss-Prot高置信
Q94B59拟南芥sp|Q94B59|PP372_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial43.300%Swiss-Prot低置信
Q84JR3拟南芥sp|Q84JR3|PP334_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21705, mitochondrial35.500%Swiss-Prot低置信
Q93WC5拟南芥sp|Q93WC5|PP300_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01990, mitochondrial35.000%Swiss-Prot低置信
Q9FZ24拟南芥sp|Q9FZ24|PPR4_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial36.500%Swiss-Prot低置信

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