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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G007710
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 1847250-1859463 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1765 bp · TkA04G007710|TK1151|cDNA

GTAAGCCTAAGGTGCCAAAGCGTAAGATTAGACAAAATAAAATATTTACAGGTACAAAAGTTTGGATGTGGATAAAGTCTTCGTAAAATCTACCAAGCTCCGATCATCAACCATGGCAACGGTTTCGTCTTTTTCCTCTACCTCATGGCCAAACCCTAACCCTAATCACTCGGACGACCACTCCCCTGTAGTCACCACCGTCGACGGAAGCGAAGATCTCTTATCACTGCTACCGCCAATCAAAACAAACCCTGCTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2511 bp · TkA04G007710|TK1151|CDS

ATGTGGCGGAGCACCGTATTTTCGGAGAATGAAAATTCCGATCAGAGTATATCAGAGGATGATGATTTGGATGGAAACTTGCTAGAAGATCATGTCTCATTGGGCATTCCAGCTGAAGAAAAGGGTAAAGTACAAATTCTTTCACAGCTTGATATGCTCAGAGATGCTAATGAAGTAGATATAAATGTGGATGATGATGTTGAATTCCCATTATTTGCCAACAAGAATAAGCTCACATACACTACACAAAGAGCTTCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

836 aa · TkA04G007710|TK1151|PROTEIN

MWRSTVFSENENSDQSISEDDDLDGNLLEDHVSLGIPAEEKGKVQILSQLDMLRDANEVDINVDDDVEFPLFANKNKLTYTTQRASSCNSDEEILSDNEVGGNCMQLSKPSSFEGNRKDGVCTWLAANAETDDDDDDDDCGPFHPVSSRPKRSCKAKRKFSFRTQFQDEHNKTKSTSEQLEDKKSISSIGLNRYIKDDDSDCLGSDSLEEEEDEEEKHKIQGPKQKTIADQFHEALGASVSTNEQGHMYSRLGLFGKLQH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G007710
TK1151 IDTkA04G007710
OH-1004 IDLXL04_037050
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)65.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 91.198
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G007710
位置Chr04:1847250-1859463 (-)
描述Similar to ATG18A: Autophagy-related protein 18a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g62770 可能作为 PI(3,5)P₂ 调控复合体的组分，参与磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸的合成及周转。
Autophagy differentially controls plant basal immunity to biotrophic and necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04546.x
A critical role of autophagy in plant resistance to necrotrophic fungal pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04553.x
The autophagy gene, ATG18a, plays a negative role in powdery mildew resistance and mildew-induced cell death in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16967
At3g56440 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At2g40810 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At5g05150 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037050 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程
GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程
GO:0000425 pexophagy 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40810
ath:AT3G56440
ath:AT3G62770
ath:AT5G05150
xla:447310
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.626
排名 1 · TkA04G007710 · TK1151
细胞质0.285
排名 2 · TkA04G007710 · TK1151
细胞膜0.087
排名 3 · TkA04G007710 · TK1151
内质网0.071
排名 4 · TkA04G007710 · TK1151
高尔基体0.068
排名 5 · TkA04G007710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23385Beta-prop_IFT140_2nd170-208 aa
PF23726Beta-prop_RSE1_2nd458-497 aa
PF24817WD40_WDHD1_1st486-522 aa
PF00400WD40490-505 aa
PF21032PROPPIN492-825 aa
PF24807WD40_CDC20-Fz494-583 aa
PF23385Beta-prop_IFT140_2nd554-617 aa
PF25174Beta-prop_THOC3558-735 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G007710PF23385Beta-prop_IFT140_2nd1702080.0005819.8
TkA04G007710PF23726Beta-prop_RSE1_2nd4584971.2e-0732.1
TkA04G007710PF24817WD40_WDHD1_1st4865224.7e-0936.6
TkA04G007710PF00400WD404905051.4e-0629.3
TkA04G007710PF21032PROPPIN4928251.6e-35123.6
TkA04G007710PF24807WD40_CDC20-Fz4945831.1e-0835.4
TkA04G007710PF23385Beta-prop_IFT140_2nd5546170.0005819.8
TkA04G007710PF25174Beta-prop_THOC35587351.5e-1247.9
TkA04G007710PF23381Beta-prop_IFT122_1st5585838.3e-0935.9
TkA04G007710PF25175Beta-prop_WDR55596502.1e-0937.8
TkA04G007710PF24817WD40_WDHD1_1st5596994.7e-0936.6
TkA04G007710PF23414Beta-prop_EML_25596174.5e-0833.5
TkA04G007710PF21034BCAS3_WD405606184.4e-1246.1
TkA04G007710PF23335Beta-prop_IFT80_2nd5657140.04613.2
TkA04G007710PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd5797227.8e-0626.1
TkA04G007710PF23411Beta-prop_Vps415796130.004317.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93VB2拟南芥sp|Q93VB2|AT18A_ARATH Autophagy-related protein 18a77.500%Swiss-Prot高置信
Q0WPK3拟南芥sp|Q0WPK3|AT18D_ARATH Autophagy-related protein 18d61.800%Swiss-Prot高置信
Q8GYD7拟南芥sp|Q8GYD7|AT18C_ARATH Autophagy-related protein 18c62.700%Swiss-Prot高置信
Q9FHK8拟南芥sp|Q9FHK8|AT18E_ARATH Autophagy-related protein 18e50.000%Swiss-Prot高置信

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