TkA04G004040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G004040

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 973406-976940 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2657 bp · TkA04G004040|TK1151|cDNA

ATTTTGTTGGTAAAAAAGATTATATTTCGTATATAAGGTTGAACCCGACGTCGATGGTTTCCGTTTCTCTTTGGAACTCGTATAGTCGTATTAGGGTTTCTGACTTCTCTGTATCAGAGGCTCTCTACGCATTAGGGGAATTGCTGCAAGCCCACCGCTGGTTATTGAGAAAGATTTGGTATTTCTTCGATAACTAGGATTAGGTTTAGATGGGCACAGAAAGGAAAAGGAAGGTGAGCTTGTTCGACGTCGTAGATGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · TkA04G004040|TK1151|CDS

ATGGGCACAGAAAGGAAAAGGAAGGTGAGCTTGTTCGACGTCGTAGATGACGCCACAGCGACGGCCAAGGTTAACAAAGCAAACGGGGGAGCCGCCGTTCATGGTATCAACAATAGCACGGGAAGCATGACTGTGAACAGCTGGAATGGACGCCCTTACTCACAGCGTTATTTTGATATATTGGAGAAGAGAAAGACTCTGCCCGTTTGGCATCAGAAAGAGGAGTTTTTGAAAGTACTCAAAGAGAATCAGACGCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

731 aa · TkA04G004040|TK1151|PROTEIN

MGTERKRKVSLFDVVDDATATAKVNKANGGAAVHGINNSTGSMTVNSWNGRPYSQRYFDILEKRKTLPVWHQKEEFLKVLKENQTLILVGETGSGKTTQIPQFVLEAVEVESGDRRKKFMVGCTQPRRVAAMSVSRRVAEEMDVTIGEEVGYSIRFEDCSSAKTVLKYLTDGMLLREAMTDPLLERYKVIILDEAHERTLATDVLFGLLKEVLKNRADLKLVVMSATLEAEKFQGYFFGAPLMKVPGRLHPVEIFYTQEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G004040`
TK1151 ID	TkA04G004040
OH-1004 ID	LXL04_037093
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G004040

位置 Chr04:973406-976940 (+)

描述 Similar to At3g62310: Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g62310`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献
`At2g47250`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037093 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009636 response to toxic substance 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043279 response to alkaloid 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

GO:1900745 positive regulation of p38MAPK cascade 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47250

ath:AT3G62310

dme:Dmel_CG11107

hsa:1665

pon:100174435

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.629

排名 1 · TkA04G004040 · TK1151

细胞质0.375

排名 2 · TkA04G004040 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA04G004040 · TK1151

细胞膜0.039

排名 4 · TkA04G004040 · TK1151

内质网0.026

排名 5 · TkA04G004040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII65-229 aa

PF00437T2SSE71-101 aa

PF13604AAA_3072-212 aa

PF02562PhoH72-98 aa

PF00270DEAD73-229 aa

PF20720nSTAND374-109 aa

PF02367TsaE74-104 aa

PF10957Spore_Cse6074-84 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G004040	`PF04851`	ResIII	65	229	0.00027	21.6
TkA04G004040	`PF00437`	T2SSE	71	101	0.0086	15.5
TkA04G004040	`PF13604`	AAA_30	72	212	0.0046	17.4
TkA04G004040	`PF02562`	PhoH	72	98	0.18	12.0
TkA04G004040	`PF00270`	DEAD	73	229	3.2e-09	37.5
TkA04G004040	`PF20720`	nSTAND3	74	109	0.00023	21.6
TkA04G004040	`PF02367`	TsaE	74	104	0.16	12.7
TkA04G004040	`PF10957`	Spore_Cse60	74	84	0.33	11.8
TkA04G004040	`PF01695`	IstB_IS21	78	98	0.061	13.5
TkA04G004040	`PF12775`	AAA_7	78	109	0.074	13.3
TkA04G004040	`PF13245`	AAA_19	80	219	4.2e-06	27.7
TkA04G004040	`PF00005`	ABC_tran	80	195	0.0024	19.2
TkA04G004040	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	81	111	0.16	12.5
TkA04G004040	`PF10412`	TrwB_AAD_bind	81	105	0.26	10.8
TkA04G004040	`PF13401`	AAA_22	83	224	1.3e-08	35.9
TkA04G004040	`PF00448`	SRP54	85	148	0.019	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZQ9`	拟南芥	sp\|Q9LZQ9\|DEAH2_ARATH Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH2	88.300%	Swiss-Prot	高置信
`O22899`	拟南芥	sp\|O22899\|PRP43_ARATH Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH3	86.800%	Swiss-Prot	高置信

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