TkA04G002640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G002640

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 676567-678945 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2117 bp · TkA04G002640|TK1151|cDNA

CCTATGAACCCTCTTTTTATTTTAAAAAAGAAAAAAAAAAACCTCTCATCTCGAACGAGAACCGGGTTACATCAAACCGACCAAATACGCCGGCGGAAAGGCAAGAGAGAGGATGATGATTTTCCGATGCCGGAGCCGGATATCAATCGCTAAAACGTCGACGCTGCTCAGAATGTTTTGTACGGTGGTGGAAGCACCAAATGCTGCCGCCGAGGCTGTGTTGCCGCCACTTAAAGAATCCGCAAATGAAAAGCGGCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1092 bp · TkA04G002640|TK1151|CDS

ATGATGATTTTCCGATGCCGGAGCCGGATATCAATCGCTAAAACGTCGACGCTGCTCAGAATGTTTTGTACGGTGGTGGAAGCACCAAATGCTGCCGCCGAGGCTGTGTTGCCGCCACTTAAAGAATCCGCAAATGAAAAGCGGCTATACAGACGGCTGTCAGCGTTGGGAGCTACGGGAGGGACAGTACCACAAACATTGAATCAGTATATTAGAGAGGGTAATTTCATTAAAAAGGTTGAGCTAGAGAGATGTATCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

363 aa · TkA04G002640|TK1151|PROTEIN

MMIFRCRSRISIAKTSTLLRMFCTVVEAPNAAAEAVLPPLKESANEKRLYRRLSALGATGGTVPQTLNQYIREGNFIKKVELERCIRELRRYGKYQHALEVMEWMDKRDINFSNTDMAVRLDLISKVHGVGAAERYFHDLSPHLHNRNTYGALLNCYCKLKMTDKALALFKEIEAKNFTTSLAFNNLMTLYMGLEQPEKVAPLVEEMKKRKIQLSNFTYNIWMHSFSLLGDIEGVERVFEEITRDNKEACNWTTYSNIAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G002640`
TK1151 ID	TkA04G002640
OH-1004 ID	LXL04_037107
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.143 / OH-1004 65.548 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G002640

位置 Chr04:676567-678945 (-)

描述 Similar to At1g02370: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02370`	含有五重复螺旋蛋白的 At1g02370，位于线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g01990`	含五十二肽重复序列蛋白At4g01990，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g20710`	含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At5g09450`	含有五十二残基重复的蛋白 At5g09450，线粒体的。	暂无已核实直接文献
`At5g27460`	含五肽重复序列的蛋白 At5g27460。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037107 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02150

ath:AT1G02370

ath:AT1G60770

ath:AT4G01990

ath:AT4G21705

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.901

排名 1 · TkA04G002640 · TK1151

细胞核0.053

排名 2 · TkA04G002640 · TK1151

质体0.052

排名 3 · TkA04G002640 · TK1151

细胞质0.041

排名 4 · TkA04G002640 · TK1151

细胞膜0.015

排名 5 · TkA04G002640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_116-23 aa

PF31234TPR_Psidin_N68-128 aa

PF06133Com_YlbF81-103 aa

PF25064ARM_TT21_5th82-107 aa

PF23276TPR_2487-173 aa

PF13041PPR_289-111 aa

PF07719TPR_289-102 aa

PF01535PPR90-105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G002640	`PF12854`	PPR_1	16	23	4.3e-05	23.9
TkA04G002640	`PF31234`	TPR_Psidin_N	68	128	0.0087	16.3
TkA04G002640	`PF06133`	Com_YlbF	81	103	0.022	15.9
TkA04G002640	`PF25064`	ARM_TT21_5th	82	107	0.036	15.1
TkA04G002640	`PF23276`	TPR_24	87	173	5.1e-07	30.4
TkA04G002640	`PF13041`	PPR_2	89	111	4.5e-19	69.0
TkA04G002640	`PF07719`	TPR_2	89	102	0.083	13.8
TkA04G002640	`PF01535`	PPR	90	105	4.1e-18	65.0
TkA04G002640	`PF17177`	PPR_long	90	127	2.7e-06	27.6
TkA04G002640	`PF00515`	TPR_1	90	100	0.0017	18.8
TkA04G002640	`PF13812`	PPR_3	91	110	1.1e-10	42.1
TkA04G002640	`PF13424`	TPR_12	91	102	0.012	16.5
TkA04G002640	`PF13176`	TPR_7	93	103	0.14	13.0
TkA04G002640	`PF06133`	Com_YlbF	138	177	0.022	15.9
TkA04G002640	`PF10366`	Vps39_1	138	177	0.15	13.1
TkA04G002640	`PF14559`	TPR_19	139	180	0.0044	18.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ24`	拟南芥	sp\|Q9FZ24\|PPR4_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial	46.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93WC5`	拟南芥	sp\|Q93WC5\|PP300_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01990, mitochondrial	43.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SKU6`	拟南芥	sp\|Q9SKU6\|PP166_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial	32.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94B59`	拟南芥	sp\|Q94B59\|PP372_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial	32.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q3E911`	拟南芥	sp\|Q3E911\|PP400_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27460	32.500%	Swiss-Prot	中等置信

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