TkA04G002520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G002520

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 643198-650579 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

630 bp · TkA04G002520|TK1151|cDNA

ATGGATGGCGACGACTATAAACAGAGGAAGAGAGCATCGGATGGATTTGGAAGAGAAAATGGGAGGGTTCCTACCTGGAAGAGAAAATGGGTTTTGTATGGACCTACTCCGGAAGAAAGTCAACCTCAAAGATATGTATATTGTATTTGTTCACCTTTTAGAGCTATGAATTCCAAGTATGTCAGTGTATTTCAAGGAGAGTTGAAAGTAAACAAGCTTCGTGCTCATACAACTCATCGCATACGGGTTCTTAACAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

630 bp · TkA04G002520|TK1151|CDS

ATGGATGGCGACGACTATAAACAGAGGAAGAGAGCATCGGATGGATTTGGAAGAGAAAATGGGAGGGTTCCTACCTGGAAGAGAAAATGGGTTTTGTATGGACCTACTCCGGAAGAAAGTCAACCTCAAAGATATGTATATTGTATTTGTTCACCTTTTAGAGCTATGAATTCCAAGTATGTCAGTGTATTTCAAGGAGAGTTGAAAGTAAACAAGCTTCGTGCTCATACAACTCATCGCATACGGGTTCTTAACAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

209 aa · TkA04G002520|TK1151|PROTEIN

MDGDDYKQRKRASDGFGRENGRVPTWKRKWVLYGPTPEESQPQRYVYCICSPFRAMNSKYVSVFQGELKVNKLRAHTTHRIRVLNKRMQPLSVQIWSVEGVHHYHIARFHHPYHHPPPREHCVYCQPALQARPEGRCIASSKCKILSKLFYCCYHEDKRTKNNSSNLCFWKDERRMIYIKHHIDDKRLQNTMKRIGLNTIPAIEEVNIF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G002520`
TK1151 ID	TkA04G002520
OH-1004 ID	LXL04_000285
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 12.440 / OH-1004 14.857 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G002520

位置 Chr04:643198-650579 (-)

描述 Similar to BTF3: Basic transcription factor 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17880`	基础转录因子 3。	暂无已核实直接文献
`At1g73230`	新生多肽复合体β亚基。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000285 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:1905551 negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005854 nascent polypeptide-associated complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17880

ath:AT1G73230

hsa:689

mmu:218490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.431

排名 1 · TkA04G002520 · TK1151

细胞质0.377

排名 2 · TkA04G002520 · TK1151

线粒体0.169

排名 3 · TkA04G002520 · TK1151

细胞膜0.087

排名 4 · TkA04G002520 · TK1151

内质网0.049

排名 5 · TkA04G002520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15759TMEM108141-182 aa

PF28413At5g65660_helical146-158 aa

PF01849NAC185-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G002520	`PF15759`	TMEM108	141	182	0.19	11.4
TkA04G002520	`PF28413`	At5g65660_helical	146	158	0.099	13.0
TkA04G002520	`PF01849`	NAC	185	209	5.3e-06	27.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMW7`	拟南芥	sp\|Q9SMW7\|BTF3_ARATH Basic transcription factor 3	59.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9CAT7`	拟南芥	sp\|Q9CAT7\|BTF3L_ARATH Nascent polypeptide-associated complex subunit beta	80.800%	Swiss-Prot	低置信

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