TkA03G618230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G618230

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 157116104-157117837 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1656 bp · TkA03G618230|TK1151|cDNA

CTGAATCTGGGGCCTTGGCCCTTGGGGGTGTTGGTGGTGGATAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAAGTCATCAGGGATTCCACTAAACTAACCTCTTCATTCAAACTTCAAACACACCTTCTCTCTCTATCTCTTTTCTTCCTTTCTTTCTCTCCCACCATCCGATAAAATAAAATATAAACCCAAATTACTAAAAACTAAAGATGGATTAGGACCCTTCCCTTCTCCAAACGGACCCTCCCACCATTTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

693 bp · TkA03G618230|TK1151|CDS

ATGGCGCTTGAGCGATTGACTCTCTCTCCCTCTCCCGTCGCCGACCCCCTGGCCAACGGCGCCGAAGACCTCAACAAGCCTCCCAGGCTGCCTCGCTGGACCAGGCAAGAGCTTCTTGTGCTTATCCAAGGGAAACGAGTTGCAGAGAACCGGGTTCGGAGGGGAAGGAGCGCCGTTCTCGCTTTCGGCTCCGCTCAGGTCGAGCCCAAGTGGTCCTCCGTCTCCTCTTACTGTAAACGTCATGGGGTTAACCGGGGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

230 aa · TkA03G618230|TK1151|PROTEIN

MALERLTLSPSPVADPLANGAEDLNKPPRLPRWTRQELLVLIQGKRVAENRVRRGRSAVLAFGSAQVEPKWSSVSSYCKRHGVNRGPVQCRKRWSNLAGDFKKIKEWESQIKDEAESFWLMRNDLRRERKLPGFFDREVYDILDGGGGGGGGGGGGGPSCAEGDKSLVLSLAPWGAETENEVVFDSGRTAADDRLFSDEVMGEKDCKEAPTAPTPISGDSMVFFVLISRC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G618230`
TK1151 ID	TkA03G618230
OH-1004 ID	LXL04_011758
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.565 / OH-1004 67.164 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G618230

位置 Chr03:157116104-157117837 (-)

描述 Similar to ASR3: Trihelix transcription factor ASR3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33550`	结合DNA的转录抑制因子，通过负向调控免疫相关基因表达，抑制由flg22、elf18、几丁质及脂多糖（LPS）等微生物相关分子模式（MAMP）触发的免疫（PTI）。	Phosphorylation of trihelix transcriptional repressor ASR3 by MAP KINASE4 negatively regulates Arabidopsis immunity.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.134809

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011758 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:0071219 cellular response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · TkA03G618230 · TK1151

细胞质0.066

排名 2 · TkA03G618230 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA03G618230 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA03G618230 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA03G618230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15508NAAA-beta23-33 aa

PF13837Myb_DNA-bind_432-121 aa

PF00249Myb_DNA-binding32-43 aa

PF13921Myb_DNA-bind_633-104 aa

PF00249Myb_DNA-binding69-97 aa

PF15508NAAA-beta91-120 aa

PF16072DUF4813149-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G618230	`PF15508`	NAAA-beta	23	33	0.9	10.7
TkA03G618230	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	32	121	7.4e-11	43.0
TkA03G618230	`PF00249`	Myb_DNA-binding	32	43	0.019	15.8
TkA03G618230	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	33	104	0.0023	18.8
TkA03G618230	`PF00249`	Myb_DNA-binding	69	97	0.019	15.8
TkA03G618230	`PF15508`	NAAA-beta	91	120	0.9	10.7
TkA03G618230	`PF16072`	DUF4813	149	188	0.33	11.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ20`	拟南芥	sp\|Q8VZ20\|ASR3_ARATH Trihelix transcription factor ASR3	74.300%	Swiss-Prot	中等置信

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