TkA03G603240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G603240

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 153269493-153270584 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

720 bp · TkA03G603240|TK1151|cDNA

ATGAACAAACTTGTTAATGAAGGCATTCTTTCAAAATCCGGAACCGATAGTTTCAACATCAAGAGGCCCAGGAAAACGGAGTTTGAATTTGATGCTGTGAAAGAAGAAGGGGAGAAGAAAAGTCCATCCACAATGCTCGATGGTGATATGTACATGAAGGCACTCTTTCATGCTCTTCCAATGGACTACATTACTATTCCTAAGTTTCAAAGTAAACTTGGTGGTGAGGTTAACCAAACCATGGTTCGCAAACTAATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

720 bp · TkA03G603240|TK1151|CDS

ATGAACAAACTTGTTAATGAAGGCATTCTTTCAAAATCCGGAACCGATAGTTTCAACATCAAGAGGCCCAGGAAAACGGAGTTTGAATTTGATGCTGTGAAAGAAGAAGGGGAGAAGAAAAGTCCATCCACAATGCTCGATGGTGATATGTACATGAAGGCACTCTTTCATGCTCTTCCAATGGACTACATTACTATTCCTAAGTTTCAAAGTAAACTTGGTGGTGAGGTTAACCAAACCATGGTTCGCAAACTAATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

239 aa · TkA03G603240|TK1151|PROTEIN

MNKLVNEGILSKSGTDSFNIKRPRKTEFEFDAVKEEGEKKSPSTMLDGDMYMKALFHALPMDYITIPKFQSKLGGEVNQTMVRKLMDKTTKEGFIETSSIRRLGKRVVHSEITNKKLDEVRKALDFDASENLAAGTNRSTVGAFHSIGSERTRSTGRPELQQSVSNTHNNNTPTSNNQVPQPVSSIESYAGMKRGRNGNHDDKMDSSQTTINKRFRKASTVKEPVVQNMKRQKSQLQEA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G603240`
TK1151 ID	TkA03G603240
OH-1004 ID	LXL04_011387
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 41.930 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G603240

位置 Chr03:153269493-153270584 (+)

描述 Similar to ASY1: Meiosis-specific protein ASY1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: F4HRV8`	对雌雄配子体的正常减数分裂是必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0506800`	减数分裂同源染色体配对的重要因子。	An insertional mutation in the rice PAIR2 gene, the ortholog of Arabidopsis ASY1, results in a defect in homologous chromosome pairing during meiosis.2004 · DOI: 10.1007/s00438-003-0934-z PAIR2 is essential for homologous chromosome synapsis in rice meiosis I.2006 · DOI: 10.1242/jcs.02736

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011387 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0009554 megasporogenesis 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0051598 meiotic recombination checkpoint signaling 生物过程

GO:0000228 nuclear chromosome 细胞组分

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06620

ath:AT1G06650

ath:AT1G67370

ath:AT2G25450

dosa:Os09g0506800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.946

排名 1 · TkA03G603240 · TK1151

细胞质0.147

排名 2 · TkA03G603240 · TK1151

线粒体0.020

排名 3 · TkA03G603240 · TK1151

细胞膜0.017

排名 4 · TkA03G603240 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkA03G603240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12520DUF372376-177 aa

PF16600Caskin1-CID133-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G603240	`PF12520`	DUF3723	76	177	0.015	14.9
TkA03G603240	`PF16600`	Caskin1-CID	133	157	0.25	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HRV8`	拟南芥	sp\|F4HRV8\|ASY1_ARATH Meiosis-specific protein ASY1	44.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q76CY8`	水稻	sp\|Q76CY8\|PAIR2_ORYSJ Meiosis-specific protein PAIR2	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

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