TkA03G594350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G594350

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 150940500-150941452 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

649 bp · TkA03G594350|TK1151|cDNA

TCTCCCACTCGTGAATTCAATTTCCTATCTGTATATATAGACATCCATGTATGTATATGCATACATATATTTCATAGCTCGGGTTTCATCATAACAAAGATGGGAGCTCAGGTTTCATCACAACAAAGATCAGACAATGGAAAAGTAGTTTCGGTTCATTCTTTAGATAACTGGAAGACACAATTTCAAAACTCTAGAACGTCCAACAAACTGATGGTGGTTGATTTCTCAGCAGGTTGGTGTGGTCCTTGCAAGTTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

468 bp · TkA03G594350|TK1151|CDS

TCTCCCACTCGTGAATTCAATTTCCTATCTGTATATATAGACATCCATGTATGTATATGCATACATATATTTCATAGCTCGGGTTTCATCATAACAAAGATGGGAGCTCAGGTTTCATCACAACAAAGATCAGACAATGGAAAAGTAGTTTCGGTTCATTCTTTAGATAACTGGAAGACACAATTTCAAAACTCTAGAACGTCCAACAAACTGATGGTGGTTGATTTCTCAGCAGGTTGGTGTGGTCCTTGCAAGTTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

155 aa · TkA03G594350|TK1151|PROTEIN

SPTREFNFLSVYIDIHVCICIHIFHSSGFIITKMGAQVSSQQRSDNGKVVSVHSLDNWKTQFQNSRTSNKLMVVDFSAGWCGPCKFIEPAVHDLAVEFSDVEFIKIDVDELPDVAKDFEVQAMPTFVLVKKGKERERIVGVKKDELQRMIEKHRF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G594350`
TK1151 ID	TkA03G594350
OH-1004 ID	LXL04_013337
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	55.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 71.613 / OH-1004 79.286 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G594350

位置 Chr03:150940500-150941452 (+)

描述 Similar to TRX2: Thioredoxin H2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39950`	巯基-二硫键氧化还原酶，可能参与若干胞质酶的氧化还原调控。	暂无已核实直接文献
`At3g51030`	硫醇-二硫氧化还原酶，参与多种胞质酶的氧化还原调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0800700`	可能的硫醇-二硫氧化还原酶，可能参与多种胞质酶的氧化还原调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013337 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015035 protein-disulfide reductase activity 分子功能

GO:0016671 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor 分子功能

GO:0016712 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59730

ath:AT5G39950

dosa:Os03g0800700

dosa:Os07g0190800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.417

排名 1 · TkA03G594350 · TK1151

内质网0.247

排名 2 · TkA03G594350 · TK1151

细胞核0.231

排名 3 · TkA03G594350 · TK1151

高尔基体0.142

排名 4 · TkA03G594350 · TK1151

线粒体0.122

排名 5 · TkA03G594350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20207PedC-like32-60 aa

PF13905Thioredoxin_844-69 aa

PF08806Sep15_SelM45-61 aa

PF04756OST3_OST647-136 aa

PF00085Thioredoxin52-151 aa

PF08534Redoxin56-85 aa

PF13899Thioredoxin_758-113 aa

PF03190Thioredox_DsbH59-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G594350	`PF20207`	PedC-like	32	60	0.081	13.6
TkA03G594350	`PF13905`	Thioredoxin_8	44	69	2.8e-06	28.3
TkA03G594350	`PF08806`	Sep15_SelM	45	61	0.23	12.2
TkA03G594350	`PF04756`	OST3_OST6	47	136	0.001	19.3
TkA03G594350	`PF00085`	Thioredoxin	52	151	3.4e-28	98.4
TkA03G594350	`PF08534`	Redoxin	56	85	0.01	16.3
TkA03G594350	`PF13899`	Thioredoxin_7	58	113	0.0017	19.1
TkA03G594350	`PF03190`	Thioredox_DsbH	59	118	0.16	12.7
TkA03G594350	`PF13098`	Thioredoxin_2	60	152	9.2e-07	29.9
TkA03G594350	`PF00578`	AhpC-TSA	60	145	0.00045	20.9
TkA03G594350	`PF14595`	Thioredoxin_9	63	134	0.0019	18.8
TkA03G594350	`PF13728`	TraF	68	140	0.023	15.2
TkA03G594350	`PF13905`	Thioredoxin_8	69	110	2.8e-06	28.3
TkA03G594350	`PF20207`	PedC-like	81	147	0.081	13.6
TkA03G594350	`PF08806`	Sep15_SelM	102	153	0.23	12.2
TkA03G594350	`PF07689`	KaiB	106	141	0.18	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38879`	拟南芥	sp\|Q38879\|TRXH2_ARATH Thioredoxin H2	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`P29448`	拟南芥	sp\|P29448\|TRXH1_ARATH Thioredoxin H1	50.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q851R5`	水稻	sp\|Q851R5\|TRH22_ORYSJ Thioredoxin H2-2	57.700%	Swiss-Prot	中等置信

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