RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G565860
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 143571892-143586671 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3718 bp · TkA03G565860|TK1151|cDNA

CCGTGAGCCAATAGTAGCTAAACAACCAAATTAGTCCGCAGCTGACCTGCTGTCTCTCTAAACCCTAATGATTTGTGTCCAGCTCCTTCTTATTCGTTCTTTCCTCCATCTCCCTCCTTGCAGATTTCTGTAAACCCTAGAGGGAATTCTGTCACCACTTCCTTCACAATCCTTCTACGATTTCCAGAATCGTTAATCGTTATCTTCTGATTCAAACGACGCGGACATGGATCTTCCAAGCCTTGCTGTTGTTCTGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2409 bp · TkA03G565860|TK1151|CDS

ATGATTCTTTTCTTGAATATATTGGAAAGACCTGTTCCATTAGAGGGCCAACCTACTGATCCAGATCTTCGCAAGTCATGGGGATGGTGGAAGGTGAAGAAGTGGACAGTCCATATTTTAAACCGTCTCTATACTCGGTTTGGGGATCTGAAATTGCAAAATCCAGAAAACAAAGCTTTTGCACAACACTTTCAGAAAAACTATGCTGGGAAGATATTGGAATGTCATTTGAATTTGTTGAATGCGGTTCGTGTTGGTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

802 aa · TkA03G565860|TK1151|PROTEIN

MILFLNILERPVPLEGQPTDPDLRKSWGWWKVKKWTVHILNRLYTRFGDLKLQNPENKAFAQHFQKNYAGKILECHLNLLNAVRVGAYLPDRVTNLILQYLSNSISKAATYNLLQARLDVVLFEIIFPLMCFNDNDQKLWEEDPYEYVRKGYDIIEDLYSPRTAAMDFVSELVRKRGKENLQKFILFIVEIFKRYEAAPVEVKPYRQKDGALLAIGTLCDKLKQTEPYKSELEHMLVQHVFPEFNSPVGHIRAKAAWVAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G565860
TK1151 IDTkA03G565860
OH-1004 IDLXL04_011113
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 78.070
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G565860
位置Chr03:143571892-143586671 (+)
描述Similar to SAD2: Importin beta-like SAD2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g31660 可能在细胞核蛋白质进口中发挥功能，可作为自主核转运受体或与其他进口素亚基关联的适配蛋白（可能）。
Mutation of SAD2, an importin beta-domain protein in Arabidopsis, alters abscisic acid sensitivity.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02833.x
SAD2, an importin -like protein, is required for UV-B response in Arabidopsis by mediating MYB4 nuclear trafficking.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048900
SAD2 in Arabidopsis functions in trichome initiation through mediating GL3 function and regulating GL1, TTG1 and GL2 expression.2008 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2008.00695.x
Jasmonic acid control of GLABRA3 links inducible defense and trichome patterning in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1242/dev.030585
An importin β protein negatively regulates MicroRNA activity in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.091058
At3g59020 可能功能为核蛋白导入，既可能作为自主核转运受体，也可能作为与其他进口素亚基相关的适配蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011113 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程
GO:1900182 positive regulation of protein localization to nucleus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分
GO:0005643 nuclear pore 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0030695 GTPase regulator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G31660
ath:AT3G59020
ddi:DDB_G0269860
hsa:10527
mmu:233726
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.719
排名 1 · TkA03G565860 · TK1151
细胞质0.483
排名 2 · TkA03G565860 · TK1151
细胞膜0.046
排名 3 · TkA03G565860 · TK1151
内质网0.043
排名 4 · TkA03G565860 · TK1151
线粒体0.042
排名 5 · TkA03G565860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08389Xpo163-114 aa
PF08506Cse191-220 aa
PF07267Nucleo_P87102-139 aa
PF25018HEAT_IPO9_c133-308 aa
PF13513HEAT_EZ162-185 aa
PF13513HEAT_EZ206-221 aa
PF13513HEAT_EZ251-300 aa
PF10274ParcG273-361 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G565860PF08389Xpo1631140.05714.2
TkA03G565860PF08506Cse1912201.9e-0731.0
TkA03G565860PF07267Nucleo_P871021390.04113.3
TkA03G565860PF25018HEAT_IPO9_c1333081.3e-0525.4
TkA03G565860PF13513HEAT_EZ1621850.0002922.0
TkA03G565860PF13513HEAT_EZ2062210.0002922.0
TkA03G565860PF13513HEAT_EZ2513000.0002922.0
TkA03G565860PF10274ParcG2733610.006817.3
TkA03G565860PF13513HEAT_EZ3113280.0002922.0
TkA03G565860PF25018HEAT_IPO9_c3784011.3e-0525.4
TkA03G565860PF13513HEAT_EZ3894290.0002922.0
TkA03G565860PF03378CAS_CSE13926730.03613.3
TkA03G565860PF10274ParcG4084510.006817.3
TkA03G565860PF25758TPR_IPO114106791.9e-0834.5
TkA03G565860PF08389Xpo15876050.05714.2
TkA03G565860PF10274ParcG6136570.006817.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IRR2拟南芥sp|F4IRR2|SAD2_ARATH Importin beta-like SAD275.100%Swiss-Prot高置信
F4J738拟南芥sp|F4J738|SAD2H_ARATH Importin beta-like SAD2 homolog72.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看