TkA03G558250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G558250

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 141339192-141345100 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2126 bp · TkA03G558250|TK1151|cDNA

CTAAATCTTAAAAAAGTCAAAATCGATTTTGACGTACTACCTCAAACACCGCCAAGACGTCGGCCGTGACGCCGTGTTGTTAGTGAAACTTCCGGTACTGTTAAGCGGAGGGTTTCTTTCCCTAGAGCACCGATCAGGTACAGGGAAATCATCCTTTCTCTACATATCCCCACACCATCAATTCAACATATATGGCGACCTTGCTTCTTCGCAGGAGGCTCTCTCCGTCAACAGTTTCTCGTACTCTTCTCTGCAATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2691 bp · TkA03G558250|TK1151|CDS

ATGAGTTACACACATGGGAATGAAGATAGGCTAAGCCATTTACCTGAAGAGATTCTTTCACGTATACTCTCTTCAATCCCTACAAAATTGGCTGTGCGAACAAGCATCTTATCCAAAAAATGGAGGTACAAATGGACGTTAGTCACAATCCTCGACTTTGACGACGATCGCCCTATCGATGCTTTCCATTCCTTGTCGAATTTTGTAAACCGCGCTTTCAAACTCTGCCAAACATCCAAAATCAAGCGATTCCGGTTACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

896 aa · TkA03G558250|TK1151|PROTEIN

MSYTHGNEDRLSHLPEEILSRILSSIPTKLAVRTSILSKKWRYKWTLVTILDFDDDRPIDAFHSLSNFVNRAFKLCQTSKIKRFRLRLSRYGLQTTSEVKSNISNWIKESVRLNVCEVDLHLTPFEMPVTLFTCKTLTKLSLSGWGMEGYVGSNVSIILPLLKTLHITSPINFPGRVSVNSFRLIHSCPMLESLSLEIAMCNNQEDYNFNIATLKRLKLKIVSVLSLNKVILNLPNLESLSFAGLLRSLFVVKDLSSLVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G558250`
TK1151 ID	TkA03G558250
OH-1004 ID	LXL04_010956
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G558250

位置 Chr03:141339192-141345100 (-)

描述 Similar to SUV3: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14790`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献
`At5g39840`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0746500`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	OsSUV3 dual helicase functions in salinity stress tolerance by maintaining photosynthesis and antioxidant machinery in rice (Oryza sativa L. cv. IR64).2013 · DOI: 10.1111/tpj.12277 OsSUV3 transgenic rice maintains higher endogenous levels of plant hormones that mitigates adverse effects of salinity and sustains crop productivity.2014 · DOI: 10.1186/s12284-014-0017-2
`UniProt: Q01IJ3`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献
`Os04g0459800`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010956 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010929 positive regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程

GO:0080038 positive regulation of cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14790

ath:AT5G39840

dosa:Os03g0746500

dosa:Os04g0459800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.513

排名 1 · TkA03G558250 · TK1151

质体0.243

排名 2 · TkA03G558250 · TK1151

细胞质0.170

排名 3 · TkA03G558250 · TK1151

线粒体0.090

排名 4 · TkA03G558250 · TK1151

细胞膜0.026

排名 5 · TkA03G558250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box11-46 aa

PF12937F-box-like11-42 aa

PF00646F-box121-137 aa

PF22527DEXQc_Suv3407-560 aa

PF00271Helicase_C580-686 aa

PF18147Suv3_C_1768-809 aa

PF12513SUV3_C834-881 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G558250	`PF00646`	F-box	11	46	7.7e-06	26.3
TkA03G558250	`PF12937`	F-box-like	11	42	0.0051	17.3
TkA03G558250	`PF00646`	F-box	121	137	7.7e-06	26.3
TkA03G558250	`PF22527`	DEXQc_Suv3	407	560	1.4e-65	220.3
TkA03G558250	`PF00271`	Helicase_C	580	686	2.2e-12	47.9
TkA03G558250	`PF18147`	Suv3_C_1	768	809	5.2e-09	36.6
TkA03G558250	`PF12513`	SUV3_C	834	881	7.1e-16	58.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMX1`	拟南芥	sp\|Q9SMX1\|SUV3M_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16, mitochondrial	72.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KFV7`	拟南芥	sp\|F4KFV7\|SUV3L_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH18, mitochondrial	40.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10D00`	水稻	sp\|Q10D00\|SUV3M_ORYSJ ATP-dependent RNA helicase SUV3, mitochondrial	71.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q01IJ3`	水稻	sp\|Q01IJ3\|SUV3L_ORYSI ATP-dependent RNA helicase SUV3L, mitochondrial	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7X745`	水稻	sp\|Q7X745\|SUV3L_ORYSJ ATP-dependent RNA helicase SUV3L, mitochondrial	42.000%	Swiss-Prot	中等置信

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