TkA03G552410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G552410

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 139866201-139870332 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2329 bp · TkA03G552410|TK1151|cDNA

CAAATATTTTTGAGTGGGCTTGGCCAAGTAAGACTAAAAATGAAAATTTAATGAGTGGAGTGGTGAAAGCATCCAGGCGGCTGAATCACCACCACGTTCGTAAGATGATTTGGCGAATCCTTCTTCAAATACGACACTCCCGTCTTCGCTGTTGTGCTCAGTCTCTTCACGGCTTCACGCTCCCATTCCATTCATCAAAACTCTCGACCCTTTTTGCTATTCATCTTAGATCCTGCCTTTTCACCCATCTCATCCATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1029 bp · TkA03G552410|TK1151|CDS

ATGTCTAAAGCTGGAGCATTTGATCTTGCATCAGGACTCGGCGGCAAAATTGAGAAAGATGACGTCCTCTCCGCCGTCGATAAGTATGAGAAGTATCATGCAAGTTTTGGAGGTGTTGAAGAAGACAGAAAGGCCAACTACACTGATATGGTTAACAAATACTATGATCTTGTCACAAGCTTCTACGAGTATGGTTGGGGAGAATCTTTCCATTTTGCCCCTAGATGGAAAGGGGAATCACTTAGAGAGAGCATTAAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

342 aa · TkA03G552410|TK1151|PROTEIN

MSKAGAFDLASGLGGKIEKDDVLSAVDKYEKYHASFGGVEEDRKANYTDMVNKYYDLVTSFYEYGWGESFHFAPRWKGESLRESIKRHEHFLALQLGLKPGQKVLDVGCGIGGPLREIARFSSTSVMGINNNEYQISRGKALNRVAGVDRTCDFTKADFMKMPFPDNSYDAVYAIEATCHAPDAVGCYKEIFRVLKPGQSFAAYEWCMTDAFDPNNQDHQKIKAEIEIGDGLPEIRSTRQCLAALKEAGFEVIWEQDLAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G552410`
TK1151 ID	TkA03G552410
OH-1004 ID	LXL04_025310
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	44.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.199 / OH-1004 88.056 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G552410

位置 Chr03:139866201-139870332 (-)

描述 Similar to SMT2: 24-methylenesterol C-methyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13710`	催化从 S-腺苷甲硫氨酸到环木菠萝烯醇 C-24 的甲基转移，形成 24-亚甲基环木菠萝烯醇。	Sterol methyltransferase 1 controls the level of cholesterol in plants.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.853

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0206700`	催化S-腺苷基甲硫氨酸向环化花生醇的C-24位置甲基转移，形成24-亚甲基环化花生醇。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025310 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程

GO:0007389 pattern specification process 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20330

ath:AT1G76090

ath:AT5G13710

ddi:DDB_G0288907

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.423

排名 1 · TkA03G552410 · TK1151

线粒体0.265

排名 2 · TkA03G552410 · TK1151

细胞质0.219

排名 3 · TkA03G552410 · TK1151

细胞膜0.104

排名 4 · TkA03G552410 · TK1151

细胞核0.092

排名 5 · TkA03G552410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02353CMAS46-258 aa

PF13649Methyltransf_2549-63 aa

PF13489Methyltransf_2351-62 aa

PF01209Ubie_methyltran91-206 aa

PF05175MTS91-160 aa

PF13489Methyltransf_2392-253 aa

PF07021MetW92-174 aa

PF01135PCMT96-112 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G552410	`PF02353`	CMAS	46	258	1.5e-10	41.5
TkA03G552410	`PF13649`	Methyltransf_25	49	63	3e-18	67.0
TkA03G552410	`PF13489`	Methyltransf_23	51	62	7e-10	39.6
TkA03G552410	`PF01209`	Ubie_methyltran	91	206	1e-09	38.8
TkA03G552410	`PF05175`	MTS	91	160	0.13	12.5
TkA03G552410	`PF13489`	Methyltransf_23	92	253	7e-10	39.6
TkA03G552410	`PF07021`	MetW	92	174	0.0017	18.8
TkA03G552410	`PF01135`	PCMT	96	112	0.015	15.8
TkA03G552410	`PF01728`	FtsJ	97	161	0.026	15.1
TkA03G552410	`PF13847`	Methyltransf_31	99	224	1.6e-17	64.4
TkA03G552410	`PF08003`	Methyltransf_9	101	180	0.0021	17.8
TkA03G552410	`PF09445`	Methyltransf_15	102	161	0.038	14.3
TkA03G552410	`PF13649`	Methyltransf_25	104	198	3e-18	67.0
TkA03G552410	`PF08241`	Methyltransf_11	105	201	1.8e-20	74.0
TkA03G552410	`PF08242`	Methyltransf_12	105	198	8.5e-09	36.8
TkA03G552410	`PF29244`	Methyltransf_ANTKMT	106	177	1.7e-05	26.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LM02`	拟南芥	sp\|Q9LM02\|SMT1_ARATH Cycloartenol-C-24-methyltransferase	81.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZIX2`	水稻	sp\|Q6ZIX2\|SMT1_ORYSJ Cycloartenol-C-24-methyltransferase 1	78.900%	Swiss-Prot	高置信

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