TkA03G543780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G543780

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137104209-137106764 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1144 bp · TkA03G543780|TK1151|cDNA

CTCTAATCCATCACAAAAAACAGAAAAACAAGATGACATATATTGTCAAATACAAACTAGGAATTCTTTTTCCTTTGATCTTCAATTAATTAATTATTTGACAACCCAATTTGGTTGGGTACCTCTCCTCTTGTTGGGGTTTTTCATTTTTTCAGAAAAAAAATAGAGAAGAAAATAAGAAGGAAAAAGGATGTCTTTCACAGGAACTTTGGATAAATGCAAAACTTGCGATAAGACTGTTTATTTTGTTGATTTATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA03G543780|TK1151|CDS

ATGTCTTTCACAGGAACTTTGGATAAATGCAAAACTTGCGATAAGACTGTTTATTTTGTTGATTTATTGACTGCCGATGGAGTTACATATCATAAAGCGTGCTTTAAATGCACCCATTGCAAAGGCACTCTTTCGATGAGCAACTACTCCTCAATGGATGGTGTCCTTTACTGCAGGCATCATTTTGAACAACTCTTCAAGGAATCGGGGAACTTCAGCAAGAATTTTTCGACAAAAGAAAAAGAAAAGGTGCCTCCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA03G543780|TK1151|PROTEIN

MSFTGTLDKCKTCDKTVYFVDLLTADGVTYHKACFKCTHCKGTLSMSNYSSMDGVLYCRHHFEQLFKESGNFSKNFSTKEKEKVPPSKVSSIFTGTQDKCRQCNKVVYPLEKITMEGEPYHKSCFKCAHGGCPLTHSSYAALDGILYCKHHFAQLFMEKGNYTHVLEAANRRSNAKPEDIAEHPPAEEEGGGGGGGGDDEDGQPEAPTEEEQPHQPPPEED

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G543780`
TK1151 ID	TkA03G543780
OH-1004 ID	LXL04_029626
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.543 / OH-1004 91.371 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G543780

位置 Chr03:137104209-137106764 (+)

描述 Similar to PLIM2C: LIM domain-containing protein PLIM2c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01780`	与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。	Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
`At2g45800`	与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。	Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
`At2g39900`	与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。	暂无已核实直接文献
`At3g55770`	与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。	Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0532500`	含LIM结构域的蛋白质PLIM2b。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029626 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051015 actin filament binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39900

ath:AT2G45800

ath:AT3G55770

ath:AT3G61230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.720

排名 1 · TkA03G543780 · TK1151

细胞核0.249

排名 2 · TkA03G543780 · TK1151

细胞膜0.140

排名 3 · TkA03G543780 · TK1151

高尔基体0.069

排名 4 · TkA03G543780 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA03G543780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27538NosR9-44 aa

PF17848Zn_ribbon_ACC9-18 aa

PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_29-39 aa

PF00412LIM10-66 aa

PF17848Zn_ribbon_ACC35-42 aa

PF03966Trm112p36-60 aa

PF27538NosR99-129 aa

PF17848Zn_ribbon_ACC99-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G543780	`PF27538`	NosR	9	44	0.1	13.2
TkA03G543780	`PF17848`	Zn_ribbon_ACC	9	18	1.9	9.5
TkA03G543780	`PF25454`	zf-C3HC4_IRF-2BP1_2	9	39	1.9	9.5
TkA03G543780	`PF00412`	LIM	10	66	5.3e-24	85.0
TkA03G543780	`PF17848`	Zn_ribbon_ACC	35	42	1.9	9.5
TkA03G543780	`PF03966`	Trm112p	36	60	0.017	15.7
TkA03G543780	`PF27538`	NosR	99	129	0.1	13.2
TkA03G543780	`PF17848`	Zn_ribbon_ACC	99	108	1.9	9.5
TkA03G543780	`PF25454`	zf-C3HC4_IRF-2BP1_2	99	129	1.9	9.5
TkA03G543780	`PF00412`	LIM	100	156	5.3e-24	85.0
TkA03G543780	`PF03966`	Trm112p	126	149	0.017	15.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1ECF5`	拟南芥	sp\|Q1ECF5\|PLI2B_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2b	70.700%	Swiss-Prot	高置信
`O80839`	拟南芥	sp\|O80839\|PLI2A_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2a	72.000%	Swiss-Prot	高置信
`O04193`	拟南芥	sp\|O04193\|WLI2A_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2a	63.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M047`	拟南芥	sp\|Q9M047\|WLI2B_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2b	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q7F9R9`	水稻	sp\|Q7F9R9\|PLI2B_ORYSJ LIM domain-containing protein PLIM2b	60.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情