TkA03G543200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G543200

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 136964007-136964783 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

387 bp · TkA03G543200|TK1151|cDNA

AGGTTCTGCCTCTTTCTCCCTTGCGTCTTTAGAACAACGAAATCGGGCACACGCAAAAACCCCCTCCACTTCTCCCTTGCGTCTTCTTCCTCCGACGCCTTAAAGATCACAGGCGCTGTTGTTCTTCCGCCTCTGCAGCGACGCATTGCCACCGCCCTTGTTCTTCCGTCGTCGCCCTACTGCGGCCACTGTGAAGCTGCAAATTTGGTTTCTACTCATAGTGCATACGCATTGAATATGGACGCAATCATGGAAAGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

387 bp · TkA03G543200|TK1151|CDS

AGGTTCTGCCTCTTTCTCCCTTGCGTCTTTAGAACAACGAAATCGGGCACACGCAAAAACCCCCTCCACTTCTCCCTTGCGTCTTCTTCCTCCGACGCCTTAAAGATCACAGGCGCTGTTGTTCTTCCGCCTCTGCAGCGACGCATTGCCACCGCCCTTGTTCTTCCGTCGTCGCCCTACTGCGGCCACTGTGAAGCTGCAAATTTGGTTTCTACTCATAGTGCATACGCATTGAATATGGACGCAATCATGGAAAGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

129 aa · TkA03G543200|TK1151|PROTEIN

RFCLFLPCVFRTTKSGTRKNPLHFSLASSSSDALKITGAVVLPPLQRRIATALVLPSSPYCGHCEAANLVSTHSAYALNMDAIMERTTSSVYTLADGGVGDWFGNLMYSAGQQANEAVQIRLVRFGQMF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G543200`
TK1151 ID	TkA03G543200
OH-1004 ID	LXL04_030979
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 44.186 / OH-1004 18.269 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G543200

位置 Chr03:136964007-136964783 (+)

描述 Similar to CCDA2: Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54290`	还原当量从基质转移到类囊体腔所需的。	A homolog of prokaryotic thiol disulfide transporter CcdA is required for the assembly of the cytochrome b6f complex in Arabidopsis chloroplasts.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m404285200 CcdA is a thylakoid membrane protein required for the transfer of reducing equivalents from stroma to thylakoid lumen in the higher plant chloroplast.2010 · DOI: 10.1089/ars.2010.3138

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0140800`	可能参与将还原当量从基质转移到类囊体腔，并且对质体细胞色素b6f复合体的生物发生是必需的。	暂无已核实直接文献
`Os12g0137300`	可能参与将还原当量从基质转移到类囊体腔，并且对质体细胞色素b6f复合体的生物发生是必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030979 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010190 cytochrome b6f complex assembly 生物过程

GO:0017004 cytochrome complex assembly 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0055035 plastid thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G54290

dosa:Os11g0140800

dosa:Os12g0137300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.434

排名 1 · TkA03G543200 · TK1151

线粒体0.234

排名 2 · TkA03G543200 · TK1151

细胞质0.146

排名 3 · TkA03G543200 · TK1151

细胞核0.136

排名 4 · TkA03G543200 · TK1151

细胞膜0.055

排名 5 · TkA03G543200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M5P3`	拟南芥	sp\|Q9M5P3\|CCDA_ARATH Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein	51.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q2RAR6`	水稻	sp\|Q2RAR6\|CCDA1_ORYSJ Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein 1	76.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q2QY07`	水稻	sp\|Q2QY07\|CCDA2_ORYSJ Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein 2	73.500%	Swiss-Prot	低置信

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