TkA03G511300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G511300

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 128214951-128215676 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

651 bp · TkA03G511300|TK1151|cDNA

ATGTCAGAGTCAGAAGGTTTGGAGTCGCCAAAACCTCAATCTTCTGGAAGGCAATCAAAAACACTACAACCCGACCCTTTAAAGTGCCCCAGATGTGAATCAACAAACACAAAGTTCTGCTACTACAATAACTACAACAAAATGCAACCTCGATACGTTTGCAAAGCTTGTAAGAGGCATTGGACTGAAGGTGGCATTCTTCGTAGTGTCCCCATTGGTGGTGGACGGAAAAACAAGCGACTCCGGCGACCTAAAATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · TkA03G511300|TK1151|CDS

ATGTCAGAGTCAGAAGGTTTGGAGTCGCCAAAACCTCAATCTTCTGGAAGGCAATCAAAAACACTACAACCCGACCCTTTAAAGTGCCCCAGATGTGAATCAACAAACACAAAGTTCTGCTACTACAATAACTACAACAAAATGCAACCTCGATACGTTTGCAAAGCTTGTAAGAGGCATTGGACTGAAGGTGGCATTCTTCGTAGTGTCCCCATTGGTGGTGGACGGAAAAACAAGCGACTCCGGCGACCTAAAATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

216 aa · TkA03G511300|TK1151|PROTEIN

MSESEGLESPKPQSSGRQSKTLQPDPLKCPRCESTNTKFCYYNNYNKMQPRYVCKACKRHWTEGGILRSVPIGGGRKNKRLRRPKIAVTGTIAIRSNPSEDQDSLLPRSRDPKDTSDVESYTDIEELKGLISWDFNGGFIGCTMQQALSCFETNASSYIPKTCTEMLENDDDSTITSTSMIMPSNFLELNNWNWNDLDTMIQDDMNKPWEDPTFRT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G511300`
TK1151 ID	TkA03G511300
OH-1004 ID	LXL04_010206
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 57.794 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G511300

位置 Chr03:128214951-128215676 (-)

描述 Similar to PBF: Dof zinc finger protein PBF

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28310`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g00940`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g66940`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0726300`	可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010206 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0090057 root radial pattern formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28310

ath:AT5G60200

ath:AT5G66940

dosa:Os02g0726300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · TkA03G511300 · TK1151

细胞质0.204

排名 2 · TkA03G511300 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA03G511300 · TK1151

细胞膜0.024

排名 4 · TkA03G511300 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA03G511300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23451Zn_ribbon_PaaD18-58 aa

PF24458DUF757322-59 aa

PF02701Zn_ribbon_Dof26-79 aa

PF12760Zn_ribbon_IS159526-60 aa

PF27208TP_021428-61 aa

PF01096Zn_ribbon_TFIIS28-39 aa

PF03811Zn_ribbon_InsA28-58 aa

PF08271Zn_Ribbon_TF28-57 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G511300	`PF23451`	Zn_ribbon_PaaD	18	58	0.11	12.9
TkA03G511300	`PF24458`	DUF7573	22	59	0.97	10.2
TkA03G511300	`PF02701`	Zn_ribbon_Dof	26	79	7e-31	106.9
TkA03G511300	`PF12760`	Zn_ribbon_IS1595	26	60	0.71	10.6
TkA03G511300	`PF27208`	TP_0214	28	61	0.00046	20.5
TkA03G511300	`PF01096`	Zn_ribbon_TFIIS	28	39	2.5	8.7
TkA03G511300	`PF03811`	Zn_ribbon_InsA	28	58	3.1	8.3
TkA03G511300	`PF08271`	Zn_Ribbon_TF	28	57	5.6	7.3
TkA03G511300	`PF01096`	Zn_ribbon_TFIIS	51	62	2.5	8.7
TkA03G511300	`PF27208`	TP_0214	159	169	0.00046	20.5
TkA03G511300	`PF08271`	Zn_Ribbon_TF	163	170	5.6	7.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZA4`	拟南芥	sp\|Q9FZA4\|DOF14_ARATH Dof zinc finger protein DOF1.4	72.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M161`	拟南芥	sp\|Q9M161\|DOF41_ARATH Dof zinc finger protein DOF4.1	61.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FGD6`	拟南芥	sp\|Q9FGD6\|DOF58_ARATH Dof zinc finger protein DOF5.8	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6Z345`	水稻	sp\|Q6Z345\|DOF4_ORYSJ Dof zinc finger protein 4	72.400%	Swiss-Prot	低置信

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