RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G499760
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 125453568-125468340 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3088 bp · TkA03G499760|TK1151|cDNA

AGAAAATCAGCTTTGACTAATTCAAAGCATCACTCCTAAACCTAAACTACTTCGCCGAAATTCGAACAACTTGAGCAACACTTTCCCGGAAAGATGATCGATCTTCTTTTTTCCAACTTTGCCGTGAATTTTAAAAAAGACGTGAAAATGACCGAAACCGCTCCCATGATCAATCAGCTATTCTCTGTGAACCTTTTATGATATGCCATAATGCCAATATTGTGTTTCTTTAGAACCATTGCACAAACAAAAACACAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2523 bp · TkA03G499760|TK1151|CDS

ATGTATCAAGAAAAAATCATTCTACTATCATTGTTGTTGATCCTTTTTGTCAGATTCTGCACTTCTACCGACTCCATCACACTCACTCATCCCCTTAAAGATGGCGATGTTTTGGTCTCAGATGGAGAAACTTTCGCGCTTGGATTCTTTAGCCCAAGAAATTCCAGCGACCGCTATGTGGGTATCTGGTACAACAAGGTGTCGGAGCAAACCGTCGTTTGGGTTGCCAATAGAGACCGTCCGATCACTAACTCAACCGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

840 aa · TkA03G499760|TK1151|PROTEIN

MYQEKIILLSLLLILFVRFCTSTDSITLTHPLKDGDVLVSDGETFALGFFSPRNSSDRYVGIWYNKVSEQTVVWVANRDRPITNSTGILSLDETGNLVLRESGQPFVFWSTNVSGVVNNDVNSAKLLDSGNLVLFQGQNREVYSWQSFDYPSNTILPGSKFGVDKKTGLNREATSWITNGNPGVGEYSFKMEIVGSPQLFLYQDTTPIWRGGSWTGHGWSGIPEMTHIYLFNVTYTNNNDEVALSYVIHNSSILSRFVLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G499760
TK1151 IDTkA03G499760
OH-1004 IDLXL04_010119
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.667 / OH-1004 43.237
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G499760
位置Chr03:125453568-125468340 (-)
描述Similar to RKS1: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase RKS1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g11410 G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g11410。 暂无已核实直接文献
At1g11340 G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RKS1。 暂无已核实直接文献
At4g21380 参与细胞扩张和分化的调节。 暂无已核实直接文献
At1g65790 参与细胞扩张和分化的调节。 暂无已核实直接文献
UniProt: P0DH86 自交不亲和性的雌性特异性决定因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0048544 recognition of pollen 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005516 calmodulin binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11340
ath:AT1G11410
ath:AT4G21380
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.864
排名 1 · TkA03G499760 · TK1151
内质网0.079
排名 2 · TkA03G499760 · TK1151
细胞质0.071
排名 3 · TkA03G499760 · TK1151
细胞核0.041
排名 4 · TkA03G499760 · TK1151
溶酶体／液泡0.025
排名 5 · TkA03G499760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01453B_lectin71-176 aa
PF00954S_locus_glycop209-319 aa
PF08276PAN_2342-408 aa
PF14610Psg1424-470 aa
PF00069Pkinase520-719 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr522-781 aa
PF03109ABC1525-569 aa
PF03109ABC1587-677 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G499760PF01453B_lectin711764.6e-33114.5
TkA03G499760PF00954S_locus_glycop2093199e-34117.1
TkA03G499760PF08276PAN_23424084.1e-1969.2
TkA03G499760PF14610Psg14244700.06113.8
TkA03G499760PF00069Pkinase5207193.5e-42145.3
TkA03G499760PF07714PK_Tyr_Ser-Thr5227818.3e-45153.8
TkA03G499760PF03109ABC15255690.0002820.8
TkA03G499760PF03109ABC15876770.0002820.8
TkA03G499760PF01636APH6346670.1812.2
TkA03G499760PF11883DUF34037888400.03514.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LPZ3拟南芥sp|Q9LPZ3|Y1141_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g1141048.000%Swiss-Prot中等置信
Q9ZT07拟南芥sp|Q9ZT07|RKS1_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase RKS148.600%Swiss-Prot中等置信
O81905拟南芥sp|O81905|SD18_ARATH Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-845.600%Swiss-Prot中等置信
Q39086拟南芥sp|Q39086|SD17_ARATH Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-744.400%Swiss-Prot中等置信
P0DH86拟南芥sp|P0DH86|SRK_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SRK44.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看