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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G499310
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 125330468-125335374 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4549 bp · TkA03G499310|TK1151|cDNA

TTTTATGCAGCCATAAGCCCAAGATAGAAGCCCAAAGACTGATTTGAATATATCACTCTGTTTTCTCTTCACCCTTATCCCACTTTCCTTCATCTCCAACACTTCCAATGGCTACTCTCAATTTCTCCATCCTCTCTAAAACCCTAACCCCTAAATCCCCAAATCCCATCTCTAAACCCTCTTCATTCGTCACTTCTAACCACTCATGCCTCAGTTCTCAATCCCTAAAGCCCATTTTCGCACGAACAATTCCGAAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · TkA03G499310|TK1151|CDS

ATGTCTTCCGCCGCTTACAGCCGTCTCCACGGCATCTTCAAGAGCAGTACCGCCACCGGCACAGTTGCACCCACCTCGGCCTCCACCTCCACCTCGGCCGCTAGCACCACCATCACCACTACGAAGAAAATAGTAAAGGAAAAGATAAAGAGGCCCAAAAAAACCCCCGCCGTGCCCACAGCGCCCGCCGCAGCTGTCACCACCATCATCGCGCGACCCAAGAATGAAAACCTGGCCTTTCAGCCATTACCCATGACACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

437 aa · TkA03G499310|TK1151|PROTEIN

MSSAAYSRLHGIFKSSTATGTVAPTSASTSTSAASTTITTTKKIVKEKIKRPKKTPAVPTAPAAAVTTIIARPKNENLAFQPLPMTQLTTSLGNLKSFIEQFKRASNLGPFRYSHKYYDDVVSHLARHKQHSYITEILEHQKRYETDMSKEPFVARLINLYGKSRMYDNARKLFDEMPERNCPRTVLSANALLTACVNSNRFNEMPELVKELREEFSIDPDDVSYNIVIKAFCETDAIDSALLVANEMEKSGFKCNLYTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G499310
TK1151 IDTkA03G499310
OH-1004 IDLXL04_010117
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G499310
位置Chr03:125330468-125335374 (-)
描述Similar to At1g55890: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g55890, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g55890 小核糖体亚单位蛋白 mS78 (rPPR3a)。 暂无已核实直接文献
At3g13160 小核糖体亚基蛋白 mS79 (rPPR3b)。 暂无已核实直接文献
At3g13150 含五肽重复序列的蛋白 At3g13150。 暂无已核实直接文献
At2g18520 含有五三基重复的蛋白 At2g18520，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g36680 小核糖体亚基蛋白mL103（rPPR7）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010117 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G55890
ath:AT1G61870
ath:AT3G13150
ath:AT3G13160
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.836
排名 1 · TkA03G499310 · TK1151
质体0.100
排名 2 · TkA03G499310 · TK1151
细胞核0.049
排名 3 · TkA03G499310 · TK1151
细胞质0.033
排名 4 · TkA03G499310 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkA03G499310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01456Mucin13-71 aa
PF29070MSC6_N29-62 aa
PF19189Mtf241-54 aa
PF28374Mrp1393-158 aa
PF28622Flightin_N112-131 aa
PF23276TPR_24121-242 aa
PF29070MSC6_N122-281 aa
PF17177PPR_long136-271 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G499310PF01456Mucin13710.8210.4
TkA03G499310PF29070MSC6_N29621e-1351.9
TkA03G499310PF19189Mtf241540.002618.2
TkA03G499310PF28374Mrp13931580.211.4
TkA03G499310PF28622Flightin_N1121310.1113.3
TkA03G499310PF23276TPR_241212428.2e-1452.4
TkA03G499310PF29070MSC6_N1222811e-1351.9
TkA03G499310PF17177PPR_long1362714.5e-1246.5
TkA03G499310PF29978ATP18_TPR1442495e-0627.2
TkA03G499310PF13041PPR_21571982.1e-67223.7
TkA03G499310PF01535PPR1571821.1e-36123.2
TkA03G499310PF12854PPR_11571771.5e-30105.4
TkA03G499310PF13812PPR_31571983e-2898.4
TkA03G499310PF13812PPR_31722323e-2898.4
TkA03G499310PF28374Mrp131792540.211.4
TkA03G499310PF13041PPR_21852332.1e-67223.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LG23拟南芥sp|Q9LG23|PPR82_ARATH Small ribosomal subunit protein mS78 (rPPR3a)43.500%Swiss-Prot低置信
Q9LK57拟南芥sp|Q9LK57|PP226_ARATH Small ribosomal subunit protein mS79 (rPPR3b)47.800%Swiss-Prot低置信
Q9LK58拟南芥sp|Q9LK58|PP225_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1315045.000%Swiss-Prot低置信
Q9ZU67拟南芥sp|Q9ZU67|PP162_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18520, mitochondrial34.800%Swiss-Prot低置信
Q9M065拟南芥sp|Q9M065|PP352_ARATH Small ribosomal subunit protein mL103 (rPPR7)33.500%Swiss-Prot低置信

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