TkA03G488930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G488930

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 122557948-122559640 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

615 bp · TkA03G488930|TK1151|cDNA

ATGGACGTAAATGCCCGTGAAAAAGTTCATATACGGTGGAGCAATAGCAAGTTGCAGGTCATTGTTGGGACGGTGGCTTTTGGAATGGGAATCAATAAACCAGATGTCAGGTTTGTTGTACATCACAGCCTAGGTAAATCAATGGAGACATACTATCAGGAAAGCGGTCGAGCAGGGAGGAACGGGCTTCCTTCTGAATGTCTACTTTACTTTAGGCCTGCTGATGTCCCAAGACAGAGCTCCATGGTCTTCTATGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · TkA03G488930|TK1151|CDS

ATGGACGTAAATGCCCGTGAAAAAGTTCATATACGGTGGAGCAATAGCAAGTTGCAGGTCATTGTTGGGACGGTGGCTTTTGGAATGGGAATCAATAAACCAGATGTCAGGTTTGTTGTACATCACAGCCTAGGTAAATCAATGGAGACATACTATCAGGAAAGCGGTCGAGCAGGGAGGAACGGGCTTCCTTCTGAATGTCTACTTTACTTTAGGCCTGCTGATGTCCCAAGACAGAGCTCCATGGTCTTCTATGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

204 aa · TkA03G488930|TK1151|PROTEIN

MDVNAREKVHIRWSNSKLQVIVGTVAFGMGINKPDVRFVVHHSLGKSMETYYQESGRAGRNGLPSECLLYFRPADVPRQSSMVFYENCGLQNLYEMVRFCQSKRECRRSAFFRHFAEPLQDCNGIFLIKIWSCEVKEIDVSGHAKSIVSLLQKNTKKKKDQRATMLQLVDKLKVKKNKEVGFELKNDELEQLVIQLILHMALGN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G488930`
TK1151 ID	TkA03G488930
OH-1004 ID	LXL04_029141
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.020 / OH-1004 27.933 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G488930

位置 Chr03:122557948-122559640 (+)

描述 Similar to RECQL2: ATP-dependent DNA helicase Q-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31360`	3'-5' DNA 解旋酶，可能在 DNA 修复中发挥作用。	AtRECQ2, a RecQ helicase homologue from Arabidopsis thaliana, is able to disrupt various recombinogenic DNA structures in vitro.2008 · DOI: 10.1111/j.0960-7412.2008.03511.x Biochemical characterization of AtRECQ3 reveals significant differences relative to other RecQ helicases.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.144709 Fork sensing and strand switching control antagonistic activities of RecQ helicases.2013 · DOI: 10.1038/ncomms3024

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029141 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016592 mediator complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31360

hsa:5965

mmu:19691

pon:100171554

rno:312824

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.457

排名 1 · TkA03G488930 · TK1151

细胞质0.335

排名 2 · TkA03G488930 · TK1151

线粒体0.149

排名 3 · TkA03G488930 · TK1151

过氧化物酶体0.043

排名 4 · TkA03G488930 · TK1151

细胞膜0.034

排名 5 · TkA03G488930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00271Helicase_C1-62 aa

PF16124RecQ_Zn_bind74-122 aa

PF00271Helicase_C96-111 aa

PF13456RVT_3127-185 aa

PF16124RecQ_Zn_bind149-167 aa

PF00271Helicase_C161-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G488930	`PF00271`	Helicase_C	1	62	1.5e-11	45.2
TkA03G488930	`PF16124`	RecQ_Zn_bind	74	122	3.3e-07	31.6
TkA03G488930	`PF00271`	Helicase_C	96	111	1.5e-11	45.2
TkA03G488930	`PF13456`	RVT_3	127	185	0.0029	18.2
TkA03G488930	`PF16124`	RecQ_Zn_bind	149	167	3.3e-07	31.6
TkA03G488930	`PF00271`	Helicase_C	161	161	1.5e-11	45.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FT73`	拟南芥	sp\|Q9FT73\|RECQ2_ARATH ATP-dependent DNA helicase Q-like 2	70.300%	Swiss-Prot	高置信

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