TkA03G488280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G488280

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 122187458-122198245 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3083 bp · TkA03G488280|TK1151|cDNA

CCCAGACATACAGTCCTCCCATTATTTGGTTGCATAATGATTCAAATTCAATGGCTTCTTCCTCCGCAACCACTCACTTCTCCTATCTACCGCCACCGCCGGAGTCTTCCATTCTCCTCCCACCGACGGTCTCTGTTTCCTAAGCATTCCTCCGCAGTTACCTTCTCAAATGTTTCAAGAAGGTACTTTGGGTTTCGCGTGTGTAATTGCGTCAATAGTGAGAGCGTGAGCATTAGTGAAGAATCAAATGAAGTTGTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4221 bp · TkA03G488280|TK1151|CDS

ATGGCGACGCTAGCAGATATCGGTCTGTCGGCAGCCATTAATATCATCACTGCTTTTATTTTCCTGATAGCTTTCGCTATCCTTCGACTTCAACCTTTCAACGATCGAGTATACTTTCCAAAATGGTATCTCAAGGGTTTACGATCAAGCCCTGCAACTTCCGGTGCTTTTGTAAGCAAGTTCATCAATCTGGATTATCGATCCTATTTAAAATTCCTTAATTGGATGCCGGATGCCCTAAAAATGCCCGAGCCTGAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1406 aa · TkA03G488280|TK1151|PROTEIN

MATLADIGLSAAINIITAFIFLIAFAILRLQPFNDRVYFPKWYLKGLRSSPATSGAFVSKFINLDYRSYLKFLNWMPDALKMPEPELIDHAGLDSAVYLRIYLLGLKIFIPILVLTWAILVPVNWTNDTLDKLKGEATYSEIDKLSISNIPLGSHRHGTIHIIICFYREYETIANMRLHFLQSEKRRPDQFTVLVNNVPPDADESVSEAVEHFFLVNHPDNYLTHQNKYEEIKKNDPYEIAEERKILEITRKQSCQQPLC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G488280`
TK1151 ID	TkA03G488280
OH-1004 ID	LXL04_009987
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	74.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G488280

位置 Chr03:122187458-122198245 (-)

描述 Similar to EMB2369: Leucine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g04350`	在双步反应中催化氨基酸特异性附着到其对应的 tRNA 上：氨基酸（AA）首先由 ATP 激活形成 AA-AMP，然后转移到 tRNA 的受体端。	暂无已核实直接文献
`At1g62320`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献
`At3g21620`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献
`At4g22120`	作为渗透敏感的钙渗透性阳离子通道。	OSCA/TMEM63 are an Evolutionarily Conserved Family of Mechanically Activated Ion Channels.2018 · DOI: 10.7554/elife.41844 Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli.2024 · DOI: 10.7554/elife.93147
`At1g11960`	在植物气孔免疫中起关键作用的钙渗透通道。	The calcium-permeable channel OSCA1.3 regulates plant stomatal immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2702-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009987 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006429 leucyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0051262 protein tetramerization 生物过程

GO:0071474 cellular hyperosmotic response 生物过程

GO:0090279 regulation of calcium ion import 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21620

ath:AT4G04340

ath:AT4G04350

ath:AT4G22120

sru:SRU_0933

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.488

排名 1 · TkA03G488280 · TK1151

质体0.154

排名 2 · TkA03G488280 · TK1151

细胞质0.134

排名 3 · TkA03G488280 · TK1151

线粒体0.083

排名 4 · TkA03G488280 · TK1151

细胞膜0.081

排名 5 · TkA03G488280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13967RSN1_TM8-159 aa

PF14703PHM7_cyt190-247 aa

PF17343DUF5373303-352 aa

PF02714RSN1_7TM308-329 aa

PF13967RSN1_TM310-324 aa

PF02714RSN1_7TM400-432 aa

PF02714RSN1_7TM434-477 aa

PF13967RSN1_TM470-531 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G488280	`PF13967`	RSN1_TM	8	159	3.5e-33	115.2
TkA03G488280	`PF14703`	PHM7_cyt	190	247	0.0008	20.4
TkA03G488280	`PF17343`	DUF5373	303	352	0.51	10.5
TkA03G488280	`PF02714`	RSN1_7TM	308	329	4.6e-08	33.5
TkA03G488280	`PF13967`	RSN1_TM	310	324	3.5e-33	115.2
TkA03G488280	`PF02714`	RSN1_7TM	400	432	4.6e-08	33.5
TkA03G488280	`PF02714`	RSN1_7TM	434	477	4.6e-08	33.5
TkA03G488280	`PF13967`	RSN1_TM	470	531	3.5e-33	115.2
TkA03G488280	`PF00133`	tRNA-synt_1	596	675	7.8e-44	150.8
TkA03G488280	`PF09334`	tRNA-synt_1g	626	680	3.6e-16	59.6
TkA03G488280	`PF01406`	tRNA-synt_1e	635	660	0.091	12.8
TkA03G488280	`PF01921`	tRNA-synt_1f	662	694	0.17	11.5
TkA03G488280	`PF00133`	tRNA-synt_1	679	794	7.8e-44	150.8
TkA03G488280	`PF09334`	tRNA-synt_1g	691	739	3.6e-16	59.6
TkA03G488280	`PF09334`	tRNA-synt_1g	727	793	3.6e-16	59.6
TkA03G488280	`PF13603`	tRNA-synt_1_2	789	808	1.9e-37	129.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XEA0`	拟南芥	sp\|Q9XEA0\|SYLM_ARATH Leucine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4HYR3`	拟南芥	sp\|F4HYR3\|OSC14_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.4	84.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LVE4`	拟南芥	sp\|Q9LVE4\|OSC15_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.5	81.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q5XEZ5`	拟南芥	sp\|Q5XEZ5\|OSC12_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.2	80.000%	Swiss-Prot	高置信
`B5TYT3`	拟南芥	sp\|B5TYT3\|OSC13_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.3	81.900%	Swiss-Prot	高置信

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