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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G486290
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 121713355-121716212 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2049 bp · TkA03G486290|TK1151|cDNA

ATGGCATACACATACGGCTTTTGCTCTTCGCCTTCCATTTCCTTCAACCAGAGAAGCTTCAACCACCCTATAGTTTCTCAATCGAGAGCACCTCATCTCCGAATCACTCAGATTTCCTTACAAGAATCAGTTTCTGAAGTAACCCACAACTTAGATCCTAAAATTCCAACTCCATCTCCAGCGATTGATGATAAAAAGAAAAGTTATGTCTGGGTCAACCCCAAAAACCCGAAAGCTTCACACTTCAAGAAAAAATCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2049 bp · TkA03G486290|TK1151|CDS

ATGGCATACACATACGGCTTTTGCTCTTCGCCTTCCATTTCCTTCAACCAGAGAAGCTTCAACCACCCTATAGTTTCTCAATCGAGAGCACCTCATCTCCGAATCACTCAGATTTCCTTACAAGAATCAGTTTCTGAAGTAACCCACAACTTAGATCCTAAAATTCCAACTCCATCTCCAGCGATTGATGATAAAAAGAAAAGTTATGTCTGGGTCAACCCCAAAAACCCGAAAGCTTCACACTTCAAGAAAAAATCGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

682 aa · TkA03G486290|TK1151|PROTEIN

MAYTYGFCSSPSISFNQRSFNHPIVSQSRAPHLRITQISLQESVSEVTHNLDPKIPTPSPAIDDKKKSYVWVNPKNPKASHFKKKSHESRYTTLTNIAEALNSCSPAEEDVFNILDSKLGSKIGEQDGVIILNNMSNPQSARIVLKYFQERCNLDRETILYNVTLKVFRKSKDLVGAEKLFDEMLQRGITPDNFTFSTIIGCARLRSLPNKAVEWFEKMPEFGIQPDNVTYAVMIDCYGRVGNIDMALRLYDRSRTEKWR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G486290
TK1151 IDTkA03G486290
OH-1004 IDLXL04_009969
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G486290
位置Chr03:121713355-121716212 (+)
描述Similar to P67: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16390, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g16390 参与叶绿体 RNA 加工。
An Arabidopsis pentatricopeptide repeat protein, SUPPRESSOR OF VARIEGATION7, is required for FtsH-mediated chloroplast biogenesis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164111
A var2 leaf variegation suppressor locus, SUPPRESSOR OF VARIEGATION3, encodes a putative chloroplast translation elongation factor that is important for chloroplast development in the cold.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-287
Mutation of the pentatricopeptide repeat-SMR protein SVR7 impairs accumulation and translation of chloroplast ATP synthase subunits in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1007/s10265-012-0527-1

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0215900 参与叶绿体ATP合酶亚基的翻译和积累。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009969 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0031930 mitochondria-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G31400
ath:AT4G16390
ath:AT5G46580
dosa:Os03g0215900
osa:4332063
zma:100191483
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.812
排名 1 · TkA03G486290 · TK1151
线粒体0.145
排名 2 · TkA03G486290 · TK1151
细胞核0.048
排名 3 · TkA03G486290 · TK1151
细胞质0.025
排名 4 · TkA03G486290 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA03G486290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11838ERAP1_C95-151 aa
PF23276TPR_24155-252 aa
PF13812PPR_3157-202 aa
PF13041PPR_2158-202 aa
PF01535PPR160-189 aa
PF19189Mtf2160-197 aa
PF17177PPR_long166-253 aa
PF18026Exog_C171-196 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G486290PF11838ERAP1_C951510.00716.5
TkA03G486290PF23276TPR_241552524.3e-1659.8
TkA03G486290PF13812PPR_31572024.7e-39133.0
TkA03G486290PF13041PPR_21582024.7e-62206.6
TkA03G486290PF01535PPR1601899.3e-58189.3
TkA03G486290PF19189Mtf21601970.02115.3
TkA03G486290PF17177PPR_long1662531.6e-2693.7
TkA03G486290PF18026Exog_C1711960.002518.4
TkA03G486290PF29070MSC6_N1732512.2e-2383.7
TkA03G486290PF12854PPR_11741843.4e-37126.6
TkA03G486290PF10037MRP-S271811990.310.7
TkA03G486290PF12854PPR_11872193.4e-37126.6
TkA03G486290PF01535PPR1942249.3e-58189.3
TkA03G486290PF13041PPR_22092384.7e-62206.6
TkA03G486290PF10037MRP-S272102490.310.7
TkA03G486290PF23276TPR_242113124.3e-1659.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GWE0拟南芥sp|Q8GWE0|PP314_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16390, chloroplastic70.400%Swiss-Prot高置信
Q10PZ4水稻sp|Q10PZ4|ATP4_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein ATP4 homolog, chloroplastic67.500%Swiss-Prot中等置信

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