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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G483740
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 121018021-121019929 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1554 bp · TkA03G483740|TK1151|cDNA

GAACACTAAAAAAGCAATGTACCCCGAATTTTGTAAAGGTTTCCCTCTTCAGGGACTCTGCAATTATTATAAGTGGGTTCGAAATTCGAGGATGAACAGTGACCCCGTTTGAAAAGAGGAATAAAAAAAGAGGATCACATAGCCTATATGTGTCTGTTTTATATAAAAGGGAGAAATGGAAGGTGGAACAGGACAATCAGGAGCACAAACCTACTGTCCATGCCATAACAATCCACCACAGACCACAATGCAATTGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · TkA03G483740|TK1151|CDS

ATGATGGGTGGAGGAGGTGGATCCAAGAAGCTCAAGAGGGTTGCTCGGAGATTACTGCATACCTGCGGCTCTTTCTCTTTCCGGCAAAATCATCTCGAATCCCCTTCCGCCACCGTGGTAATTGCATCAGGTTCGTCTAATAGTTCTCCCAAACCCAGCAAGATTAATCCAACAGATGATTTTACAGAAAATGTTTCCAACGCAGATCCAACAACTTCACCTTCCAAGACGATGTGTGCGATATGCCTAGAACCTCTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

423 aa · TkA03G483740|TK1151|PROTEIN

MMGGGGGSKKLKRVARRLLHTCGSFSFRQNHLESPSATVVIASGSSNSSPKPSKINPTDDFTENVSNADPTTSPSKTMCAICLEPLNYSACSTPGQAIFTAQCSHAFHFDCIASNVRHGGVTCPICRAQWTHLPRNLKTPPYANLTDDPILQILDDSIATFRVHRRSILRTARYNDDDPIEPTHGLQPNHPRLHLSILPEPLSHIPSSSISSPDPTYRPACLSVRLAHQPAIDLVLVASPNGPHLRLIKQSMALVVFSLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G483740
TK1151 IDTkA03G483740
OH-1004 IDLXL04_009944
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.764 / OH-1004 66.667
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G483740
位置Chr03:121018021-121019929 (+)
描述Similar to WAVH2: Probable E3 ubiquitin-protein ligase WAVH2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g37890 可能的E3泛素蛋白连接酶，参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At2g22680 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At5g49665 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009944 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程
GO:0010274 hydrotropism 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22680
ath:AT4G37890
ath:AT5G49665
ath:AT5G65683
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.469
排名 1 · TkA03G483740 · TK1151
细胞质0.313
排名 2 · TkA03G483740 · TK1151
细胞膜0.153
排名 3 · TkA03G483740 · TK1151
内质网0.102
排名 4 · TkA03G483740 · TK1151
溶酶体／液泡0.061
排名 5 · TkA03G483740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00092VWA28-52 aa
PF29452FAR1_N77-117 aa
PF23555zf-RING_Vps4177-127 aa
PF13920zf-C3HC4_377-131 aa
PF13639zf-RING_278-127 aa
PF12678zf-rbx178-127 aa
PF13923zf-C3HC4_278-126 aa
PF12861zf-ANAPC1178-131 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G483740PF00092VWA28520.0002122.3
TkA03G483740PF29452FAR1_N771170.0009719.8
TkA03G483740PF23555zf-RING_Vps41771270.02814.7
TkA03G483740PF13920zf-C3HC4_3771311.39.6
TkA03G483740PF13639zf-RING_2781271.3e-0732.4
TkA03G483740PF12678zf-rbx1781272.3e-0731.7
TkA03G483740PF13923zf-C3HC4_2781260.0001322.4
TkA03G483740PF12861zf-ANAPC11781310.0009519.9
TkA03G483740PF00097zf-C3HC4791261.6e-0731.7
TkA03G483740PF17123zf-RING_11791122.1e-0731.2
TkA03G483740PF13445zf-RING_UBOX791248.1e-0729.7
TkA03G483740PF14634zf-RING_5791270.005717.3
TkA03G483740PF00628PHD791170.0713.9
TkA03G483740PF23412zf_RING_Vps8791150.1213.0
TkA03G483740PF14570zf-RING_4791300.1712.4
TkA03G483740PF26148VPS18_RING_C961180.2612.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JSV3拟南芥sp|F4JSV3|EDA40_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA4028.800%Swiss-Prot低置信
Q9ZQ46拟南芥sp|Q9ZQ46|WAVH1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase WAVH127.900%Swiss-Prot低置信
Q9LTA6拟南芥sp|Q9LTA6|WAV3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase WAV325.400%Swiss-Prot低置信

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