TkA03G483310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G483310

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 120879837-120881753 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1738 bp · TkA03G483310|TK1151|cDNA

AATAAAGAGACTACGAAGATAAAAAAAATTGAGATTCATTAACCAGTTTCTTTGATTGGAACCCTAACTTGAATCCTCAAATTCTCTTACCTCTCTGAATCTTAGCTTGCAGAAAATCTCGAAATCTCTTAAATCAATGGTGGTTCTTCGATCCTGCAAGTTTGCTGATCATACTTTATCATCAAATTCGAATCGCATTTCGAGAATTTTCTTCAAAAACTCATATTCCTCGACGAACGCACAAACCCCTTCAGTTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

924 bp · TkA03G483310|TK1151|CDS

ATGGAAAAGATGATTCAATTAGGGTTCATGACTACACATTCCTACCATAGCATGTTAACTCTATACACCAAAACCCAAAACTACAAGAAGCTAGTCAAACTCATTGACCAAATGGAAAAATCATGCATCCGCTATCACAGACAAACATATTACATTTTGTTAACCGCATATGCTTCTTTTGACATCAAATCAATGACAAATCTTCTTGGTTACATGGAAACTAGTCCTAACCTCTCTCCAGATTGGCATGTTTACATCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

307 aa · TkA03G483310|TK1151|PROTEIN

MEKMIQLGFMTTHSYHSMLTLYTKTQNYKKLVKLIDQMEKSCIRYHRQTYYILLTAYASFDIKSMTNLLGYMETSPNLSPDWHVYIIAAKGYLKFNQVEKTLEMLKKSEENIHQNTNWFAYEIFLTMYASLGKKDDVYRIWDLYKKTWRKVNNKGYHHMVSSLVKLDDINGAEKIMKEWESVTPWFDFWVVNVLVNGYSKKGDWKKAEDYVERLVGEGKQPPRSTWDSLSTTFSKHGEMEKAVNAMRKAIMCNDDNWKLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G483310`
TK1151 ID	TkA03G483310
OH-1004 ID	LXL04_009930
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 64.632 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G483310

位置 Chr03:120879837-120881753 (+)

描述 Similar to At2g20710: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20710`	含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At4g21705`	含五螺旋肽重复的蛋白At4g21705，线粒体的。	暂无已核实直接文献
`At5g27460`	含五肽重复序列的蛋白 At5g27460。	暂无已核实直接文献
`At1g02150`	含五重复肽的蛋白 At1g02150。	暂无已核实直接文献
`At1g28020`	假定含五肽重复蛋白 At1g28020。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02150

ath:AT2G20710

ath:AT4G02820

ath:AT4G21705

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.829

排名 1 · TkA03G483310 · TK1151

细胞核0.066

排名 2 · TkA03G483310 · TK1151

质体0.052

排名 3 · TkA03G483310 · TK1151

细胞质0.047

排名 4 · TkA03G483310 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA03G483310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2410-58 aa

PF13429TPR_1511-56 aa

PF13041PPR_212-58 aa

PF13181TPR_813-30 aa

PF01535PPR14-41 aa

PF17177PPR_long14-58 aa

PF13812PPR_314-57 aa

PF24760TPR_IF140_C14-39 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G483310	`PF23276`	TPR_24	10	58	0.0011	19.5
TkA03G483310	`PF13429`	TPR_15	11	56	0.095	12.8
TkA03G483310	`PF13041`	PPR_2	12	58	1.9e-08	35.0
TkA03G483310	`PF13181`	TPR_8	13	30	0.00016	22.2
TkA03G483310	`PF01535`	PPR	14	41	6.1e-11	42.5
TkA03G483310	`PF17177`	PPR_long	14	58	6e-06	26.5
TkA03G483310	`PF13812`	PPR_3	14	57	0.00015	22.5
TkA03G483310	`PF24760`	TPR_IF140_C	14	39	0.18	12.9
TkA03G483310	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	15	40	0.049	14.2
TkA03G483310	`PF13428`	TPR_14	16	39	0.0067	17.7
TkA03G483310	`PF25064`	ARM_TT21_5th	18	41	0.0056	17.7
TkA03G483310	`PF29070`	MSC6_N	19	178	0.00018	21.5
TkA03G483310	`PF14689`	SPOB_a	20	42	0.017	15.4
TkA03G483310	`PF07547`	RSD-2	20	40	0.31	12.2
TkA03G483310	`PF08771`	FRB_dom	20	39	1.7	9.7
TkA03G483310	`PF13176`	TPR_7	21	37	5.4e-05	23.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKU6`	拟南芥	sp\|Q9SKU6\|PP166_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial	37.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84JR3`	拟南芥	sp\|Q84JR3\|PP334_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21705, mitochondrial	28.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q3E911`	拟南芥	sp\|Q3E911\|PP400_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27460	27.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LPS6`	拟南芥	sp\|Q8LPS6\|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02150	33.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C7F1`	拟南芥	sp\|Q9C7F1\|PPR61_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g28020	31.600%	Swiss-Prot	中等置信

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