RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G471860
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 117921887-117923950 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2064 bp · TkA03G471860|TK1151|cDNA

ATGGAAGGCCTCTGCAACCTCTTCTTACCTTCTTCTACAACCGTTCATCTCCACCCATTCCCGCCGAACCTTCTAAGCAACCAGAATCACCCCGGTTTCAAAATAAAATCTTCAACAGTCTCTCCTCAATCTGCATATCAAACGCCCACTAGAAAAAAGTACCAAAAGCAGCGAGATTTCGAAGAAAAAGACGCATTCCCATCATCGATACCAATCCACACCAAGAACCCTAATGCCATTTACAAAGATATTCAAAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2064 bp · TkA03G471860|TK1151|CDS

ATGGAAGGCCTCTGCAACCTCTTCTTACCTTCTTCTACAACCGTTCATCTCCACCCATTCCCGCCGAACCTTCTAAGCAACCAGAATCACCCCGGTTTCAAAATAAAATCTTCAACAGTCTCTCCTCAATCTGCATATCAAACGCCCACTAGAAAAAAGTACCAAAAGCAGCGAGATTTCGAAGAAAAAGACGCATTCCCATCATCGATACCAATCCACACCAAGAACCCTAATGCCATTTACAAAGATATTCAAAGATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

687 aa · TkA03G471860|TK1151|PROTEIN

MEGLCNLFLPSSTTVHLHPFPPNLLSNQNHPGFKIKSSTVSPQSAYQTPTRKKYQKQRDFEEKDAFPSSIPIHTKNPNAIYKDIQRFAKQNKLKEALTILDYLDKRGVPVNPTTFSELIAAVVRVKSLSIGKVIHTHIRINGLENNEFLRTKLVNMYTSCGSVENAHHLFDEMPTSSVYPWNALLRGNIIMGGKNHQKILETFSRMRELGIELNVYTFSCLLKSLGGSSALNQGLKTHGLLIKNGLIDDSIVSTCLIDMY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G471860
TK1151 IDTkA03G471860
OH-1004 IDLXL04_009786
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.836 / OH-1004 97.139
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G471860
位置Chr03:117921887-117923950 (+)
描述Similar to PCMP-A3: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71460, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g71460 含有五肽重复序列的蛋白At1g71460，叶绿体的。 暂无已核实直接文献
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g32430 含五肽重复序列蛋白 At4g32430，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g33680 含五肽重复序列的蛋白 At2g33680。 暂无已核实直接文献
At3g47840 推测的五重复肽（pentatricopeptide）重复蛋白 At3g47840。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009786 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT1G71460
ath:AT4G18750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.609
排名 1 · TkA03G471860 · TK1151
质体0.284
排名 2 · TkA03G471860 · TK1151
细胞核0.036
排名 3 · TkA03G471860 · TK1151
细胞质0.024
排名 4 · TkA03G471860 · TK1151
细胞膜0.007
排名 5 · TkA03G471860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long76-180 aa
PF13041PPR_284-121 aa
PF01535PPR84-108 aa
PF23276TPR_2484-124 aa
PF24760TPR_IF140_C84-101 aa
PF12854PPR_185-101 aa
PF13812PPR_387-122 aa
PF29070MSC6_N87-124 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G471860PF17177PPR_long761801.8e-1144.5
TkA03G471860PF13041PPR_2841212.4e-64214.0
TkA03G471860PF01535PPR841081.5e-41138.5
TkA03G471860PF23276TPR_24841244e-1969.5
TkA03G471860PF24760TPR_IF140_C841010.6511.1
TkA03G471860PF12854PPR_1851019.4e-2380.4
TkA03G471860PF13812PPR_3871222.5e-2898.6
TkA03G471860PF29070MSC6_N871244.4e-2072.9
TkA03G471860PF12921ATP13871030.02215.4
TkA03G471860PF07719TPR_288973.48.7
TkA03G471860PF14559TPR_19891010.0614.4
TkA03G471860PF13812PPR_3991342.5e-2898.6
TkA03G471860PF23276TPR_241381804e-1969.5
TkA03G471860PF13812PPR_31411762.5e-2898.6
TkA03G471860PF29070MSC6_N1512284.4e-2072.9
TkA03G471860PF13041PPR_21521802.4e-64214.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C9I3拟南芥sp|Q9C9I3|PP115_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71460, chloroplastic57.100%Swiss-Prot高置信
Q9M1V3拟南芥sp|Q9M1V3|PP296_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic29.600%Swiss-Prot低置信
Q84MA3拟南芥sp|Q84MA3|PP345_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32430, mitochondrial28.200%Swiss-Prot低置信
P93005拟南芥sp|P93005|PP181_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3368026.900%Swiss-Prot低置信
Q9STS9拟南芥sp|Q9STS9|PP268_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4784026.400%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看