TkA03G471820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G471820

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 117904834-117908639 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3388 bp · TkA03G471820|TK1151|cDNA

TTTCGAATCTTTGAAGGAATTAATCATCGCCATGATTTTATCAAACAAATTCCTACCTTCTGATCCTTAAATTCTGTGGACTCTTTGCTTCAGCATTGAACTGTTTGCAATCAGCTCCTTTTGTATTTTGTGATACAAATTCATTTTCCCGTGGATAGATCGATTATTTTGTTTGCAATTTCGTATATCGGAGTGTTTTCCCAGTTTTGATTCGGTACTAAATTCCGATTCTATATTGACGAAGAAATCTCCCAGAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2595 bp · TkA03G471820|TK1151|CDS

ATGGACGCAAGAAATTTAGGTTTTTTGGTAGCTTTTTCCGTTGTGTGGGTGGCAGGCTTTTGTGAAGGTCGCAGATTTCCTGACAAATCTTCTTACGACCATGGAGTTCACTGGAAGGCTCATGATATAGCCGAAAATAAGACAGATCGAGTTTCATTATTGTGTAGAAAGCAGCTCAAACAAATTACAGAAGCTATCGAGTATTTTACCCTTAATTTACCAGACCCAACATCCTACATCACAAACTCCCATGCAACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

864 aa · TkA03G471820|TK1151|PROTEIN

MDARNLGFLVAFSVVWVAGFCEGRRFPDKSSYDHGVHWKAHDIAENKTDRVSLLCRKQLKQITEAIEYFTLNLPDPTSYITNSHATSITKTLTHKPHISHPQNLRPNGRILRPKRGRRRKRPPRRRRRRRRRRPPWPPDISPSPGPSPGSTNATSPTKGPSPAQSPDTGDWALTPDGAPEAPLTPGHGGGGGGGRGASPPAPARNPSPKRKPFHDPSSEYSPERARRPPDLSAVDDSKEKKLLIIAVTSTTVAAFALFSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G471820`
TK1151 ID	TkA03G471820
OH-1004 ID	LXL04_009783
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.917 / OH-1004 97.796 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G471820

位置 Chr03:117904834-117908639 (-)

描述 Similar to FH3: Formin-like protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54650`	可能参与肌动蛋白细胞骨架的组织和极性。	暂无已核实直接文献
`UniProt: O23373`	作为肌动蛋白成核因子，指导花粉管中肌动蛋白纤维的形成和极性生长。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0545500`	类formin蛋白 11。	暂无已核实直接文献
`Os04g0100300`	类formin蛋白18。	暂无已核实直接文献
`Os02g0161100`	类formin蛋白10。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009783 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0045010 actin nucleation 生物过程

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

GO:0051015 actin filament binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os02g0161100

dosa:Os03g0204100

dosa:Os04g0100300

dosa:Os07g0545500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.839

排名 1 · TkA03G471820 · TK1151

细胞质0.100

排名 2 · TkA03G471820 · TK1151

细胞核0.090

排名 3 · TkA03G471820 · TK1151

内质网0.069

排名 4 · TkA03G471820 · TK1151

高尔基体0.021

排名 5 · TkA03G471820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02181FH2401-796 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G471820	`PF02181`	FH2	401	796	2.7e-94	317.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B77`	拟南芥	sp\|Q94B77\|FH5_ARATH Formin-like protein 5	60.200%	Swiss-Prot	中等置信
`O23373`	拟南芥	sp\|O23373\|FH3_ARATH Formin-like protein 3	57.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0D5P3`	水稻	sp\|Q0D5P3\|FH11_ORYSJ Formin-like protein 11	55.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6MWG9`	水稻	sp\|Q6MWG9\|FH18_ORYSJ Formin-like protein 18	55.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q6H7U3`	水稻	sp\|Q6H7U3\|FH10_ORYSJ Formin-like protein 10	52.000%	Swiss-Prot	低置信

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