TkA03G467580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G467580

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 116795038-116797953 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1399 bp · TkA03G467580|TK1151|cDNA

AAAAATCTCGAAGATGTGGAGGCAGGTGGCAGTGCTATAAACGACACCGTTGATCTTGACCAATTCTTCCAAGATGTCGAAAACGTCAAAGAGGACATGTCAGGTGTCGAGAAATTGTACAAAAAGCTACAAGAATCAAATGAGGAAAGTAAAACGGTCCATAATGCAAACACAATGAAGCAACTTCGGGCCAAAATGGACTCGGATGTGGAGCAAGTATTAAAACGGGTCAAAGTCATAAAAGGAAAGTTAGTAGCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

783 bp · TkA03G467580|TK1151|CDS

AAAAATCTCGAAGATGTGGAGGCAGGTGGCAGTGCTATAAACGACACCGTTGATCTTGACCAATTCTTCCAAGATGTCGAAAACGTCAAAGAGGACATGTCAGGTGTCGAGAAATTGTACAAAAAGCTACAAGAATCAAATGAGGAAAGTAAAACGGTCCATAATGCAAACACAATGAAGCAACTTCGGGCCAAAATGGACTCGGATGTGGAGCAAGTATTAAAACGGGTCAAAGTCATAAAAGGAAAGTTAGTAGCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

260 aa · TkA03G467580|TK1151|PROTEIN

KNLEDVEAGGSAINDTVDLDQFFQDVENVKEDMSGVEKLYKKLQESNEESKTVHNANTMKQLRAKMDSDVEQVLKRVKVIKGKLVALDKSNVENRNIPGCGLGSSTDRTRTSVVGGLGKKLKTMMDNFQALRARMNDEYKETVGRRYFTITGEQANDELIDNLISSGEGEDFLQKAIQEQGRGQIMDTISEIQERHDAVKDIEKNLIELHQIFLDMAALVEAQGQQLNDIESNVAHASSFVHRGTEQLMEAREIQKSSRK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G467580`
TK1151 ID	TkA03G467580
OH-1004 ID	LXL04_009744
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 30.697 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G467580

位置 Chr03:116795038-116797953 (+)

描述 Similar to SYP125: Syntaxin-125

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11250`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61290`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g03330`	囊泡运输蛋白，在分泌途径中发挥作用（可能）。	Syntaxin of plant proteins SYP123 and SYP132 mediate root hair tip growth in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu048
`At3g11820`	参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。	Arabidopsis SNAREs SYP61 and SYP121 coordinate the trafficking of plasma membrane aquaporin PIP2;7 to modulate the cell membrane water permeability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127159
`At3g52400`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009744 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010148 transpiration 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11250

ath:AT1G61290

ath:AT3G11820

ath:AT3G52400

ath:AT4G03330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.497

排名 1 · TkA03G467580 · TK1151

细胞膜0.277

排名 2 · TkA03G467580 · TK1151

细胞核0.162

排名 3 · TkA03G467580 · TK1151

溶酶体／液泡0.131

排名 4 · TkA03G467580 · TK1151

高尔基体0.117

排名 5 · TkA03G467580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24615Spectrin_Anc-1_23-84 aa

PF25034Spectrin_SYNE14-73 aa

PF02403Seryl_tRNA_N14-89 aa

PF00804Syntaxin18-177 aa

PF07889DUF166418-88 aa

PF08702Fib_alpha18-89 aa

PF04108ATG17_like19-249 aa

PF00435Spectrin19-68 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G467580	`PF24615`	Spectrin_Anc-1_2	3	84	1.0	10.3
TkA03G467580	`PF25034`	Spectrin_SYNE1	4	73	0.0021	18.5
TkA03G467580	`PF02403`	Seryl_tRNA_N	14	89	2.7	9.0
TkA03G467580	`PF00804`	Syntaxin	18	177	9.1e-51	172.5
TkA03G467580	`PF07889`	DUF1664	18	88	0.057	14.2
TkA03G467580	`PF08702`	Fib_alpha	18	89	3.7	8.4
TkA03G467580	`PF04108`	ATG17_like	19	249	0.019	15.2
TkA03G467580	`PF00435`	Spectrin	19	68	0.13	13.5
TkA03G467580	`PF05739`	SNARE	20	47	4.7e-21	75.2
TkA03G467580	`PF05531`	NPV_P10	20	55	0.05	14.8
TkA03G467580	`PF09177`	STX6_10_61_N	20	95	0.05	14.9
TkA03G467580	`PF09969`	DUF2203	20	85	0.36	12.2
TkA03G467580	`PF21769`	vRNAP_dom	20	88	0.6	11.4
TkA03G467580	`PF06419`	COG6_N	21	83	1.5	9.7
TkA03G467580	`PF06780`	Erp_C	23	61	2.7	8.7
TkA03G467580	`PF05192`	MutS_III	24	137	0.043	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SXB0`	拟南芥	sp\|Q9SXB0\|SY125_ARATH Syntaxin-125	76.400%	Swiss-Prot	高置信
`O64791`	拟南芥	sp\|O64791\|SY124_ARATH Syntaxin-124	75.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZQZ8`	拟南芥	sp\|Q9ZQZ8\|SY123_ARATH Syntaxin-123	65.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZSD4`	拟南芥	sp\|Q9ZSD4\|SY121_ARATH Syntaxin-121	61.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVC2`	拟南芥	sp\|Q9SVC2\|SY122_ARATH Syntaxin-122	59.100%	Swiss-Prot	高置信

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