TkA03G466320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G466320

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 116418589-116421603 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2213 bp · TkA03G466320|TK1151|cDNA

ATACCCAGCCACCGCCCTTGGCAATAGGCCAATGACTTGCCCCCTTTTCCCTTCTCTCATTTCGTAAACCCTCACCCCCTCAAAAATTAGGGTTTTACAATCCGTCTTCATCACACACAGTACCCACACACAGAAGCGACAGACGATCACAAATTGATTTGCAAAATGAATAGTCTACTCTTCAGAACATCTTCCAGGCGACTCACTAACCTTGCTTCCCTTACTACCTGCAACCCACTGAAACACCTTGCTCCATCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · TkA03G466320|TK1151|CDS

ATGAATAGTCTACTCTTCAGAACATCTTCCAGGCGACTCACTAACCTTGCTTCCCTTACTACCTGCAACCCACTGAAACACCTTGCTCCATCATCCACACCACCCTCACCTGCAAATCATACGGAATTACCCATCCAATCTCAATCTTCCCATTCAAATGTTGGGTTTTTGAGGAGTTTTCACGGGTCTCGATGGGTGAGTATCAAAGCTTCCGATGTGTCGACACAAGCTGCGGGATACGCGGTTGCCGCCGATCACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

525 aa · TkA03G466320|TK1151|PROTEIN

MNSLLFRTSSRRLTNLASLTTCNPLKHLAPSSTPPSPANHTELPIQSQSSHSNVGFLRSFHGSRWVSIKASDVSTQAAGYAVAADHSYDGDRAASSDGLEISKLGINQEIVTALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPIMDKIIKYNEKHGRGRNPLAIVLAPTRELARQVEKEFYESAPNLDTLCVYGGSPIQRQMSTLDRGVDIIVGTPGRVIDLLKRGALNLSEVKFAVLDEADQMLNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G466320`
TK1151 ID	TkA03G466320
OH-1004 ID	LXL04_039027
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	53.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.286 / OH-1004 62.225 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G466320

位置 Chr03:116418589-116421603 (-)

描述 Similar to RH3A: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3A, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22330`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 53，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g22310`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 9，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0143700`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 53。	暂无已核实直接文献
`Os12g0611200`	DEAD-box ATP依赖性 RNA 解旋酶 9。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039027 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:2000637 positive regulation of miRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G26742

dosa:Os03g0827700

dosa:Os07g0143700

zma:100191761

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.626

排名 1 · TkA03G466320 · TK1151

质体0.364

排名 2 · TkA03G466320 · TK1151

细胞核0.044

排名 3 · TkA03G466320 · TK1151

细胞质0.030

排名 4 · TkA03G466320 · TK1151

细胞膜0.008

排名 5 · TkA03G466320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD124-290 aa

PF13604AAA_30125-254 aa

PF04851ResIII140-286 aa

PF00271Helicase_C170-220 aa

PF14617CMS1222-254 aa

PF13604AAA_30294-313 aa

PF00271Helicase_C337-438 aa

PF13604AAA_30341-365 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G466320	`PF00270`	DEAD	124	290	1.9e-46	158.5
TkA03G466320	`PF13604`	AAA_30	125	254	0.028	14.9
TkA03G466320	`PF04851`	ResIII	140	286	8e-05	23.3
TkA03G466320	`PF00271`	Helicase_C	170	220	1.8e-33	115.8
TkA03G466320	`PF14617`	CMS1	222	254	0.0024	18.0
TkA03G466320	`PF13604`	AAA_30	294	313	0.028	14.9
TkA03G466320	`PF00271`	Helicase_C	337	438	1.8e-33	115.8
TkA03G466320	`PF13604`	AAA_30	341	365	0.028	14.9
TkA03G466320	`PF00270`	DEAD	342	400	1.9e-46	158.5
TkA03G466320	`PF16203`	ERCC3_RAD25_C	342	420	0.0074	16.3
TkA03G466320	`PF22590`	Cas3-like_C_2	344	437	0.27	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUW5`	拟南芥	sp\|Q9LUW5\|RH53_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial	77.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LUW6`	拟南芥	sp\|Q9LUW6\|RH9_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 9, mitochondrial	73.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q0D8N0`	水稻	sp\|Q0D8N0\|RH53_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53	69.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q0ILZ4`	水稻	sp\|Q0ILZ4\|RH9_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 9	70.400%	Swiss-Prot	高置信

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