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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G461930
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 115324916-115327126 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2211 bp · TkA03G461930|TK1151|cDNA

ATGGAACATCTAGTTTCGTACGTGGAATGTGGGTCTGTTGAAGTTGCACTCCAACTGCTCGATGAAATGAACAAAAGAAGTAGCTTTGTGTGGAATATTGCAATCCGGGTGTTAACGAATAACGGATATTTTACAGAAGCTCTTGATTTGTATCATCAGATGTGTACTAAAGGGGTTCAACCTGATAAATTTACATTCCCATTTGTTTTAAAAGCATGTGGTGGGTGTTTGGACCTTCTTTCCGGGCAGAAGGTTCATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2211 bp · TkA03G461930|TK1151|CDS

ATGGAACATCTAGTTTCGTACGTGGAATGTGGGTCTGTTGAAGTTGCACTCCAACTGCTCGATGAAATGAACAAAAGAAGTAGCTTTGTGTGGAATATTGCAATCCGGGTGTTAACGAATAACGGATATTTTACAGAAGCTCTTGATTTGTATCATCAGATGTGTACTAAAGGGGTTCAACCTGATAAATTTACATTCCCATTTGTTTTAAAAGCATGTGGTGGGTGTTTGGACCTTCTTTCCGGGCAGAAGGTTCATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

736 aa · TkA03G461930|TK1151|PROTEIN

MEHLVSYVECGSVEVALQLLDEMNKRSSFVWNIAIRVLTNNGYFTEALDLYHQMCTKGVQPDKFTFPFVLKACGGCLDLLSGQKVHSNLFKVGLYSDLHISNSLISMYAKVGRIGFAKQVFDEMPLRDLVSWNSMINGYILAIDGLSSLTCFSKMQQSEIKPDRFTIVSALHASSLIHSSPNGKQIHAKIIKSKFESNEMIQTSLIDMYAKCGAINYAERFFNMIAPRHAAAWNAMIGGYNQNNQPLKSISCLKEMQENH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G461930
TK1151 IDTkA03G461930
OH-1004 IDLXL04_009678
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 92.115
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G461930
位置Chr03:115324916-115327126 (-)
描述Similar to PCMP-H27: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g35130 含五十二氨基酸重复序列的蛋白At4g35130，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT4G18750
ath:AT4G35130
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.626
排名 1 · TkA03G461930 · TK1151
质体0.193
排名 2 · TkA03G461930 · TK1151
细胞核0.061
排名 3 · TkA03G461930 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA03G461930 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA03G461930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_26-26 aa
PF01535PPR6-26 aa
PF13812PPR_37-25 aa
PF29070MSC6_N7-47 aa
PF13428TPR_147-24 aa
PF12854PPR_110-23 aa
PF20431E_motif13-29 aa
PF13041PPR_227-73 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G461930PF13041PPR_26262.3e-57191.6
TkA03G461930PF01535PPR6268.5e-54176.8
TkA03G461930PF13812PPR_37256.7e-2278.1
TkA03G461930PF29070MSC6_N7472.5e-1247.3
TkA03G461930PF13428TPR_147241e-0526.5
TkA03G461930PF12854PPR_110238.7e-2174.1
TkA03G461930PF20431E_motif13291.6e-1351.4
TkA03G461930PF13041PPR_227732.3e-57191.6
TkA03G461930PF12854PPR_128548.7e-2174.1
TkA03G461930PF01535PPR30598.5e-54176.8
TkA03G461930PF18768RNPP_C30420.01415.6
TkA03G461930PF13428TPR_1431571e-0526.5
TkA03G461930PF13812PPR_335756.7e-2278.1
TkA03G461930PF23276TPR_2435666.1e-0833.4
TkA03G461930PF13176TPR_736530.04514.6
TkA03G461930PF07719TPR_238530.1912.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49619拟南芥sp|O49619|PP350_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic48.200%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic35.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SN39拟南芥sp|Q9SN39|PP320_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic34.400%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic34.600%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399034.700%Swiss-Prot中等置信

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