TkA03G458150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G458150

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 114386208-114386770 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

318 bp · TkA03G458150|TK1151|cDNA

ATGTCTTTGGCAATGAGTAATATCAATGGAGGAGAAAGTAGTTTGTCTGAATATCAAGATGGTGGGTTATCACCCTTATTTCTCTCGACTGATTCACGTTGGGACTCCAATTTTGAAACTAAAAGATGTCCACAGGCAAGGGATAAAGCCAAGATGAGGTACATTGAAAAGAGAAAGACGAGAACATTTGGTAAACAAATACGATATGCTTCACGTAAAGCGAGAGCTGATACAAGAAAGCGTGTTAAAGGTAGATTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

318 bp · TkA03G458150|TK1151|CDS

ATGTCTTTGGCAATGAGTAATATCAATGGAGGAGAAAGTAGTTTGTCTGAATATCAAGATGGTGGGTTATCACCCTTATTTCTCTCGACTGATTCACGTTGGGACTCCAATTTTGAAACTAAAAGATGTCCACAGGCAAGGGATAAAGCCAAGATGAGGTACATTGAAAAGAGAAAGACGAGAACATTTGGTAAACAAATACGATATGCTTCACGTAAAGCGAGAGCTGATACAAGAAAGCGTGTTAAAGGTAGATTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

105 aa · TkA03G458150|TK1151|PROTEIN

MSLAMSNINGGESSLSEYQDGGLSPLFLSTDSRWDSNFETKRCPQARDKAKMRYIEKRKTRTFGKQIRYASRKARADTRKRVKGRFVKSGENIDYEADGARDLSV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G458150`
TK1151 ID	TkA03G458150
OH-1004 ID	LXL04_009789
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.429 / OH-1004 25.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G458150

位置 Chr03:114386208-114386770 (-)

描述 Similar to COL11: Putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15250`	推定锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 11。	暂无已核实直接文献
`At3g21880`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 12。	暂无已核实直接文献
`At3g07650`	锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 9。	暂无已核实直接文献
`At5g48250`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 10。	暂无已核实直接文献
`At1g28050`	锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 15。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009789 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07650

ath:AT3G21880

ath:AT4G15250

ath:AT5G15850

ath:AT5G48250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.796

排名 1 · TkA03G458150 · TK1151

细胞质0.280

排名 2 · TkA03G458150 · TK1151

细胞膜0.046

排名 3 · TkA03G458150 · TK1151

线粒体0.023

排名 4 · TkA03G458150 · TK1151

内质网0.020

排名 5 · TkA03G458150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09425Jas_motif44-69 aa

PF06203CCT47-89 aa

PF09425Jas_motif72-78 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G458150	`PF09425`	Jas_motif	44	69	0.035	14.6
TkA03G458150	`PF06203`	CCT	47	89	7.7e-18	65.0
TkA03G458150	`PF09425`	Jas_motif	72	78	0.035	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23379`	拟南芥	sp\|O23379\|COL11_ARATH Putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11	64.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJ44`	拟南芥	sp\|Q9LJ44\|COL12_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 12	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SSE5`	拟南芥	sp\|Q9SSE5\|COL9_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9	49.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LUA9`	拟南芥	sp\|Q9LUA9\|COL10_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 10	66.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C7E8`	拟南芥	sp\|Q9C7E8\|COL15_ARATH Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 15	62.300%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情