基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA03G451810
当前版本: TK1151
染色体: Chr03
坐标: 112753547-112754774
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1145 bp · TkA03G451810|TK1151|cDNA
ATATAATGGAGTGAGCTTAATGATAGTCATCCAAATTCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAGAAGTAGGGTTTTCTCTGTCTTCTGATATTCGGGGGTTTCCGATTTCTTCTAGGGTTTCTAGTAATTCTCTTTCAAATCTTCAAACAAAAATGGCTGATGACGGCGTCAGGAAAACGGGAACGGTGAAGTGGTTTAACGATACCAAGGGTTTCGGCTTCATCTCCCCTGAAGACGGCAGCGAAGATCTG...
CDS
下载 CDS FASTA477 bp · TkA03G451810|TK1151|CDS
ATGGCTGATGACGGCGTCAGGAAAACGGGAACGGTGAAGTGGTTTAACGATACCAAGGGTTTCGGCTTCATCTCCCCTGAAGACGGCAGCGAAGATCTGTTTGTTCACCAATCGTCGATTCGGACTGAAGGATTCCGAAGCCTCGGGGATGGCGAAACTGTTGAGTACGTTGTCGAGAACGGATCCGACGGACGAACCAAAGCTGCTGACGTAACTGGTCCTGAAGAGGGTCCTGTACAGGGAAGCAGTCGTGGAGGAGG...
158 aa · TkA03G451810|TK1151|PROTEIN
MADDGVRKTGTVKWFNDTKGFGFISPEDGSEDLFVHQSSIRTEGFRSLGDGETVEYVVENGSDGRTKAADVTGPEEGPVQGSSRGGGGGGGGRGGGGDRYGGGGGGYNGGGRGGRGGGGYGGGGGYGGGGGYGGGGSYGGGGGGGNACFKCGESGPHG
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA03G451810 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA03G451810 |
| OH-1004 ID | LXL04_009622 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Probable |
| 蛋白一致性 (%) | 100.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 98.101 / OH-1004 71.759覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA03G451810 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:112753547-112754774 (-) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to CSP4: Cold shock domain-containing protein 4 | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009269 response to desiccation 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009631 cold acclimation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程 GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程 GO:0010154 fruit development 生物过程 GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程 GO:0043457 regulation of cellular respiration 生物过程 GO:0048316 seed development 生物过程 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G17870 ath:AT2G21060 ath:AT4G36020 ath:AT4G38680 nsy:104218376 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.653
细胞核0.568
细胞外0.205
内质网0.067
细胞膜0.066
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00313CSD9-73 aaPF08206OB_RNB18-41 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA03G451810 | PF00313 | CSD | 9 | 73 | 2.1e-26 | 92.3 |
| TkA03G451810 | PF08206 | OB_RNB | 18 | 41 | 3.3e-05 | 24.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q38896 | 拟南芥 | sp|Q38896|CSP4_ARATH Cold shock domain-containing protein 4 | 63.000% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q41188 | 拟南芥 | sp|Q41188|CSP2_ARATH Cold shock protein 2 | 61.700% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q94C69 | 拟南芥 | sp|Q94C69|CSP3_ARATH Cold shock domain-containing protein 3 | 57.800% | Swiss-Prot | 中等置信 |
O65639 | 拟南芥 | sp|O65639|CSP1_ARATH Cold shock protein 1 | 57.300% | Swiss-Prot | 低置信 |