RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G449940
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 112259765-112261222 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1374 bp · TkA03G449940|TK1151|cDNA

ATGTTTGAACCAGTTGTGGTTTCCTCTGGACACACGTTTGAGAAGACATCAATTGACGTTTGTAAAGACCTGAAATTTGTTCCGATTCTCGCCGATGGATCAAGGCCTGATTTTTCGACTGTGATTTTTAATTTAGCTCTTAAGAAGGCGATTGGTAGCTGGTGTGTGTCGACGGGGGCGGATTTACCTTGTAGACCAGATTATAGCTCCATTGAGGATTTGGTTCGTAAAATGATGGCTTCTTCGAGTCAAAATGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1374 bp · TkA03G449940|TK1151|CDS

ATGTTTGAACCAGTTGTGGTTTCCTCTGGACACACGTTTGAGAAGACATCAATTGACGTTTGTAAAGACCTGAAATTTGTTCCGATTCTCGCCGATGGATCAAGGCCTGATTTTTCGACTGTGATTTTTAATTTAGCTCTTAAGAAGGCGATTGGTAGCTGGTGTGTGTCGACGGGGGCGGATTTACCTTGTAGACCAGATTATAGCTCCATTGAGGATTTGGTTCGTAAAATGATGGCTTCTTCGAGTCAAAATGAAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

457 aa · TkA03G449940|TK1151|PROTEIN

MFEPVVVSSGHTFEKTSIDVCKDLKFVPILADGSRPDFSTVIFNLALKKAIGSWCVSTGADLPCRPDYSSIEDLVRKMMASSSQNEGDLRFRDSERDLLKGMASSEESVLANVPDTPPLPFVTRPSCYSSSASSEIVVDESPDPNSSTSDDQHFSTKLLSLDVFEQEQCVISLRKVTRADEELRVSLCTPRLLSALRQCLLSRYAAVQTNAVAALVNLSLENANKLKIVRSGIVPPLINVLKGGPAESQEHAAGALFSLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G449940
TK1151 IDTkA03G449940
OH-1004 IDLXL04_009590
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)93.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 90.654
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G449940
位置Chr03:112259765-112261222 (-)
描述Similar to PUB38: U-box domain-containing protein 38
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g65200 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g47820 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g62560 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g40140 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程
GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G23140
ath:AT3G47820
ath:AT5G40140
ath:AT5G62560
ath:AT5G65200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.594
排名 1 · TkA03G449940 · TK1151
细胞核0.349
排名 2 · TkA03G449940 · TK1151
细胞膜0.122
排名 3 · TkA03G449940 · TK1151
溶酶体／液泡0.055
排名 4 · TkA03G449940 · TK1151
高尔基体0.048
排名 5 · TkA03G449940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box1-55 aa
PF13513HEAT_EZ50-83 aa
PF25598ARM_PUB165-427 aa
PF11865mTOR_dom174-256 aa
PF04826Arm_2183-249 aa
PF13646HEAT_2188-218 aa
PF00514Arm192-219 aa
PF02985HEAT192-219 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G449940PF04564U-box1550.007217.2
TkA03G449940PF13513HEAT_EZ50830.001220.1
TkA03G449940PF25598ARM_PUB1654271.5e-1248.3
TkA03G449940PF11865mTOR_dom1742560.01715.8
TkA03G449940PF04826Arm_21832490.07113.3
TkA03G449940PF13646HEAT_21882180.02415.6
TkA03G449940PF00514Arm1922199.6e-2277.0
TkA03G449940PF02985HEAT1922190.01616.1
TkA03G449940PF12717Cnd11922600.02115.6
TkA03G449940PF25780TPR_IPO51922450.0315.3
TkA03G449940PF21050ARMC9_ARM2002620.0315.1
TkA03G449940PF04826Arm_22053390.07113.3
TkA03G449940PF24768ARM_ARMC52063878.1e-0936.0
TkA03G449940PF13513HEAT_EZ2062560.001220.1
TkA03G449940PF05804KAP2103600.003416.4
TkA03G449940PF00514Arm2222609.6e-2277.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FJP6拟南芥sp|Q9FJP6|PUB38_ARATH U-box domain-containing protein 3846.300%Swiss-Prot中等置信
Q9STT1拟南芥sp|Q9STT1|PUB39_ARATH U-box domain-containing protein 3939.900%Swiss-Prot中等置信
Q0WUF6拟南芥sp|Q0WUF6|PUB41_ARATH U-box domain-containing protein 4145.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FL17拟南芥sp|Q9FL17|PUB40_ARATH U-box domain-containing protein 4047.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看