TkA03G447680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G447680

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 111680698-111683916 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2649 bp · TkA03G447680|TK1151|cDNA

ATGCGCACTACCACTGGGGCAAATCCGTCATTTAACCTAACCAATCCTCCTATATTTAGCAAGTGCAAACAAACAAACAAGAGAACAACTCTGCAGTTGCCAGAAAGCCTTCTGAGTTTTGTAAAATAACCTCAAAATTCGTCGATTTTTCTTTCAACATTCCCATTTTGTCCTCGACCCCTGTCCCCCCTTCTCTCTCTCTTCTCCCTTGTCCCATCAACTCTATCTGGAAACAGATACTACATATCTTTATCTCCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2010 bp · TkA03G447680|TK1151|CDS

ATGCCTGGGTTGGTTTTGGATGAAATTCATGAAGATAAGGTGATCGACGAAATGCCTGACGACGGGAGTGCGTCGAAACCGAAGGATAATTTGGATTCTAGCAAGTCGCCCGATGTGGGTACTGGGAATAGTGCGACTGAAGTCGTTGAGCCTTCAATTGAACAGCTTTACGATAATGTATGTGAGATGCAGAGTTCCGATCAGTCACCATCTCGGCTCAGCTACGGATCAGATGGAGAAGAATCCAGAATCGATTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

669 aa · TkA03G447680|TK1151|PROTEIN

MPGLVLDEIHEDKVIDEMPDDGSASKPKDNLDSSKSPDVGTGNSATEVVEPSIEQLYDNVCEMQSSDQSPSRLSYGSDGEESRIDSELRHLVGDEMKEVEIIKQDEEISNVSHKEESSKSQIESEANSGTSSKTKKTHQKKHLFEKQNDKTTKKTVASEKNPDLGPYLLKQARDLMSSGDNPRKALDLSLRAAKSFEKSSNGKPSLDIVMCLHVTAAIHCNLSQYNDAIPVLNNSINIPSIELGQDHALAKFAGYMQLGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G447680`
TK1151 ID	TkA03G447680
OH-1004 ID	LXL04_023987
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.181 / OH-1004 91.330 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G447680

位置 Chr03:111680698-111683916 (+)

描述 Similar to KLCR2: Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27960`	蛋白质相关动力蛋白轻链 2。	暂无已核实直接文献
`At1g27500`	蛋白 KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 3。	暂无已核实直接文献
`At4g10840`	蛋白质KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023987 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045494 photoreceptor cell maintenance 生物过程

GO:0060271 cilium assembly 生物过程

GO:0060287 epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry 生物过程

GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:2000095 regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27500

ath:AT3G27960

ath:AT4G10840

hsa:27031

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577

排名 1 · TkA03G447680 · TK1151

细胞核0.244

排名 2 · TkA03G447680 · TK1151

细胞膜0.180

排名 3 · TkA03G447680 · TK1151

高尔基体0.134

排名 4 · TkA03G447680 · TK1151

溶酶体／液泡0.094

排名 5 · TkA03G447680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29052PGA28-like_dom51-159 aa

PF28116PDV_N106-148 aa

PF11817Foie-gras_1159-186 aa

PF13432TPR_16169-196 aa

PF13424TPR_12181-238 aa

PF21033RMD1-3192-242 aa

PF09986DUF2225194-239 aa

PF12895ANAPC3194-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G447680	`PF29052`	PGA28-like_dom	51	159	0.59	10.5
TkA03G447680	`PF28116`	PDV_N	106	148	0.18	13.1
TkA03G447680	`PF11817`	Foie-gras_1	159	186	0.88	9.9
TkA03G447680	`PF13432`	TPR_16	169	196	1.9e-08	35.3
TkA03G447680	`PF13424`	TPR_12	181	238	3.5e-47	159.2
TkA03G447680	`PF21033`	RMD1-3	192	242	1.2e-05	25.4
TkA03G447680	`PF09986`	DUF2225	194	239	1e-07	32.6
TkA03G447680	`PF12895`	ANAPC3	194	234	4.8e-05	24.3
TkA03G447680	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	208	315	5.8e-09	36.5
TkA03G447680	`PF24885`	TPR_NPHP3	210	249	1e-25	91.3
TkA03G447680	`PF13374`	TPR_10	211	232	2.8e-32	110.5
TkA03G447680	`PF13431`	TPR_17	212	229	0.0011	19.8
TkA03G447680	`PF23300`	HEAT_Nup120	212	231	0.022	15.3
TkA03G447680	`PF07719`	TPR_2	213	236	3e-27	93.2
TkA03G447680	`PF00515`	TPR_1	216	232	1.8e-28	97.8
TkA03G447680	`PF25068`	ARM_TT21_4th	216	282	0.033	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LII8`	拟南芥	sp\|Q9LII8\|KLCR2_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 2	63.900%	Swiss-Prot	高置信
`F4HSX9`	拟南芥	sp\|F4HSX9\|KLCR3_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 3	60.300%	Swiss-Prot	高置信
`O81629`	拟南芥	sp\|O81629\|KLCR1_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1	55.500%	Swiss-Prot	高置信

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