TkA03G445090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G445090

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110967197-110974143 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4555 bp · TkA03G445090|TK1151|cDNA

AAGAAACCGAGAACATAGAATAAAAAAGAGAAACATTACGTGATTCTAATAAGTTTCTATCCATCCATCGGTCAACATGATTAAAGATCCCTTAGAGGGGGTTATAAGTTATAACTTATAGTCACTCATAAGCGAGCTTTCTCTGTATTTTGGGCTTAGCCTTTTTCCGGTGCTCGACCCGCCCACACCCACTGTTCCCAACCCCCTCGATTCCCCTTCGCGTTCACTTCCCTTCTCTTCTCTCCACCTCCACCACACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3813 bp · TkA03G445090|TK1151|CDS

ATGACATCGAGTATGTTGGCGGGAGAACGGAGGTGGGCCTCTGCAAGAAGAGGCGGCATGACTGTATTGGGGAAAGTTGCTGTTCCTAAACCTCTCAATTTACCCAGCCAAAAGTTAGAAAATCATGGTCTGGATCCAAATGTCGAAATTGTCCCCAAGGGTAGCCTTAGTTGGGGCAGTCGGCCATCTTCATCAACCTCAAACCCATGGGGTTCATCCGCAGTATCACCAAATTCTGATGGCAACGCCAACACCAACAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1270 aa · TkA03G445090|TK1151|PROTEIN

MTSSMLAGERRWASARRGGMTVLGKVAVPKPLNLPSQKLENHGLDPNVEIVPKGSLSWGSRPSSSTSNPWGSSAVSPNSDGNANTNTVSPRHPSGRPTSGGGLSRPSTAGSDRVHESSWGPNSRPSSASGVLTSNQSSLTVSRPLSAETRPGSSHLSRFAEPVFDNSMAWGPNGTVDKLSIPSKGNDFSLSSGDFPTLGSEKDNPPKSGDPHDQDSHVRPGSASGRGAHTNERNEMSHADHKSGTVDTWTREGPPHMGEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G445090`
TK1151 ID	TkA03G445090
OH-1004 ID	LXL04_009525
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G445090

位置 Chr03:110967197-110974143 (-)

描述 Similar to MOS1: Protein MODIFIER OF SNC1 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24680`	参与 SNC1 位点染色质结构和 DNA 甲基化的调节。	Regulation of the expression of plant resistance gene SNC1 by a protein with a conserved BAT2 domain.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.156240

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009525 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.728

排名 1 · TkA03G445090 · TK1151

细胞核0.232

排名 2 · TkA03G445090 · TK1151

细胞膜0.098

排名 3 · TkA03G445090 · TK1151

高尔基体0.052

排名 4 · TkA03G445090 · TK1151

内质网0.039

排名 5 · TkA03G445090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07001BAT2_N14-138 aa

PF07001BAT2_N486-558 aa

PF07001BAT2_N646-714 aa

PF10706Aminoglyc_resit758-823 aa

PF07001BAT2_N787-875 aa

PF07001BAT2_N968-1037 aa

PF07001BAT2_N1088-1178 aa

PF07001BAT2_N1224-1244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	14	138	4.5e-11	44.2
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	486	558	4.5e-11	44.2
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	646	714	4.5e-11	44.2
TkA03G445090	`PF10706`	Aminoglyc_resit	758	823	0.055	14.3
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	787	875	4.5e-11	44.2
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	968	1037	4.5e-11	44.2
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	1088	1178	4.5e-11	44.2
TkA03G445090	`PF07001`	BAT2_N	1224	1244	4.5e-11	44.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SB63`	拟南芥	sp\|Q9SB63\|MOS1_ARATH Protein MODIFIER OF SNC1 1	32.200%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情