TkA03G441990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G441990

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110142159-110146639 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2947 bp · TkA03G441990|TK1151|cDNA

AAAAGCTTCACAAATTCCATAAGATGAGAGCATACAAATAAAACCCCCATTGGACAATACCTTCTCCCTCTTCACTTCACAAACACACTAAATACATCATCAAAGTACACACTACACCTTAAAGACTCGATCTTCATAACACCCAGAAGAAAAAGTATCCGAATTTTCTTCACAATTCTTAAACTTCGCTCTTCTTCTGCTTCTGCGGTCACCTGTTTCTTGATTTTCCGACCAAACACCGAAGCTTTTTCACCGGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · TkA03G441990|TK1151|CDS

ATGGAAATGGATTTCTGGGGTTCACGAGTTCAGTCTGTAAAACACCACCACCACCACCACCACTTTCACACTCTCCAATCTGGCCTTCTCAACAACTCCGATAATCATGTCACAATGGATGGAGATGATGATATTAGAGCTTGGTTCCCATGTCCATTTTGTTATGTAGAAATCGAAATCCCTGCCCTTTGTTGCCATCTACAAGAAGAACATTGTTTCGACCTAAAAAACGCGGTTTGTCCGATATGTGCCGCAAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

195 aa · TkA03G441990|TK1151|PROTEIN

MEMDFWGSRVQSVKHHHHHHHFHTLQSGLLNNSDNHVTMDGDDDIRAWFPCPFCYVEIEIPALCCHLQEEHCFDLKNAVCPICAANLGKDAIAHFTSHHVHSIKRRRKSQKSGLWSNGLGLTREMTERGNMNETTPDPLSAFLYNVPFSDVQHDKHPSATFDVKSGTNEEVEVKDQEEKTHRAKFVQQLVFSTIF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G441990`
TK1151 ID	TkA03G441990
OH-1004 ID	LXL04_009493
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G441990

位置 Chr03:110142159-110146639 (-)

描述 Similar to DI19-5: Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56280`	蛋白质 DEHYDRATION-INDUCED 19。	暂无已核实直接文献
`At3g06760`	蛋白质脱水诱导19同源物4。	暂无已核实直接文献
`At5g49230`	参与红光和蓝光信号传输。	HYPERSENSITIVE TO RED AND BLUE 1, a ZZ-type zinc finger protein, regulates phytochrome B-mediated red and cryptochrome-mediated blue light responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.029165

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0971100`	脱水诱导蛋白 19 同源物 5。	暂无已核实直接文献
`Os05g0107900`	蛋白 DEHYDRATION-INDUCED 19 同源物 6。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程

GO:0010161 red light signaling pathway 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G56280

ath:AT5G26990

ath:AT5G49230

dosa:Os01g0971100

dosa:Os05g0107900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.784

排名 1 · TkA03G441990 · TK1151

细胞质0.293

排名 2 · TkA03G441990 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA03G441990 · TK1151

内质网0.030

排名 4 · TkA03G441990 · TK1151

线粒体0.022

排名 5 · TkA03G441990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05605zf-Di1914-22 aa

PF05605zf-Di1949-99 aa

PF23548Zn_ribbon_FGT1_249-59 aa

PF14447Prok-RING_451-58 aa

PF14447Prok-RING_464-89 aa

PF23548Zn_ribbon_FGT1_277-90 aa

PF14571Di19_C129-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G441990	`PF05605`	zf-Di19	14	22	6.3e-19	68.7
TkA03G441990	`PF05605`	zf-Di19	49	99	6.3e-19	68.7
TkA03G441990	`PF23548`	Zn_ribbon_FGT1_2	49	59	0.005	17.1
TkA03G441990	`PF14447`	Prok-RING_4	51	58	0.28	11.8
TkA03G441990	`PF14447`	Prok-RING_4	64	89	0.28	11.8
TkA03G441990	`PF23548`	Zn_ribbon_FGT1_2	77	90	0.005	17.1
TkA03G441990	`PF14571`	Di19_C	129	194	3.6e-09	37.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39083`	拟南芥	sp\|Q39083\|DI191_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19	36.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VXU6`	拟南芥	sp\|Q8VXU6\|DI194_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 4	31.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJ17`	拟南芥	sp\|Q9FJ17\|DI197_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 7	33.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5JME8`	水稻	sp\|Q5JME8\|DI195_ORYSJ Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 5	36.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XBA5`	水稻	sp\|Q7XBA5\|DI196_ORYSJ Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 6	35.300%	Swiss-Prot	中等置信

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