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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G416520
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 103617781-103623063 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3460 bp · TkA03G416520|TK1151|cDNA

CAAAGTTAGGGTTAGATAATATAAAATAAAAACTCCGCAAAGCCCCATTCCTTCCTTTCTTGCATGACGGTGCACAGCATCATCGGATACACTGGCGGCTATATCACCTGTATAATCTCTTAGCCAAATCCTCCTCAAAGCCCCAAATTTTCTTCTTCACAGCAACCGTAGAGTCTCTGTTCCTGCTACTCCTGCTACTCCGCGACTTAGCGAGTAGCGACCGCCGACGCCGACCGCCATCACTCACTCGCTCATCGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2763 bp · TkA03G416520|TK1151|CDS

ATGGCTGGGGCATTAATTCATGCTGCTTCCTTCCCTATCCGTGAAAGGACAAATGGAACCACAAAATCCAAAAGAACAGTTAAAATGATGGCATGTTCATACGCCCCTCCCATGAGAATGCGAACCTTTTCAGGTCTAAGAGGATCAAACGCCTTAGACAACATAATGAAACCCCACCAAGATTTCCATTCAAAGGTCTCCATAGCAACCTCCATTCGAAAACAAAAACAAAAAGCTTCCCGAGTTGTCCCAAAAGCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

920 aa · TkA03G416520|TK1151|PROTEIN

MAGALIHAASFPIRERTNGTTKSKRTVKMMACSYAPPMRMRTFSGLRGSNALDNIMKPHQDFHSKVSIATSIRKQKQKASRVVPKAMFERFTEKAIKVIMLAQEEARRLGHNFVGTEQILLGLIGEGTGIAAKVLKSMGINLKDSRTEVEKIIGRGSGFVAVEIPFTPRAKRVLELSLEEARQLGHNYIGSEHLLLGLLREGEGVAARVLENLGADPTNIRTQVIRMIGEGAETVGAGVGGGGASGSKMPTLEEYGTNLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G416520
TK1151 IDTkA03G416520
OH-1004 IDLXL04_031879
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)90.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G416520
位置Chr03:103617781-103623063 (+)
描述Similar to CD4B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA homolog CD4B, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g50920 水解 ATP 并与叶绿体蛋白输入装置相关的分子伴侣。
Mutations in ClpC2/Hsp100 suppress the requirement for FtsH in thylakoid membrane biogenesis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0402764101
A stromal Hsp100 protein is required for normal chloroplast development and function in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052928
In vivo studies on the roles of Tic110, Tic40 and Hsp93 during chloroplast protein import.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02307.x
Clp protease controls chlorophyll b synthesis by regulating the level of chlorophyllide a oxygenase.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02996.x
Further in vivo studies on the role of the molecular chaperone, Hsp93, in plastid protein import.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03060.x
ClpC1, an ATP-dependent Clp protease in plastids, is involved in iron homeostasis in Arabidopsis leaves.2010 · DOI: 10.1093/aob/mcq051
Quantitative analysis of the chloroplast molecular chaperone ClpC/Hsp93 in Arabidopsis reveals new insights into its localization, interaction with the Clp proteolytic core, and functional importance.2014 · DOI: 10.1074/jbc.m113.534552

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0397100 分子伴侣蛋白，可能与参与叶绿体中变性蛋白降解的ClpP样蛋白酶相互作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031879 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0034605 cellular response to heat 生物过程
GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程
GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009532 plastid stroma 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G50920
dosa:Os04g0397100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.615
排名 1 · TkA03G416520 · TK1151
细胞质0.185
排名 2 · TkA03G416520 · TK1151
线粒体0.164
排名 3 · TkA03G416520 · TK1151
细胞核0.081
排名 4 · TkA03G416520 · TK1151
过氧化物酶体0.059
排名 5 · TkA03G416520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01637ATPase_260-109 aa
PF11697DUF329369-113 aa
PF02151UVR71-81 aa
PF06414Zeta_toxin71-97 aa
PF02861Clp_N90-212 aa
PF02861Clp_N166-236 aa
PF11697DUF3293173-188 aa
PF13191AAA_16271-315 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G416520PF01637ATPase_2601090.4211.1
TkA03G416520PF11697DUF3293691130.1613.3
TkA03G416520PF02151UVR71819.4e-0832.3
TkA03G416520PF06414Zeta_toxin71970.0005420.2
TkA03G416520PF02861Clp_N902121.2e-53181.4
TkA03G416520PF02861Clp_N1662361.2e-53181.4
TkA03G416520PF11697DUF32931731880.1613.3
TkA03G416520PF13191AAA_162713154.8e-1040.9
TkA03G416520PF00158Sigma54_activat2743738.4e-0936.0
TkA03G416520PF04851ResIII2743160.0005620.6
TkA03G416520PF23569NBD_SMAX12763671.4e-0525.8
TkA03G416520PF28234DISC1_C2762870.006817.0
TkA03G416520PF02367TsaE2763140.009716.6
TkA03G416520PF05272VapE-like_dom2773580.0009219.4
TkA03G416520PF03193RsgA_GTPase2783130.004117.7
TkA03G416520PF01695IstB_IS212883130.003917.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FI56拟南芥sp|Q9FI56|CLPC1_ARATH Chaperone protein ClpC1, chloroplastic89.000%Swiss-Prot高置信
Q7F9I1水稻sp|Q7F9I1|CLPC1_ORYSJ Chaperone protein ClpC1, chloroplastic85.600%Swiss-Prot高置信

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