TkA03G407770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G407770

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 101357999-101362104 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · TkA03G407770|TK1151|cDNA

ATGAATCCACCAATTCCAGCTACTGGATCATCATCGAATCCTGCTCCTAACTCATCCTCTGTAAAAGGCAATGATACTCAAATGTTTTTGGTATCAAATCTTCTTAGCGGCAACGAAAATTACATGCAATGGAAGTTTTCAATTCAATTAGCACTTGGAGGCAAAAAGAAGACTGGATTCATTGACGGTACTTCAACAAAACCAGCATCGGAAGGAAATGATCTCGATGAATGGATGAGCAATGATTGCATGATACAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · TkA03G407770|TK1151|CDS

ATGAATCCACCAATTCCAGCTACTGGATCATCATCGAATCCTGCTCCTAACTCATCCTCTGTAAAAGGCAATGATACTCAAATGTTTTTGGTATCAAATCTTCTTAGCGGCAACGAAAATTACATGCAATGGAAGTTTTCAATTCAATTAGCACTTGGAGGCAAAAAGAAGACTGGATTCATTGACGGTACTTCAACAAAACCAGCATCGGAAGGAAATGATCTCGATGAATGGATGAGCAATGATTGCATGATACAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · TkA03G407770|TK1151|PROTEIN

MNPPIPATGSSSNPAPNSSSVKGNDTQMFLVSNLLSGNENYMQWKFSIQLALGGKKKTGFIDGTSTKPASEGNDLDEWMSNDCMIQINFNSSTEVSAMLAKSSNYNTNTKKSFHFKPRNDNKGKNARDRYCDHCKITGHTKDVCFKIHGYPDWYKDLKEKKKTNLNSAHMANNSYNHTNETPLHESDDNKQGNDPNMEDVLQQFTQFIRSNQKTDSHFANMSHFGDFAVQLNQTHTGLIVLNPRLTLKNILHVPGFTCNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G407770`
TK1151 ID	TkA03G407770
OH-1004 ID	LXL04_025587
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	30.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.672 / OH-1004 67.749 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G407770

位置 Chr03:101357999-101362104 (+)

描述 Similar to PAPP5: Serine/threonine-protein phosphatase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P93290`	未表征的线粒体蛋白 AtMg00240。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0010288 response to lead ion 生物过程

GO:0043278 response to morphine 生物过程

GO:0043409 negative regulation of MAPK cascade 生物过程

GO:0070262 peptidyl-serine dephosphorylation 生物过程

GO:0070301 cellular response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0071276 cellular response to cadmium ion 生物过程

GO:1902325 negative regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42810

mmu:19060

rno:65179

sly:543849

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.619

排名 1 · TkA03G407770 · TK1151

细胞核0.401

排名 2 · TkA03G407770 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA03G407770 · TK1151

细胞膜0.033

排名 4 · TkA03G407770 · TK1151

过氧化物酶体0.032

排名 5 · TkA03G407770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14244Retrotran_gag_328-69 aa

PF22936Pol_BBD215-267 aa

PF07727RVT_2423-461 aa

PF07727RVT_2458-488 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G407770	`PF14244`	Retrotran_gag_3	28	69	3.5e-12	46.6
TkA03G407770	`PF22936`	Pol_BBD	215	267	0.00021	22.3
TkA03G407770	`PF07727`	RVT_2	423	461	2e-06	28.3
TkA03G407770	`PF07727`	RVT_2	458	488	2e-06	28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT94`	拟南芥	sp\|Q9ZT94\|POLR2_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	47.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q94HW2`	拟南芥	sp\|Q94HW2\|POLR1_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	48.000%	Swiss-Prot	低置信
`P93290`	拟南芥	sp\|P93290\|M240_ARATH Uncharacterized mitochondrial protein AtMg00240	43.400%	Swiss-Prot	低置信

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