TkA03G407100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G407100

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 101186628-101191353 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2183 bp · TkA03G407100|TK1151|cDNA

GTTTTCTTCCATCAGCATAAACAACCAACATCGAGCCTCCACGTTTCCATCATCCCTCGCTCTTATACTCCCTCCTCACCACTCCCTTTCTCTGCAATTCAGCTCCCGTTTTCTTTTCTTCCGACCACGATTGCGCACCGAAAGCCTCTCAAACTGATCGTCGAAAATTAACACAAACTAAATTGGACCTAAAGTTTGAATAAATTCCATCAAGTTTGCCAGCTGGATTAGTCCCATTTATCGTTTCTACACCTTCAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1539 bp · TkA03G407100|TK1151|CDS

ATGGGTGGAGCATGTTCTAGAAAACAAGGCCAACATATAAATGAAGATGGTGCATATAGTCGGCTTTCTAGAAGATATTCCAGAAATGGAAGCTCAAAGTGGCCGGGAACCTCTTTTTATCGAACAACTATTGATGATAAATCAAGAATAGCATTTTGTCCATCTCTCATGGAATTGTGCACTTATATAGTGTGTGAAAAAATTGATGAATATGAGAGCTTGTGTATGCTTCCAAAGGATATTAGCCAGCAAATATTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

512 aa · TkA03G407100|TK1151|PROTEIN

MGGACSRKQGQHINEDGAYSRLSRRYSRNGSSKWPGTSFYRTTIDDKSRIAFCPSLMELCTYIVCEKIDEYESLCMLPKDISQQIFDELVYSRRLNATYLEAFRGCALEDIDLGEYPGVDDSWMEVISSQGSSLLTSDFSGSNLTDYALIHIKDCDNIQDLNFNFCAQISDTGLDHISGLSNLTTLSLKRNNSITADGMIALSNLVNLSKLDLERCPLIHGGLVHLKGLSKLEVLNINCCNCITDDDMEPLSELKNLKEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G407100`
TK1151 ID	TkA03G407100
OH-1004 ID	LXL04_009185
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 59.180 / OH-1004 52.696 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G407100`
位置	Chr03:101186628-101191353 (+)
描述	Similar to FBXL14: F-box/LRR-repeat protein 14
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009185` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:144699 mmu:101358 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.478

排名 1 · TkA03G407100 · TK1151

细胞质0.471

排名 2 · TkA03G407100 · TK1151

线粒体0.066

排名 3 · TkA03G407100 · TK1151

细胞膜0.051

排名 4 · TkA03G407100 · TK1151

内质网0.028

排名 5 · TkA03G407100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25019LRR_R13L1-DRL2180-107 aa

PF12586DUF376080-98 aa

PF23952LRR_EndoS85-123 aa

PF29594LRR_SKP2105-178 aa

PF12799LRR_4139-174 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21139-161 aa

PF25372LRR_FBXL15140-217 aa

PF24758LRR_At5g56370156-216 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G407100	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	80	107	0.0046	17.6
TkA03G407100	`PF12586`	DUF3760	80	98	0.021	15.6
TkA03G407100	`PF23952`	LRR_EndoS	85	123	8.7e-05	23.4
TkA03G407100	`PF29594`	LRR_SKP2	105	178	1.5e-09	38.3
TkA03G407100	`PF12799`	LRR_4	139	174	1.7e-21	76.4
TkA03G407100	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	139	161	0.0046	17.6
TkA03G407100	`PF25372`	LRR_FBXL15	140	217	8.2e-26	91.2
TkA03G407100	`PF24758`	LRR_At5g56370	156	216	4.1e-07	30.6
TkA03G407100	`PF13516`	LRR_6	157	175	1.6e-26	90.9
TkA03G407100	`PF00560`	LRR_1	157	175	8.6	7.8
TkA03G407100	`PF23952`	LRR_EndoS	166	216	8.7e-05	23.4
TkA03G407100	`PF12586`	DUF3760	167	188	0.021	15.6
TkA03G407100	`PF13855`	LRR_8	169	218	8.2e-25	87.1
TkA03G407100	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	171	240	0.0046	17.6
TkA03G407100	`PF12505`	DUF3712	173	211	0.5	11.4
TkA03G407100	`PF23247`	LRR_RPS2	175	194	0.057	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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